3.De rechtbank overweegt als volgt.
3.1Eiseres voert in beroep aan dat de bij de berekening van de overschrijding van de gebruiksnormen gehanteerde beginvoorraad van 1 januari 2007 dusdanig hoog is dat er gerede twijfel bestaat of dat wel de werkelijke hoeveelheid betreft. Volgens eiseres is de opgave naar alle waarschijnlijkheid door eiseres foutief gedaan, daar 2006 het eerste jaar van het nieuwe mestbeleid betrof.
3.2De rechtbank stelt voorop dat als sprake is van het opleggen van een punitieve sanctie, het in beginsel op de weg van verweerder ligt om, op basis van concrete feiten en omstandigheden, aan te tonen, dat, en zo ja, in hoeverre, een vermeende overtreder de gebruiksnormen heeft overtreden. Uit de Memorie van Toelichting bij het wetsvoorstel invoering gebruiksnormen (TK 2004-2005, 29930, nr. 3, blz. 68) blijkt echter dat de normstelling met betrekking tot de gebruiksnormen zodanig is ingericht, dat het zwaartepunt bij de verantwoording van de gebruikte hoeveelheid meststoffen bij de gebruiker van die meststoffen ligt. Dit betekent dat verweerder bij de vaststelling of de gebruiker aan de gebruiksnormen voldoet, in beginsel van de door de gebruiker zelf aangeleverde gegevens uitgaat. Uit de Memorie van Toelichting blijkt verder dat het, indien vast is komen te staan dat de agrariër meststoffen heeft gebruikt, primair aan de agrariër is om zich bij wijze van strafuitsluitingsgrond te beroepen op voldoening aan de voorwaarden van artikel 8 van de Msw voor opheffing van het verbod en dit ook aannemelijk te maken, waarbij het beginsel van de vrije bewijsleer geldt. De rechtbank verwijst hierbij naar de uitspraak van het College van Beroep voor het bedrijfsleven (CBB) van 12 april 2012 (ECLI:NL:CBB:2012:BW3286) en naar de uitspraak van de rechtbank Zwolle-Lelystad van 13 april 2012 ECLI:NL:RBZLY:2012:405). 3.3Uit vorengeschetst toetsingskader volgt dat verweerder mag uitgaan van de door de gebruiker aangeleverde gegevens en dat bij een beroep op het niet, of in geringere mate dan door verweerder gesteld, overschrijden van de gebruiksnormen, het aan de gebruiker/overtreder is om dat aannemelijk te maken.
3.4Niet in geschil is dat verweerder is uitgegaan van de door eiseres opgegeven beginvoorraad 2007 van 3800 ton. De grief van eiseres dat de opgave vanwege de onwennigheid met het nieuwe mestbeleid waarschijnlijk onjuist is geweest, slaagt niet Eiseres heeft deze grief niet onderbouwd of anderszins aannemelijk gemaakt. De enkele stelling dat eiseres de beginvoorraad 2007 mogelijk te hoog heeft ingeschat, is volstrekt onvoldoende voor de conclusie dat verweerder bij vaststelling van de overschrijdingen is uitgegaan van een onjuiste beginvoorraad.
3.5Eiseres betoogt verder dat de herberekening van de eindvoorraad bij het bestreden besluit op basis van de bezinklaag in de put onvolledig is, omdat die berekeningsmethode niet tevens zou zijn toegepast op de beginvoorraad.
3.6Uit de onderliggende stukken is gebleken dat verweerder bij de berekening van de overschrijding van de gebruiksnormen door eiseres rekening heeft gehouden met de jaarlijkse aangroei van de bezinklaag in de mestopslag, zijnde een laag die in de loop van de tijd bij mestopslag ontstaat, waarbij het fosfaatgehalte, en, in mindere mate, het stikstofgehalte, toeneemt. Verweerder heeft dit gedaan door de eindvoorraad 2007 te vermeerderen met de jaarlijkse toename van de bezinklaag, hetgeen de rechtbank niet onredelijk voorkomt. Bij de berekening is, naar de rechtbank aanneemt, de bezinklaag in de beginvoorraad als uitgangspunt genomen voor berekening van de toename van de bezinklaag over 2007. Eiseres kan niet worden gevolgd in haar grief dat de herberekening van de eindvoorraad bij het bestreden besluit op dit punt onvolledig of anderszins onjuist is geweest.
