De rechtbank, heeft voorzover thans van belang, het volgende overwogen:
4.1. In zijn arresten van 10 juni 2011 (waaronder het arrest met zaaknummer 09/05112, LJN: BO5080) heeft de Hoge Raad beslist dat in belastingzaken aanspraak kan bestaan op een schadevergoeding indien niet binnen een redelijke termijn op een ingesteld rechtsmiddel wordt beslist. De Hoge Raad oordeelde dat bij overschrijding van de redelijke termijn, behoudens bijzondere omstandigheden, spanning en frustratie als grond voor vergoeding van immateriële schade worden verondersteld en dat de schadevergoeding in een beroep als het onderhavige met overeenkomstige toepassing van artikel 8:73 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) kan worden toegekend. Bij de beoordeling van de vraag of de redelijke termijn is overschreden moet, aldus de Hoge Raad, worden aangesloten bij de uitgangspunten die zijn neergelegd in het arrest van de Hoge Raad van 22 april 2005, nr. 37984, LJN AO9006, BNB 2005/337. De in aanmerking te nemen termijn vangt in beginsel aan op het moment waarop de inspecteur het bezwaarschrift ontvangt.
4.2. Uit de arresten van de Hoge Raad van 22 april 2005 en 10 juni 2011 volgt dat de redelijke termijn in zaken zoals deze in beginsel is overschreden als na indiening van het bezwaar meer dan twee jaar is verstreken voordat op dat bezwaar en, indien vervolgens beroep is ingesteld tegen de uitspraak op bezwaar, op dat beroep is beslist. Bij de vaststelling van de overschrijding van de redelijke termijn dient de duur van een vervolgprocedure als deze, waarin uitsluitend de schade in verband met de overschrijding van de redelijke termijn aan de orde is, niet in aanmerking te worden genomen, tenzij die afzonderlijke procedure op zichzelf onredelijk lang duurt. Dit betekent dat de hoogte van de schadevergoeding dient te worden beoordeeld naar het moment waarop de rechtbank uitspraak heeft gedaan in de hoofdzaak, in casu 12 oktober 2011.
4.3. Indien de totale procedure van bezwaar en beroep langer dan twee jaar heeft geduurd en er geen aanleiding is om in concreto een langere of kortere behandelingsduur dan twee jaren redelijk te achten dan wel de verstreken termijn (gedeeltelijk) aan eiser toe te rekenen, dient vervolgens per instantie te worden bezien of sprake is van een langere behandelingsduur dan gerechtvaardigd.
Naar het oordeel van de rechtbank dienen de verschillende instanties in beginsel de procedure binnen de volgende termijnen te hebben afgerond: de inspecteur overschrijdt in beginsel een redelijke termijn indien hij niet binnen een half jaar na binnenkomst van het bezwaarschrift op het bezwaar beslist en de rechtbank indien zij niet binnen anderhalf jaar na de uitspraak op bezwaar beslist. (...)
4.4. De schadevergoeding bedraagt, zoals de Hoge Raad ook heeft geoordeeld, in beginsel € 500 per half jaar waarmee de redelijke termijn is overschreden, waarbij een gedeelte van een termijn van een half jaar naar boven wordt afgerond. De rechtbank merkt daar bij op dat zij geen aanleiding ziet om het totale schadevergoedingsbedrag in alle gevallen te matigen tot de hoogte van de aanslag(en) c.q. het financieel belang waar de procedure om draait.
Indien zowel het bestuursorgaan als de rechtbank de redelijke termijn heeft overschreden, dient een berekening te worden gemaakt voor de onderlinge verdeling van de verplichting tot vergoeding van schade. Uitgangspunt daarbij is het bedrag dat moet worden toegekend in verband met het aantal halve jaren dat de (gezamenlijke) overschrijding in totaal heeft bedragen. Vervolgens dient berekend te worden het aantal gehele halve jaren van de totale termijnoverschrijding dat aan hetzij de inspecteur hetzij de rechtbank kan worden toegerekend. Voor elk geheel half jaar overschrijding wordt de schadevergoeding vastgesteld. De schadevergoedingsverplichting die dan eventueel nog niet aan hetzij het bestuursorgaan hetzij de rechtbank is toegerekend dient vervolgens bij helfte aan onderscheidenlijk het bestuursorgaan en de rechtbank te worden toegerekend.
