Overwegingen
1. Verweerder heeft een randvoorwaardenkorting opgelegd vanwege twee niet‑nalevingen door appellante. De niet-nalevingen zijn geconstateerd door de NVWA bij een bedrijfscontrole op 22 december 2016. De eerste niet-naleving is het ontbreken van één of meer oormerken bij runderen op het bedrijf van appellante, waarvoor verweerder een korting van 1% heeft vastgesteld. Het betrof 29 runderen waarbij één oormerk ontbrak, en één rund waarbij beide oormerken ontbraken. De tweede niet‑naleving is het ontbreken van voldoende opslagcapaciteit voor vaste mest, waarvoor verweerder een korting van 3% heeft vastgesteld. Opgeteld komen de twee kortingen uit op 4% over 2016, het jaar waarin de niet-nalevingen hebben plaatsgehad.
2. Appellante heeft niet betwist dat de eerste niet-naleving heeft plaatsgehad. De tweede niet-naleving heeft zij wel betwist: volgens haar was de bestaande capaciteit van de mestopslag voldoende.
3. Op grond van de artikelen 91, 92 en 93 van Verordening (EU) nr. 1306/2013 van het Europees Parlement en de Raad van 17 december 2013 inzake de financiering, het beheer en de monitoring van het gemeenschappelijk landbouwbeleid (Verordening 1306/2013) dient een landbouwer die rechtstreekse betalingen ontvangt, de in bijlage II genoemde, uit de regelgeving voortvloeiende beheerseisen in acht te nemen. Bijlage II bij Verordening 1306/2013 verwijst naar de artikelen 4 en 5 van Richtlijn 91/676/EEG van de Raad van 12 december 1991 inzake de bescherming van water tegen verontreinigingen door nitraten uit agrarische bronnen. Deze beheerseisen zijn in Nederland onder meer uitgewerkt in artikel 3.1, aanhef en onder a, van de Uitvoeringsregeling, en bijlage 3, punt 1.18, bij de Uitvoeringsregeling, waarin wordt verwezen naar artikel 28, in samenhang met artikel 27, 29 en 30 van het Uitvoeringsbesluit Meststoffenwet (Uitvoeringsbesluit Msw) en in samenhang met artikel 36 van de Uitvoeringsregeling Meststoffenwet (Uitvoeringsregeling Msw). De beheerseisen komen er, samengevat, op neer dat een landbouwer die een aanvraag heeft ingediend voor rechtstreekse betalingen ervoor moet zorgen dat de capaciteit van de mestopslagruimte voldoende is voor de mest die in de periode van augustus tot en met februari op het bedrijf wordt geproduceerd.
4. Het betoog van appellante komt enerzijds erop neer dat de vereiste capaciteit van de opslagruimte voor vaste mest die voor haar bedrijf is vereist, kleiner is dan verweerder heeft berekend. Anderzijds stelt appellante dat de capaciteit van de mestopslagruimte op haar bedrijf toereikend is.
