De inkeerregeling raakt zowel de fiscale beboeting als de belastingheffing en inning. Onder de oude inkeerregeling schreef de wet in de kern dwingend voor dat het opleggen van een vergrijpboete niet (meer) mogelijk is bij inkeer. De inkeerregeling is bovendien algemeen van aard; zij maakt geen onderscheid tussen de ene of de andere vergrijpboete. Zo bezien zou de regeling kunnen worden aangemerkt als een algemene regel met betrekking tot de sanctieoplegging als bedoeld in het arrest NJ 2012/78. De oude inkeerregeling heeft kenmerken van een vervolgingsuitsluitingsgrond (vgl. ook de voormelde uitspraak van rechtbank Gelderland). Daarbij moet echter wel worden aangetekend dat die vervolgingsuitsluiting een voorwaardelijk karakter heeft: de uitsluiting is eerst van toepassing indien ingekeerd is.
Anderzijds staat de inkeerregeling los van de strafwaardigheid van het doen van een opzettelijk onjuiste aangifte; haar achtergrond is gelegen in het belang van belastingheffing. Door bij inkeer niet (dan wel lager) te beboeten wordt een drempel voor belastingplichtigen weggenomen (dan wel verlaagd) om alsnog aan belastingverplichtingen te voldoen (vgl. bij de invoering van de inkeerregeling bijv. Kamerstukken II 1993/94, 23 470, nr. 3, p. 17-18). Verder kunnen wijzigingen bij de inkeerregeling beleidsmatig worden ingezet als prikkel. Zo kan indien een sobere inkeerregeling bestaat, de wetgever of de besluitgever ervoor kiezen om die (al dan niet tijdelijk) ruimhartiger te maken, om inkeer zo aantrekkelijker te maken althans om belastingplichtigen nog ‘een laatste kans’ te bieden (vgl. de toelichting bij de tijdelijke versoepeling van de inkeerregeling van 2 september 2013 tot en met 1 juli 2014 in de beleidssfeer (“een laatste kans te bieden om schoon schip te maken”); Besluit van 2 september 2013, nr. BLKB2013/509M, Stcrt. 2013, 25169). Evenzo kan de wetgever ervoor kiezen om een ruimhartige inkeerregeling te versoberen met (mede) als doel een forse prikkel te geven om alsnog vóór het van toepassing worden van de versobering in te keren.
Een dergelijke laatste maatregel zou echter aan effectiviteit inboeten indien het op grond van het EVRM niet toegestaan zou zijn om die versobering te laten werken voor nog niet ingekeerde gevallen. De vraag rijst of een dergelijke inperking van de vrijheid van lidstaten om maatregelen te treffen ter bevordering van de belastingheffing, voortvloeit uit het EVRM. In dat verband is van belang dat het EHRM (ook) met betrekking tot artikel 7 EVRM erop heeft gewezen dat “having regard to the aim of the Convention, which is to protect rights that are practical and effective, it may also take into consideration the need to preserve a balance between the general interest and the fundamental rights of individuals and the notions currently prevailing in democratic States” (EHRM 22 juni 2000, nrs. 32492/96, 32547/96, 32548/96, 33209/96 en 33210/96, Coëme e.a., rov. 145). Voorts is van belang dat het EHRM tot uitdrukking heeft gebracht belastingontduiking problematisch te achten (vgl. EHRM 6 oktober 2016, nr. 33696/11, K.S. en M.S., rov. 48) en dat het EHRM wettelijke maatregelen tegen belastingontduiking of belastingontwijking niet snel in strijd met een EVRM-recht acht (vgl. EHRM 13 januari 2015, nr. 50131/12, Huitson, rov. 30). De voormelde vraag rijst ook omdat betoogd kan worden dat het niet langer een beroep kunnen doen op de gunstigere inkeerregeling zoals die eerder gold, niet een wezenlijke aantasting is van (de kern van) het door artikel 7 EVRM beschermde recht, in aanmerking genomen dat artikel 7 EVRM in het bijzonder een waarborg is tegen willekeur en de rechtszekerheid beschermt. In een geval zoals hier is van belang dat belanghebbende had kunnen inkeren, en dat hij daarvoor op grond van een overgangsregeling nog een half jaar extra tijd heeft gehad. Van schending van gerechtvaardigde verwachtingen en daarmee van rechtszekerheid is in dat opzicht geen sprake.