4.1Eiseres stelt verder dat verweerder ten onrechte niet tot matiging van de boete is over gegaan en wijst in dat verband op eiseresses geringe draagkracht, op het ontbreken van enige milieuschade vanwege van het overschrijden van de gebruiksnormen en op het ontbreken van enig voordeel voor eiseres. Verder stelt eiseres dat van enige opzet geen sprake is en dat ook het dossier geen aanwijzingen bevat voor het bewust ontduiken van de mestregels door eiseres.
4.2De rechtbank overweegt dat verweerder telkens per geval dient te beoordelen of in het concrete geval de hoogte van de boete evenredig is. De rechtbank toetst dit zonder terughoudendheid, in aanmerking genomen dat het hier een “criminal charge” betreft als bedoeld in artikel 6 van het Europees Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de Fundamentele Vrijheden (EVRM).
4.3Voor wat betreft het door eiseres gesteld ontbreken van economisch voordeel is de rechtbank van oordeel dat de afvoer van meststoffen als een kostenpost kan worden aangemerkt, zodat zij profijt heeft gehad van het onvoldoende afvoeren van meststoffen.
Voorts kan eiseres niet worden gevolgd in haar grief dat van milieuschade geen sprake is. Het verbod van artikel 7 van de Msw strekt ertoe te voorkomen dat er teveel meststoffen op of in de bodem worden gebracht en daarmee tot het voorkomen van het ontstaan van milieuschade. Overtreding van het verbod impliceert dat er milieuschade ontstaat.
Voor wat betreft het door eiseres in dit verband gestelde, dat van economisch voordeel en van milieuschade geen sprake is omdat de aan de boetes ten grondslag gelegde overschrijdingen van de gebruiksnormen zijn gebaseerd op onjuiste uitgangspunten, verwijst de rechtbank naar het overwogene onder 3.4 en 3.6.
Dat eiseres van het begaan van de overtredingen geen verwijt kan worden gemaakt, is niet gebleken. Eiseres is verantwoordelijk voor het niet overschrijden van de gebruiksnormen. De enkele stelling dat eiseres naar eer en geweten heeft getracht de mineraalstromen inzichtelijk te maken, kan hieraan niet afdoen.
4.4Voor wat betreft de verminderde draagkracht volgt de rechtbank verweerder niet in zijn standpunt dat uit de uitspraak van het CBB van 7 juni 2007 (ECLI:NL:CBB:BA7443) volgt dat een beroep op matiging vanwege verminderde draagkracht reeds niet moet worden gehonoreerd omdat de overtreding tot voordeel voor de overtreder of tot milieuschade heeft geleid.
Dat standpunt berust naar het oordeel van de rechtbank op een onjuiste lezing van de betreffende uitspraak. In de betreffende uitspraak is overwogen dat de betreffende overtreder ten onrechte niet in de gelegenheid is gesteld zijn financiële situatie nader toe te lichten, waarbij het ontbreken van schade bij derden en van profijt voor de overtreder als bijkomende omstandigheden worden genoemd voor de conclusie dat het hoger beroep gegrond is. Uit de uitspraak volgt niet dat indien sprake is van voordeel voor de overtreder en/of van milieuschade, een beroep op matiging wegens verminderde draagkracht nooit kan slagen.
4.5Eiseres heeft ter onderbouwing van haar stelling dat zij verminderd draagkrachtig is in de bezwaarfase de jaarrekeningen van 2007 en 2008 overgelegd. Verder heeft zij aangegeven dat de betaling van de boete het einde van haar bedrijf zal betekenen. Verzoekster heeft weliswaar een bankgarantie gekregen voor betaling van het boetebedrag maar als verzoekster het boetebedrag daadwerkelijk moet betalen, zullen de varkensrechten in het kader van het gevestigde pandrecht aan de bank toekomen en zal het bedrijf van eiseres worden geliquideerd, aldus eiseres.
4.6De rechtbank stelt vast dat eiseres in beroep geen recente financiële stukken heeft overgelegd, waaruit blijkt dat de onderneming van eiseres in financieel in gevaar komt indien zij de boete, die bij de beslissing reeds is teruggebracht is van € 149.396, - naar € 44.019,50, dient te betalen.
5.1Tot slot stelt eiseres dat de boete gematigd dient te worden wegens overschrijding van de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6, eerste lid, van het EVRM.
