Overwegingen
1. Deze uitspraak bouwt voort op de tussenuitspraak. De rechtbank blijft bij al wat zij in de tussenuitspraak heeft overwogen en beslist, tenzij hierna uitdrukkelijk anders wordt overwogen. Het staat de rechtbank niet vrij om terug te komen van zonder voorbehoud gegeven oordelen in de tussenuitspraak. Dit is alleen anders in zeer uitzonderlijke gevallen. De rechtbank verwijst hiervoor naar de uitspraken van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (ABRvS) van 24 augustus 2011 (ECLI:NL:RVS:2011:BR5704) en 15 augustus 2012 (ECLI:NL:RVS:2012:BX4694). 2. In de tussenuitspraak is het beroep van eiser, dat bij de rechtbank is binnengekomen als een beroep tegen het niet-tijdig beslissen op bezwaar, onder toepassing van artikel 6:20, derde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) ook gericht geacht tegen het alsnog genomen inhoudelijke bestreden besluit I. Het beroep van eiser is verder op grond van artikel 4:19, eerste lid, van de Awb ook aangemerkt als gericht tegen het bestreden besluit II, waarbij is geweigerd eiser dwangsommen toe te kennen. De rechtbank heeft in de tussenuitspraak een rechterlijk oordeel gegeven over deze twee besluiten.
3. In haar tussenuitspraak heeft de rechtbank, kort gezegd, overwogen dat vaststaat dat aan het primaire besluit gebreken kleven. De bezwaarcommissie heeft immers geconstateerd dat de besluitvorming onzorgvuldig is geweest en dat het primaire besluit onvoldoende is gemotiveerd. Verweerder had vervolgens op grond van artikel 7:11, eerste lid, van de Awb moeten komen tot een heroverweging van dat primaire besluit. Daarbij had verweerder moeten betrekken dat eisers aanvraag is gedaan voor een Veni-subsidie in de subsidieronde 2012. Door de aanvraag van eiser bij het bestreden besluit I te laten instromen in de subsidieronde van 2013, is verweerder de grenzen van de heroverweging in bezwaar te buiten gegaan. Bovendien moet een heroverweging in bezwaar weliswaar doorgaans ex nunc plaatsvinden, maar is in dit geval sprake van een uitzonderingssituatie. Eiser streed in de subsidieronde van 2012 met andere aanvragers om een beperkt budget in een zogenoemd tender-systeem. Uit jurisprudentie van de ABRvS (zie bijvoorbeeld de uitspraken van 13 november 2002, ECLI:NL:RVS:2002:AF0298 en 26 september 2012, ECLI:NL:RVS:2012:BX8283) volgt dat de aard van een dergelijke beslissing zich verzet tegen een ex nunc heroverweging. Dat betekent dat bij het nemen van de beslissing op bezwaar de regels moesten worden toegepast die destijds ook voor de andere aanvragers golden en dat de aanvraag van eiser moest worden vergeleken met de andere aanvragen in de subsidieronde 2012. Verder heeft de rechtbank overwogen dat verweerder onzorgvuldig heeft gehandeld doordat hij bij het plannen van een nieuw interview met eiser - dat hij nodig achtte voor de afhandeling van het bezwaar - geen rekening heeft gehouden met eisers beschikbaarheid en de voorbereidingstijd van eiser.
De rechtbank heeft ten aanzien van het bestreden besluit II overwogen dat, anders dan verweerder, wel sprake is van overschrijding van de beslistermijn in bezwaar en dat eiser recht heeft op de uitbetaling van een dwangsom ter hoogte van € 900,-.
De rechtbank heeft verweerder voorgehouden hoe hij de geconstateerde gebreken alsnog kan herstellen. Verweerder dient een nieuwe beslissing op bezwaar te nemen met inachtneming van de tussenuitspraak. Dit betekent dat de heroverweging moet plaatsvinden op grond van de aanvraag voor subsidie in de subsidieronde 2012, en ex tunc, met inachtneming van de feiten en omstandigheden ten tijde van de primaire besluitvorming, ook voor wat betreft de innovativiteit van het onderzoeksvoorstel. Verweerder mag echter wel uit het oogpunt van zorgvuldigheid in redelijkheid een nieuw interview houden en een nieuwe beoordelingscommissie instellen. Bij het houden van een nieuw interview moet verweerder uitgaan van de feiten en omstandigheden zoals die waren ten tijde van het primaire besluit. Ook de innovativiteit van het onderzoeksvoorstel moet aan de hand van de feiten en omstandigheden destijds worden beoordeeld. De resultaten van het nieuwe interview met eiser moeten worden afgezet tegen de interviewresultaten van de andere kandidaten in de subsidieronde 2012. Verweerder kan dit doen aan de hand van de gespreksverslagen en de aan de kandidaten verleende scores. Verder moet verweerder bij het inplannen van een eventueel interview rekening houden met de beschikbaarheid en de voorbereidingstijd van eiser. Als uit de heroverweging zou blijken dat de score van eiser binnen de slaaggrens van de subsidieronde 2012 zou vallen, moet de subsidie aan eiser alsnog worden toegekend.