5. Wat betreft de vereiste capaciteit van de opslagruimte voor vaste mest overweegt het College het volgende. Verweerder heeft deze capaciteit berekend op 263 m3, aan de hand van de rekenregels van artikel 28, tweede lid, van het Uitvoeringsbesluit Msw en bijlage D, tabel I, kolom A, van de Uitvoeringsregeling Msw. In artikel 29 van het Uitvoeringsbesluit Msw is bepaald dat in vier gevallen de capaciteit van de mestopslagruimte kleiner kan zijn. In paragraaf 2.2 van de toelichting bij de wijziging van het Uitvoeringsbesluit Msw (Stb. 2009, 601) is vermeld dat indien een producent van dierlijke meststoffen over onvoldoende opslagcapaciteit beschikt vanwege de uitbreiding per 1 januari 2012 van de periode waarin dierlijke mest niet mag worden uitgereden, deze in beginsel uiterlijk 1 augustus 2012 opslagcapaciteit moet hebben bijgebouwd of gepacht. Vergroting van de opslagcapaciteit is niet noodzakelijk indien één van de vier afwijkingsmogelijkheden van artikel 29 op de producent van toepassing is. Het College begrijpt het betoog van appellante zo dat zij zich beroept op de uitzondering genoemd in het eerste lid, onder b. Die uitzondering komt erop neer dat een landbouwer kan aantonen dat de mest waarvoor geen opslagcapaciteit is, wordt aangewend op tot het bedrijf behorend bouwland of grasland. Het College stelt met verweerder vast dat appellante zich pas na de constatering van de niet-naleving door de NVWA op het standpunt heeft gesteld dat op haar een uitzondering van toepassing is, zonder die uitzondering nader te onderbouwen. De enkele verwijzing door appellante naar de hopen vaste mest op de kopakker, die gereed zouden liggen om te worden uitgereden, acht het College als onderbouwing onvoldoende. Gelet hierop heeft verweerder mogen uitgaan van een vereiste opslagruimte voor vaste mest van 263 m3.
6. Vervolgens dient te worden beoordeeld of de opslagruimte op het bedrijf voldoet aan die minimaal vereiste capaciteit. Allereerst moet worden vastgesteld dat het daarbij alleen gaat om opslagruimte voor vaste mest. Aan het betoog van appellante dat er voor drijfmest een opslagcapaciteit is van 18.000 m3, komt dus geen betekenis toe. De NVWA heeft over de bevindingen tijdens de controle op 22 december 2016 een inspectieverslag opgesteld, waarin is vermeld dat de mestopslag voor vaste mest op het erf een inhoud heeft van 105 m3. Appellante heeft dit niet betwist. Wel betoogt zij dat ook de opslag van vaste mest op de kopakker moet worden meegerekend. Appellante heeft daarbij gesteld dat de opslag daar voldoet aan artikel 3.65, tweede lid, van de Activiteitenregeling milieubeheer. In deze bepaling – een andere beheerseis waaraan een landbouwer die rechtstreekse betalingen ontvangt dient te voldoen op grond van artikel 3.1, aanhef en onder a, van de Uitvoeringsregeling, en bijlage 3, punt 1.16, bij de Uitvoeringsregeling – zijn de eisen gesteld waaraan moet worden voldaan bij de opslag van agrarische bedrijfsstoffen op een onverhard oppervlak indien deze langer dan twee weken maar korter dan een half jaar worden opgeslagen. Eén van de eisen is dat het opslaan in elk geval zodanig plaatsvindt dat contact met hemelwater wordt voorkomen. Naar aanleiding van het betoog van appellante heeft de NVWA een aanvullend rapport uitgebracht, gedateerd 20 oktober 2017. In het aanvullend rapport is vermeld dat de mestopslag niet was afgedekt, zoals ook te zien is op de foto behorend bij het aanvullend rapport. Al daarom volgt het College het betoog van appellante niet dat voldaan is aan artikel 3.65, tweede lid, van de Activiteitenregeling milieubeheer. Dat er geen vloeistof van de mestvaalt in het oppervlaktewater is terechtgekomen, zoals appellante heeft betoogd, is niet relevant. Voor zover appellante lijkt te betogen dat niet hoefde te worden voldaan aan artikel 3.65, tweede lid, van de Activiteitenregeling milieubeheer, omdat de mest slechts kort op de kopakker werd opgeslagen, volgt het College appellantes redenering niet. In dat geval zou naar het oordeel van het College namelijk geen sprake zijn van opslagruimte voor meststoffen, als bedoeld in artikel 28, eerste lid, van het Uitvoeringsbesluit Msw, gelet op de definitie daarvan in artikel 1, eerste lid, aanhef en onder z, namelijk een ruimte die in het kader van een bedrijf of een intermediaire onderneming wordt gebruikt of bestemd is om te worden gebruikt voor de opslag van meststoffen. Een andere uitleg zou ertoe leiden dat reeds het storten van mest op de kopakker van die locatie een opslagruimte zou maken. Verweerder heeft dus terecht het deel van de kopakker waar appellante de mest heeft gestort, niet meegerekend bij de vaststelling van de capaciteit van de mestopslagruimte. Nu de capaciteit van de mestopslagruimte op het bedrijf van appellante 105 m3 was, terwijl een capaciteit van 263 m3 vereist was, voldeed appellante niet aan de beheerseis van artikel 3.1, aanhef en onder a, van de Uitvoeringsregeling, en bijlage 3, punt 1.18, bij de Uitvoeringsregeling.