5.2Artikel 6, eerste lid, van het EVRM brengt mee dat een ieder bij het vaststellen van zijn burgerlijke rechten en verplichtingen of bij het bepalen van de gegrondheid van een tegen hem ingestelde vervolging, recht heeft op een eerlijke en openbare behandeling van de zaak, binnen een redelijke termijn, door een onafhankelijke en onpartijdige rechter. De onderhavige procedure waarbij verweerder besluiten heeft genomen waarbij aan eiseres – ter zake van overtreding van de Msw– boetes zijn opgelegd, is begrepen onder de werkingssfeer van artikel 6 EVRM. De rechtbank dient derhalve te beoordelen of de hiervoor bedoelde redelijke termijn is overschreden. Daarbij geldt, zoals ook uit de jurisprudentie van het Europese Hof voor de Rechten van de Mens naar voren komt, dat de redelijkheid van de termijn niet in abstracto kan worden bepaald maar steeds moet worden beoordeeld in het licht van de omstandigheden van het specifieke geval, waarbij onder meer in aanmerking moet worden genomen de ingewikkeldheid van de zaak, het processuele gedrag van partijen en het belang dat in het geding is.
5.3De redelijke termijn neemt een aanvang wanneer door verweerder jegens de betreffende onderneming een handeling wordt verricht waaraan deze in redelijkheid de verwachting heeft ontleend, en in redelijkheid ook de verwachting heeft kunnen ontlenen, dat haar wegens overtreding van de Msw een boete zal kunnen worden opgelegd.
In casu heeft eiseres aan het boetevoornemen van 4 februari 2009 de verwachting kunnen ontlenen dat aan haar een boete zou kunnen worden opgelegd.
5.4Naar het oordeel van de rechtbank heeft voor de beslechting van een geschil als het onderhavige in eerste aanleg als uitgangspunt te gelden dat die niet binnen een redelijke termijn is geschied, indien de rechtbank niet binnen twee jaar nadat die termijn is aangevangen uitspraak doet. Aangezien de redelijke termijn is aangevangen met genoemd boetevoornemen van 4 februari 2009 en de rechtbank met een uitspraak van heden uitspraak doet, is de redelijke termijn met 33 maanden overschreden.
5.5Er zijn in de voorliggende zaak geen omstandigheden aan te wijzen die een langere behandeltermijn dan twee jaar rechtvaardigen. Verweerder heeft geen argumenten aangevoerd die de overschrijding van de redelijke termijn in de fase van de bestuurlijke besluitvorming zouden kunnen rechtvaardigen. Uit het dossier blijkt niet dat de overschrijding van de redelijke termijn te wijten is aan het feit dat eiseres na indiening van de aanvullende bezwaargronden bij brief van 7 oktober 2009, zoals verweerder stelt, meerdere malen informatie heeft verstrekt waardoor het nemen van de beslissing op bezwaar is vertraagd. Uit de onderliggende stukken blijkt wel dat verweerder bij brief van 6 september 2011 eiseres in het kader van het nemen van een beslissing op bezwaar vragen heeft gesteld, echter zij heeft bij brief van 2 november 2011 antwoord gegeven op de gestelde vragen, zodat niet kan worden gezegd dat de overschrijding van de redelijke termijn te wijten is aan het processuele gedrag van eiseres. Het dossier bevat daarvoor ook verder geen aanknopingspunten. Het feit dat de boetes bij de beslissing op bezwaar aanzienlijk zijn verlaagd acht de rechtbank, anders dan verweerder, in dit kader niet relevant.
Ook ziet de rechtbank geen aanleiding om te oordelen dat de zaak als ingewikkeld is aan te merken, waardoor een langere termijn dan de termijn van twee jaar als redelijk is aan te merken.
5.6De rechtbank ziet in deze overschrijding van de termijn met 33 maanden aanleiding de boete te verminderen. Daarbij overweegt de rechtbank dat in geval als het onderhavige waarin sprake is van een overschrijding van meer dan twaalf maanden met inachtneming van de jurisprudentie van de Hoge Raad over de mate van vermindering naar bevind van zaken wordt gehandeld (zie onder meer de uitspraak van 19 december 2008, ECLI:NL:HR:2008:BD0191). De rechtbank acht, gelet op alle omstandigheden, een vermindering van de boete met 25 procent, te weten met € 11.004,88 redelijk.