De beoordeling
5.1 Met ingang van 1 juli 2008 is de Wet ruimtelijke ordening (Wro) in werking getreden en met ingang van die datum is de Wet op de Ruimtelijke Ordening (WRO) ingetrokken. Volgens het overgangsrecht blijven de bepalingen uit de WRO respectievelijk de Woningwet, zoals die luidde tot 1 juli 2008, van toepassing op aanvragen om bouwvergunning die zijn ingediend vóór 1 juli 2008.
5.2 In de eerste plaats moet de rechtbank de vraag beantwoorden aan welk bestemmingsplan het bouwplan moet worden getoetst. Immers, ten tijde van de bouwaanvraag van 5 november 2007 gold nog het bestemmingsplan "Harlingen-Uitbreiding Industriehaven 1997" en op het moment dat het college het thans bestreden besluit op bezwaar nam, was het bestemmingsplan "Harlingen-Industriehaven 2006" van kracht. Dit bestemmingsplan, waarvan het ontwerp op 24 maart 2008 ter inzage is gelegd, is namelijk op 18 juni 2009 in werking getreden.
5.3 Volgens vaste jurisprudentie van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (AbRS) is het uitgangspunt dat bij het nemen van een beslissing op bezwaar het recht moet worden toegepast zoals dat op dat moment geldt. Aan een ten tijde van de indiening bij de gemeente van een bouwaanvraag nog wél, maar ten tijde van de beslissing daarop, dan wel ten tijde van de heroverweging in bezwaar daarvan, niet meer geldend bestemmingsplan mag, bij wijze van uitzondering op dat uitgangspunt, slechts worden getoetst indien ten tijde van de indiening van de bouwaanvraag het daarin vervatte bouwplan in overeenstemming was met het toen geldende bestemmingsplan en er op dat moment nog geen voorbereidingsbesluit van kracht was geworden voor een nieuw bestemmingsplan dan wel een nieuw bestemmingsplan ter inzage was gelegd, waarmee dat bouwplan in strijd was. De rechtbank verwijst bijvoorbeeld naar de uitspraak van de AbRS van 6 februari 2002, gepubliceerd op www.rechtspraak.nl, onder LJN AD9423. De rechtbank stelt vast dat van de in deze uitspraak genoemde uitzondering sprake is. De rechtbank zal daarom toetsen aan het bestemmingsplan "Harlingen-Uitbreiding Industriehaven 1997" (hierna: het bestemmingsplan). Daarin is in de BiH bepaald dat gestreefd wordt naar zeehavengebonden bedrijven.
5.4 In artikel 44, eerste lid, van de Woningwet, zoals die gold tot 1 juli 2008, is bepaald dat de reguliere bouwvergunning alleen mag en moet worden geweigerd wegens strijd met het bestemmingsplan, de bouwverordening of het Bouwbesluit 2003, of indien het bouwplan niet voldoet aan redelijke eisen van welstand, dan wel indien voor het bouwen een vergunning op grond van de Monumentenwet 1988 of een provinciale of gemeentelijke monumentenverordening is vereist en deze is geweigerd.
5.5 Op het perceel waarop het onderhavige bouwplan betrekking heeft, rust volgens het bestemmingsplan de bestemming "Bedrijventerrein". Gronden met deze bestemming zijn ingevolge artikel 4, lid A, onder 1, van de planvoorschriften, voor zover hier van belang, bestemd voor gebouwen ten behoeve van bedrijven, genoemd in bijlage 1, onder de categorieën 1, 2, 3 en 4. Ingevolge artikel 4, lid B, sub 1, onder b, en lid B, sub 2, van de planvoorschriften zal de hoogte van een gebouw respectievelijk bouwwerken, geen gebouwen zijnde, ten hoogste 20 meter bedragen. Verweerder is ingevolge artikel 4, lid D, sub 1 en 2, van de planvoorschriften bevoegd om bij wege van vrijstelling toe te staan dat de hoogte van gebouwen en bouwwerken, geen gebouwen zijnde, wordt vergroot tot (ten hoogste) 40 meter, mits geen onevenredige afbreuk wordt gedaan aan het gestelde in de Beschrijving in Hoofdlijnen. Daarnaast kan verweerder op grond van artikel 9, eerste lid, sub 1, van de planvoorschriften vrijstelling verlenen van de op de plankaart of in de voorschriften gegeven maten, afmetingen en percentages tot ten hoogste 10% van die maten, afmetingen en percentages.
5.6 Artikel 3 van de planvoorschriften bevat de BiH. Artikel 3, tweede lid, onder 2.2, geeft onder meer de instructie dat gestreefd wordt naar de vestiging van zeehavengebonden bedrijven die niet belastend zijn voor het milieu van de Waddenzee. In relatie tot de havengebondenheid van bedrijven zal de toelaatbaarheid van bedrijven afhankelijk worden gesteld van de mate van afhankelijkheid van het bedrijf van de aan- en afvoer over zee dan wel van de ligging aan zee.