De rechtbank heeft verweerder tot slot in overweging gegeven dat, indien verweerder tot de conclusie zou komen dat een heroverweging ex tunc voor de subsidieaanvraag binnen de subsidieronde 2012 praktisch gezien niet haalbaar zou zijn, verweerder ook toepassing zou kunnen geven aan artikel 2.2.9 van de van de NWO-Regeling subsidies (de Regeling), waarin voor verweerder een discretionaire bevoegdheid is neergelegd om subsidie te verlenen zonder dat daaraan een positief advies van een beoordelingscommissie aan ten grondslag ligt.
4. Verweerder heeft met het bestreden besluit III de gebreken in de besluitvorming die in de tussenuitspraak zijn geconstateerd trachten te herstellen. De rechtbank acht het beroep van eiser op grond van artikel 6:19, eerste lid, van de Awb mede gericht tegen het bestreden besluit III.
5. Omdat verweerder een beslissing op het bezwaar heeft genomen, heeft eiser geen belang meer bij zijn beroep niet tijdig en omdat hij de bestreden besluiten I en II heeft ingetrokken, heeft eiser ook geen belang meer bij een inhoudelijke beoordeling van zijn beroep tegen deze besluiten. Het beroep, voor zover gericht tegen het niet-tijdig beslissen en tegen de bestreden besluiten I en II, wordt daarom wegens het ontvallen van een procesbelang niet-ontvankelijk verklaard.
6. Dit betekent vervolgens dat het beroep zich alleen nog richt tegen het bestreden besluit III.
7. Voordat verweerder dit besluit heeft genomen heeft hij de rechtbank bij brief van 2 juni 2014 bericht dat hij het niet eens is met de overweging dat verweerder de aanvraag van eiser uitsluitend had mogen vergelijken met alle overige aanvragen uit de Veni-ronde 2012. Deze werkwijze acht verweerder redelijkerwijs niet uitvoerbaar voor NWO. Verweerder heeft in de brief twee andere mogelijkheden voor herstel voorgesteld:
Een aanvraag krijgt een kans in de eerstvolgende subsidieronde (waarbij de aanvraag mag worden geactualiseerd en verbeterd naar aanleiding van de verkregen referentenrapporten en het afwijzingsbesluit);
Een onafhankelijke deskundige ad hoc beoordelingscommissie wordt ingesteld om de aanvraag te vergelijken met twee aanvragen uit dezelfde subsidieronde rond de honoreringsstreep.
Verweerder heeft zich op het standpunt gesteld dat deze twee werkwijzen vallen binnen de bestuurlijke heroverweging en dat hiermee ruim voldoende rechtsbescherming wordt geboden aan de aanvrager. Verweerder is voornemens om in het geval van eiser een beoordeling door een ad hoc commissie te laten plaatsvinden, zoals genoemd onder punt 2. Verweerder heeft de rechtbank verzocht om aan te geven of hij hiermee de in de tussenuitspraak geconstateerde gebreken voldoende kan herstellen.
8. De rechtbank heeft bij brief van 5 juni 2014 aan verweerder bericht dat zij op voorhand geen uitspraken doet over de wijze waarop herstel kan worden geboden, anders dan in de tussenuitspraak is neergelegd.
9.
