Beoordeling door de rechtbank
7. Partijen verschillen van mening over het antwoord op de vraag of de wijziging in de bedrijfsvoering van Zuiderzee natuurvergunningplichtig is. De vraag staat centraal of intern gesaldeerd mag worden met een onherroepelijke milieuvergunning van Zuiderzee. De vraag die partijen daarbij verdeeld houdt is of de milieuvergunning onder de overgangsrechtelijke bepaling uit artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb valt en bij het intern salderen als referentiesituatie gebruikt kan worden.
8. De rechtbank komt in deze uitspraak tot het oordeel dat artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb niet van toepassing is op de milieuvergunning, omdat deze vergunning niet voorziet in een toetsing aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. De milieuvergunning mag daarom niet gebruikt worden om intern mee te salderen. Dat brengt de rechtbank tot het oordeel dat gedeputeerde staten zich ten onrechte op het standpunt hebben gesteld dat de bedrijfswijziging door intern salderen niet leidt tot een toename van stikstofdepositie en daarom niet natuurvergunningplichtig is. Hierna legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt en welke gevolgen dit oordeel heeft.
Grondslag positieve weigering
9. De natuurvergunning is geweigerd, omdat de aangevraagde situatie ten opzichte van de referentiesituatie volgens gedeputeerde staten en volgens Zuiderzee niet leidt tot een toename van stikstofdepositie. Dat staat bekend als intern salderen. Bij intern salderen is volgens vaste rechtspraak van de Afdeling op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen voor een stikstofgevoelig Natura 2000-gebied heeft. Projecten die met intern salderen niet tot een toename van stikstofdepositie leiden zijn daarom (sinds de wetswijziging van artikel 2.7, tweede lid, Wnb per 1 januari 2020) niet langer vergunningplichtig.Volgens gedeputeerde staten kan de milieuvergunning van 16 juni 2008, gelet op artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb, als referentiesituatie gebruikt worden.
10. Op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb geldt een vergunningplicht voor plannen of projecten die significante gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied.
11. In artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb staat dat artikel 2.7, tweede lid, niet van toepassing is op projecten en andere handelingen ten aanzien waarvan, voor 1 februari 2009, op grond van een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 en met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn, een besluit is genomen waarbij dat project of die handeling is toegestaan, dan wel een aanvraag voor het nemen van dat besluit is gedaan en dat besluit na die datum onherroepelijk is geworden.
12. Artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb bevat een uitzondering op de vergunningplicht. Het gaat om een overgangsrechtelijke bepaling. Uit de Memorie van Toelichting bij dit artikel volgt dat de implementatie van de Habitatrichtlijn met de wijzigingen van de Natuurbeschermingswet 1998 per 1 oktober 2005 en 1 februari 2009 is gecomplementeerd en sindsdien voorziet in een zelfstandig regime ter toetsing van projecten en andere handelingen aan de vereisten van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. Tot die tijd werd de toetsing van projecten en handelingen aan de vereisten van artikel 6 van de Habitatrichtlijn zoveel mogelijk verricht bij het nemen van andere besluiten die voorzagen in de autorisatie van het project of de handeling, bijvoorbeeld milieu(revisie)vergunningen, vrijstellingen op grond van artikel 19 van de Wet op de ruimtelijke ordening, bestemmingsplannen en ontgrondingenvergunningen. Dit op basis van een zogenoemde richtlijnconforme interpretatie van de rechtstreeks werkende onderdelen van artikel 6 van de Habitatrichtlijn. De Memorie van Toelichting vermeldt verder dat het voorgestelde achtste lid regelt dat deze projecten en handelingen niet nogmaals aan de vereisten van de Habitatrichtlijn hoeven te worden getoetst.
13. In artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb staat een aantal voorwaarden waaraan een besluit moet voldoen om onder deze bepaling te vallen. Ten eerste moet het besluit op grond waarvan het project of de andere handeling is toegestaan zijn genomen vóór 1 februari 2009. Ten tweede moet dit besluit berusten op een andere wettelijke grondslag dan artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998. Ten derde moet bij dit besluit artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn in acht zijn genomen. Als aan deze voorwaarden is voldaan, dan is een uitzondering op de natuurvergunningplicht aan de orde en kan het andere besluit gelijkgesteld worden met een natuurvergunning, waarmee intern gesaldeerd kan worden.
Valt de milieuvergunning onder artikel 9.4, achtste lid, van de Wet natuurbescherming?
14. De discussie tussen partijen spitst zich toe op de vraag of de milieuvergunning is genomen met inachtneming van artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn. Volgens gedeputeerde staten heeft bij de verlening van de milieuvergunning een toets aan artikel 6 van de Habitatrichtlijn plaatsgevonden en kan de milieuvergunning daarom als referentiesituatie gebruikt worden. Onder verwijzing naar de literatuur stellen gedeputeerde staten zich op het standpunt dat het achtste lid van artikel 9.4 zo uitgelegd moet worden dat
eentoets aan artikel 6 van de Habitatrichtlijn heeft plaatsgevonden en dat het waarschijnlijk niet de bedoeling van de wetgever is geweest om deze bepaling zo uit te leggen dat moet worden nagegaan of de toets toentertijd correct is geweest. MOB betoogt dat uit de milieuvergunning blijkt dat helemaal geen toets aan artikel 6 van de Habitatrichtlijn heeft plaatsgevonden. Daarom is de overgangsbepaling volgens MOB niet van toepassing op de milieuvergunning.
15. In paragraaf 3.3 van de milieuvergunning staat het volgende:
3.3Natuurbeschermingsregelgeving