5.7 Naar het oordeel van de rechtbank is het bouwplan in overeenstemming met de op het bouwperceel rustende bestemming "bedrijventerrein". De REC kan worden aangemerkt als een verbrandingsinstallatie voor huisvuil en slib. Een zodanig bedrijf is in de bij de planvoorschriften behorende bijlage 1 (Bedrijvenlijst) aangeduid als een bedrijf van milieucategorie 4. Een dergelijk bedrijf is op grond van artikel 4, lid A, onder 1, van de planvoorschriften, toelaatbaar.
5.8 Nu voorts het bouwplan onder meer voorziet in het bouwen van een gebouw met een bouwhoogte van 44 meter kan de onderhavige bouwvergunning niet worden verleend zonder gebruikmaking van de in artikel 4 lid D, sub 1 en 2, en artikel 9, eerste lid, sub 1, van de planvoorschriften opgenomen vrijstellingsbevoegdheden.
5.9 Het al dan niet verlenen van een binnenplanse vrijstelling is een vrije bevoegdheid van het college. Dit betekent dat de beslissing van het college terughoudend dient te worden getoetst. Het onderhavige geding spitst zich dan ook toe op de vraag of het college, na afweging van de betrokken belangen, in redelijkheid heeft kunnen besluiten de benodigde vrijstellingen te verlenen.
5.10 De rechtbank is van oordeel dat het college zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat voor het verlenen van een bouwvergunning de aanvraag bepalend is. Naar het oordeel van de rechtbank kan de REC, waarvoor de bouwvergunning is verleend, als een afgerond bouwwerk worden aangemerkt. Dat de REC ook van een hogedrukleiding zal worden voorzien, doet hieraan niet af. Het betreft hier immers een planologische beoordeling van de vraag of het aangevraagde bouwwerk, de REC, mag worden gerealiseerd. Daarbij moet de vraag in hoeverre de hogedrukleiding voor de gehele REC milieukundig en bedrijfseconomisch van betekenis is, buiten beschouwing blijven. Naar het oordeel van de rechtbank worden eisers door deze handelwijze van het college niet in hun belangen geschaad. Zij kunnen hun grieven tegen de hogedrukleiding aanvoeren in de procedures die daarop betrekking hebben. Hun grief tegen het ten onrechte splitsen van de bouwaanvraag faalt dan ook.
5.11 Ook het betoog van eisers dat niet wordt voldaan aan de in de BiH opgenomen voorwaarde dat sprake moet zijn van een zeehavengebonden bedrijf, faalt. Daargelaten het antwoord op de vraag of de REC een zeehavengebonden bedrijf is, kan uit artikel 3, tweede lid, onder 2.2, niet worden afgeleid dat dit een absolute voorwaarde is. De instructie betreft immers slechts een streven. Dit betekent dat de instructie niet uitsluit dat in het plangebied ook bedrijven mogen worden gevestigd die niet of in mindere mate zeehavengebonden zijn. Uit de plantoelichting komt naar voren dat het nimmer de bedoeling van de planwetgever is geweest om het plangebied uitsluitend te bestemmen voor strikt zeehavengebonden bedrijven. Dit blijkt ook uit het feit dat, zoals het college heeft benadrukt, op de bedrijvenlijst die bij de relevante planvoorschriften hoort, ook bedrijven zonder enig zeehavengebonden karakter voorkomen. Dat in een raadsvoorstel is gesteld dat de vestigingsmogelijkheden in principe niet zijn gewijzigd, maakt het oordeel van de rechtbank niet anders. De rechtbank wijst voorts op de uitspraak van de AbRS van 13 januari 2010, LJN BK8980. In rechtsoverweging 2.9.3 van die uitspraak heeft de AbRS overwogen dat “[n]u de vestiging van zeehavengebonden bedrijven in de planvoorschriften slechts is geformuleerd als een streven, van strijd met het bestemmingsplan derhalve geen sprake [is] wanneer een bedrijf op dit terrein wordt gevestigd dat niet zeehavengebonden is. Het college heeft zich derhalve terecht op het standpunt gesteld dat door vergunningverlening geen strijd zal ontstaan met het bestemmingsplan”. De rechtbank is dan ook van oordeel dat in het onderhavige geval geen afbreuk wordt gedaan aan de in artikel 3, tweede lid, onder 2.2, opgenomen instructie.
5.12 De conclusie van de rechtbank is, dat het college in redelijkheid de twee binnenplanse vrijstellingen heeft kunnen verlenen. Voorts is niet gesteld of gebleken dat zich één van de andere in artikel 44 van de Woningwet opgenomen weigeringsgronden voordoet, zodat het college de bouwvergunning moest verlenen. Het bestreden besluit kan de rechterlijke toets doorstaan en de rechtbank zal het beroep ongegrond verklaren. Zij ziet geen aanleiding om een partij in de proceskosten te veroordelen.