Bij het bestreden besluit III heeft verweerder het bezwaar van eiser gedeeltelijk gegrond verklaard en eiser een ‘nieuwe kans’ geboden om een (aangepast of nieuw) onderzoeksvoorstel in te dienen in de Veni-ronde 2015. Deze werkwijze is conform de vaste werkwijze die is neergelegd in de Richtlijn voor herbeoordeling van onderzoeksvoorstellen door NWO (de Richtlijn), die op 25 juni 2014 is vastgesteld door verweerder. Deze Richtlijn heeft verweerder bij het besluit gevoegd. Ten aanzien van deze Richtlijn overweegt de rechtbank dat deze gedateerd is van ná de tussenuitspraak en voor deze procedure daarmee geen relevantie heeft. Deze Richtlijn kan hooguit uitkomst bieden in toekomende gevallen en blijft om die reden buiten bespreking. Verder is door verweerder toegelicht dat de eerder voorgestelde herbeoordeling van eisers aanvraag met twee aanvragen uit dezelfde subsidieronde rond de honoreringsstreep door een ad hoc commissie in dit geval niet mogelijk is, omdat de verslaglegging van de interviews van de twee aanvragen uit de Veni-ronde 2012 waarmee de aanvraag van eiser zou moeten worden vergeleken, niet zodanig zijn dat door een ad hoc commissie een goede en eerlijke vergelijking kan worden gemaakt.
Door een nieuw besluit te nemen en daarin voor te stellen om de aanvraag niet ex tunc te beoordelen, maar mee te nemen in de nieuwe subsidieronde, is verweerder geheel voorbij gegaan aan wat daarover in de tussenuitspraak is overwogen. De rechtbank kan, zoals al overwogen onder rechtsoverweging 1, anders dan verweerder kennelijk meent, behalve in zeer uitzonderlijke gevallen niet terugkomen van zo'n in de tussenuitspraak gegeven oordeel. Uit wat verweerder heeft opgemerkt in het bestreden besluit volgt niet dat zich hier zo'n zeer uitzonderlijk geval voordoet dat rechtvaardigt dat de rechtbank terugkomt van haar oordeel in de tussenuitspraak. Dat verweerder een Richtlijn heeft vastgesteld hoe om te gaan met herbeoordelingen van onderzoeksvoorstellen naar aanleiding van bezwaar- en beroepsprocedures is niet een dergelijke uitzonderlijk geval. Evenmin kan als uitzonderlijk worden aangemerkt dat verweerder een andere mening blijft toegedaan. In zo’n geval staat de weg van het hoger beroep open en had verweerder de rechtbank mee moeten delen dat hij niet voornemens was om gebruik te maken van de geboden herstelmogelijkheid.
10. De rechtbank stelt vast dat verweerder in het bestreden besluit III is voorbijgegaan aan dat wat in de tussenuitspraak expliciet is overwogen over het ex tunc karakter van de herbeoordeling in bezwaar bij subsidies die worden toegekend in een tender-systeem. De aanvraag van eiser heeft betrekking op het subsidiejaar 2012 en dat vergt in dit geval een toetsing aan dat subsidiejaar en niet aan het subsidiejaar 2013, zoals verweerder bij het bestreden besluit II had voorgesteld, noch aan het subsidiejaar 2015, zoals hij nu voornemens is. Daarmee stelt de rechtbank vast dat verweerder met bestreden besluit III het geconstateerde gebrek niet heeft hersteld.
11. De rechtbank stelt verder vast dat verweerder ook tijdens de tweede zitting de aanvraag van eiser op geen enkele manier in het subsidiejaar 2012 heeft geplaatst noch heeft willen plaatsen. Het door eiser voorgestelde idee om aan de hand van de gegevens die wel voorhanden zijn, een herberekening van zijn score te maken – een mogelijkheid die hij al in bezwaar heeft geopperd - en dan te bekijken of dat tot toewijzing zou hebben geleid, heeft verweerder van de hand gewezen. Ook de mogelijkheid om met toepassing van de tussenuitspraak genoemde discretionaire bevoegdheid van artikel 2.2.9 van de Regeling tot een oplossing te komen, heeft verweerder niet benut. Hierbij heeft hij herhaald dat hij de bij het besluit gekozen oplossing voldoende vindt en dat hij - ondanks de tekst van artikel 2.2.9 van de Regeling - nooit overgaat tot subsidieverlening zonder dat de mate van wetenschappelijkheid door een adviescommissie is vastgesteld. Dit zou een adviescommissie kunnen doen door het voorstel te beoordelen in de subsidieronde 2015, aldus verweerder.