7. Appellante heeft betoogd dat verweerder voor de twee niet-nalevingen geen randvoorwaardenkorting van 4% mocht toepassen, maar had moeten volstaan met een waarschuwing (de zogeheten 'early warning').
8. Op grond van artikel 99, eerste lid, van Verordening 1306/2013 kan in het geval van een niet-naleving van gering belang de randvoorwaardenkorting worden gematigd. Verder kan op grond van het tweede lid, in gevallen van een niet-naleving die gelet op haar geringe ernst, omvang en duur geen aanleiding geeft tot een verlaging of uitsluiting, voor zover geen sprake is van een herhaling, worden volstaan met het doen van een waarschuwing. Gevallen die een rechtstreeks gevaar voor de volksgezondheid of de gezondheid van dieren vormen, geven altijd aanleiding tot verlaging of uitsluiting van de betalingen aan de begunstigde. Artikel 99 van Verordening 1306/2013 is nader uitgewerkt in artikel 2, eerste en tweede lid, van de Beleidsregel Uitvoeringsregeling rechtstreekse betalingen GLB (Beleidsregel). In artikel 2, eerste lid, van de Beleidsregel is neergelegd dat verweerder op grond van de beoordeling van de niet-naleving van de randvoorwaarde die, gelet op haar geringe ernst, omvang en duur, in naar behoren gemotiveerde gevallen geen aanleiding geeft tot een verlaging of uitsluiting, eerst een waarschuwing geeft als bedoeld in artikel 99, tweede lid, van Verordening 1306/2013, mits geen sprake is van een herhaling.
9. Over de randvoorwaardenkorting voor de eerste niet-naleving overweegt het College het volgende. In artikel 2, tweede lid, aanhef en onder g, van de Beleidsregel is bepaald dat wat betreft artikel 4 van Verordening 1760/2000 en artikel 11 van de Regeling identificatie en registratie van dieren er een niet-naleving als bedoeld in artikel 2, eerste lid, van de Beleidsregel is in het geval van het verlies van één oormerk bij maximaal 10 procent tot het absolute aantal van 20 runderen en de identiteit van de runderen kan worden aangetoond. Nu in het geval van appellante sprake was van 29 runderen met één oormerk, en één rund zonder oormerken, is geen sprake van een niet-naleving waarvoor eerst een waarschuwing wordt gegeven. Verweerder was gehouden om een randvoorwaardenkorting vast te stellen. Uit artikel 39 van Verordening 640/2014 volgt dat de randvoorwaardenkorting in de regel 3% bedraagt. Verweerder heeft aanleiding gezien om in dit geval vanwege de relatief beperkte omvang van de niet-naleving de randvoorwaardenkorting van 3% te verlagen naar 1%. Voor een verdere verlaging van de korting tot nihil ziet het College geen grond.
10. De tweede niet-naleving wordt in het geheel niet genoemd in de Beleidsregel als niet‑naleving waarvoor eerst een waarschuwing wordt gegeven. Verweerder heeft een randvoorwaardenkorting van 3% opgelegd. Het College ziet geen aanleiding voor het oordeel dat verweerder eerst een waarschuwing aan appellante had moeten geven, gelet op aard en omvang van de door hem geconstateerde niet‑naleving. Evenmin ziet het College aanleiding voor het oordeel dat verweerder een lagere korting had moeten opleggen.
11. Het beroep is ongegrond. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.