4.5. Indien in een procedure meer dan één aanslag of beschikking is betrokken, heeft bij het vaststellen van de hoogte van de schadevergoeding als uitgangspunt te gelden het aantal bezwaarschriften dat is ingediend tegen de verschillende aanslagen en beschikkingen, zodat in beginsel per bezwaarprocedure plaats kan zijn voor afzonderlijke schadevergoeding als de redelijke termijn voor het beslissen op dat bezwaar of het daarop gevolgde beroep is verstreken. De rechtbank ziet geen grond nader te differentiëren naar aanslagen of beschikkingen afzonderlijk omdat de rechtszekerheid die grondslag is voor de schadevergoedingsplicht, verbonden is aan het voeren van een procedure en niet aan de afzonderlijke aanslagen of beschikkingen. Er kan wel aanleiding bestaan de schadevergoeding ten aanzien van meerdere bezwaarprocedures op één gezamenlijk bedrag vast te stellen, indien moet worden geoordeeld dat sprake is van zodanige samenhang en zodanig gelijktijdige behandeling dat in wezen sprake is van één bezwaarprocedure.
4.6. Voor wat betreft het antwoord op de vraag of de belanghebbende de gevoelens van spanning en frustratie vanwege de lange behandelingsduur had kunnen beperken door beroep in te stellen tegen het niet tijdig beslissen door de inspecteur op een bezwaarschrift, wijst de rechtbank op het arrest van de Hoge Raad van 25 oktober 2002, C01/032HR, LJN: AE4362. In dat arrest is overwogen dat uit de enkele omstandigheid dat geen bezwaar en beroep is ingesteld tegen het niet tijdig nemen door een bestuursorgaan van een besluit op een verzoek, niet de conclusie kan worden getrokken dat de rechtspersoon waartoe het bestuursorgaan behoort, niet aansprakelijk kan worden gehouden voor schade die uit het niet tijdig nemen van het besluit is voortgevloeid.
4.7. De redelijkheid van de duur van berechting van een zaak is voorts afhankelijk van onder meer de volgende omstandigheden:
a. de ingewikkeldheid van de zaak; daartoe kan bijvoorbeeld worden gerekend de aard en omvang van de fiscale problematiek en de omvang van het verrichte onderzoek;
b. de invloed van de belanghebbende op het procesverloop; daartoe kan bijvoorbeeld worden gerekend het doen van verzoeken om verlenging van gestelde termijnen of uitstel voor (het voldoen aan) uitnodigingen of oproepingen. De behandelingsduur dient in zoverre aan eiser te worden toegerekend en wordt bij de bepaling van de schade bij de berekening van de verstreken termijn buiten beschouwing gelaten.
c. de wijze waarop de zaak door het bestuursorgaan is behandeld; daartoe kan bijvoorbeeld worden gerekend de mate van voortvarendheid van optreden door de inspecteur;
d. de wijze waarop de zaak door de rechter is behandeld; daartoe kan bijvoorbeeld worden gerekend de mate van voortvarendheid die is betracht bij de controle op de voortgang van het schriftelijk debat tussen partijen, bij de appointering en afhandeling van het onderzoek ter zitting, en in de fase tussen de laatste partijhandeling en de uitspraak.
De vaststelling van de redelijke termijn in concreto laat overigens onverlet dat er in bijzondere gevallen of bij een bijzondere samenloop van zaken ook nog aanleiding kan zijn de totale omvang van de schade te matigen.
4.8. Het bovenstaande in aanmerking genomen heeft de rechtbank in de onderhavige zaken noch in de zaken zelf – die niet als complex zijn aan te merken – noch in de opstelling van eiser aanknopingspunten gevonden voor het oordeel dat in dit geval de procedure in zijn totaliteit meer dan twee jaar had mogen duren. Het feit dat eiser geen rechtsmiddel heeft ingesteld tegen het uitblijven van de uitspraken op bezwaar noopt, anders dan verweerder heeft aangevoerd, gelet op het onder 4.6 overwogene niet tot een ander oordeel nu niet is gebleken van bijzondere omstandigheden om van dat uitgangspunt af te wijken. De inspecteur en de Staat hebben overigens geen bijzondere omstandigheden aangevoerd op grond waarvan de redelijke termijn anders dan op twee jaar zou moeten worden gesteld. Anders dan de inspecteur nog heeft aangevoerd, ziet de rechtbank ook geen grond om de schadevergoeding in verband met de bezwaarprocedures tegen de navorderingsaanslagen 1999 en 2000 tezamen te matigen. Weliswaar vonden de geschillen in die procedures beide hun oorsprong in de vraag of de huuropbrengst van een en hetzelfde pand tot eisers belastbaar inkomen in beide jaren moest worden gerekend, maar dat is op zichzelf onvoldoende om af te wijken van het onder 4.5 verwoorde uitgangspunt dat per bezwaarprocedure aanspraak kan bestaan op schadevergoeding. Andere bijzondere omstandigheden om van dat uitgangspunt af te wijken heeft verweerder gesteld, noch zijn anderszins gebleken.