12. Dit plaatst de rechtbank voor de volgende moeilijkheid: een beoordeling van eisers aanvraag uit 2012 door een ad hoc commissie is volgens verweerder niet mogelijk vanwege de gebrekkige verslaglegging van interviews van de andere relevante aanvragers in 2012 (en die van eiser zelf). Verweerder heeft geen andere mogelijkheid aangedragen om de aanvraag van eiser ex tunc te beoordelen naar het subsidiejaar 2012. Als de rechtbank nu overgaat tot een (gedeeltelijke) vernietiging van het bestreden besluit III en verweerder zal opdragen - met inachtneming van deze uitspraak en de tussenuitspraak - een nieuw besluit te nemen, zal dit hoogstwaarschijnlijk niet leiden tot een andere uitkomst dan al is aangedragen in het bestreden besluit III. Deze gang van zaken zal dus niet leiden tot de vereiste ex tunc beoordeling van eisers bezwaar. Verweerder kan en wil hieraan, zo blijkt overduidelijk uit de gedingstukken en het standpunt van verweerder ter zitting, niet voldoen.
13. Daar staat tegenover dat het wetenschappelijke gehalte van het onderzoeksvoorstel van eiser (nog steeds) niet vaststaat. Anders dan bijvoorbeeld in de uitspraak van de ABRvS van 23 januari 2013 (ECLI:NL:RVS:2013:BY9183) ligt hier dus niet een situatie voor waarin de rechtbank zelf, gesteund door nadere informatie van verweerder, een eindscore kan bepalen voor het onderzoeksvoorstel en kan vaststellen dat die score binnen het tendersysteem in het subsidiejaar 2012 tot verlening van de gevraagde subsidie zou hebben geleid. Dat de rechtbank echter geen concrete informatie heeft die nodig is om tot een oplossing van dit geschil te komen, ligt echter wel aan verweerder die ondanks de tussenuitspraak blijft volharden in zijn standpunt dat een beoordeling van de aanvraag in een volgende subsidieronde zal moeten plaatsvinden en die geen pogingen heeft gedaan om tot een beoordeling van eisers aanvraag naar het subsidiejaar 2012 te komen. 14. De rechtbank komt alles overziend tot de conclusie dat het onredelijk is als eiser de gevolgen moet dragen voor de door verweerder zelf vastgestelde onzorgvuldige besluitvorming in de primaire fase en het gegeven dat verweerder het primaire besluit in bezwaar niet wil of kan heroverwegen op de door de rechtbank voorgestane ex tunc manier. Dit maakt dat de rechtbank, ondanks hetgeen is overwogen in rechtsoverweging 13, niet anders dan tot het oordeel kan komen dat verweerder aan eiser de gevraagde veni-subsidie over 2012 moet verlenen. Dat verweerder niet in staat is om, als gevolg van onvolledige verslaglegging van zowel eisers interview als die van anderen, een beoordeling te laten plaatsvinden over het jaar 2012 moet dus voor zijn risico komen. De omstandigheid dat eiser hiermee bevoordeeld wordt boven andere personen wier aanvragen in het jaar 2012 zijn afgewezen, is geen argument om hier anders over oordelen. De beoordeling van de rechtbank gaat alleen over het beroep van eiser. Bovendien staat in het geval van eiser vast dat de besluitvorming gebreken vertoont en dat verweerder, ondanks de daartoe door deze rechtbank geboden herstelmogelijkheid, niet voornemens is die gebreken te herstellen. Voor zover dit argument al van belang zou zijn, komt de rechtbank tot de conclusie dat de situatie van eiser zich hiermee onderscheidt van die van anderen.
15. Gelet op de in de tussenuitspraak geconstateerde gebreken, is het beroep gegrond. De rechtbank vernietigt het bestreden besluit III voor zover daarbij eiser een ‘nieuwe kans’ is geboden om een (aangepast of nieuw) onderzoeksvoorstel in te dienen in de Veni-ronde 2015 wegens strijd met artikel 3:2, artikel 7:11, eerste lid, en artikel 7:12, eerste lid, van de Awb. De rechtbank ziet aanleiding om zelf in de zaak te voorzien in die zin dat verweerder wordt opgedragen aan eiser op basis van zijn aanvraag voor het subsidiejaar 2012 aan hem de gevraagde Veni-subsidie toe te kennen ter hoogte van € 250.000,- voor zijn onderzoeksvoorstel “Facing the brain challenge: from foundations tot applications.”
16. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan eiser het door hem betaalde griffierecht vergoedt.
17. De rechtbank veroordeelt verweerder in de door eiser gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de rechtbank op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 1.704,50 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting, 0,5 punt voor het indienen van een schriftelijke zienswijze na een bestuurlijke lus, 1 punt voor het verschijnen ter nadere zitting na de tussenuitspraak met een waarde per punt van € 487,- en een wegingsfactor 1).