Dat in het specifieke geval van de WKK-certificaten de certificaten buiten de subsidieverstrekking feitelijk geen betekenis hebben, doet aan dit systeem niet af en leidt niet tot de conclusie dat het besluit inzake de WKK-certificaten een besluit is inzake de procedure ter voorbereiding van het subsidiebesluit.
5.3 Ten aanzien van de verschoonbaarheid van de termijnoverschrijding overweegt het College dat het ontbreken van een rechtsmiddelverwijzing bij een besluit in beginsel leidt tot verschoonbaarheid van de termijnoverschrijding, mits de belanghebbende daarop een beroep doet en stelt dat de termijnoverschrijding daarvan het gevolg is. Dit lijdt uitzondering indien redelijkerwijs kan worden aangenomen dat belanghebbende wist dat hij binnen een bepaalde termijn bezwaar moest maken. Van bekendheid met de termijn kan als regel worden uitgegaan indien de belanghebbende voor afloop van de termijn werd bijgestaan door een professionele rechtsbijstandverlener. Bij een professioneel rechtsbijstandverlener mag kennis omtrent het in te stellen rechtsmiddel en de daarvoor geldende termijn immers worden verondersteld en diens kennis kan aan de belanghebbende worden toegerekend. Voor het aannemen van verschoonbaarheid, ook indien met een professioneel rechtsbijstandverlener wordt geprocedeerd, kan aanleiding bestaan indien gerede twijfel mogelijk is omtrent het besluitkarakter van het door het bestuursorgaan aan belanghebbende toegezonden stuk.
In het onderhavige geval heeft aanvankelijk onduidelijkheid bestaan over het besluitkarakter van de brief van 18 april 2006. Eén van de twee maten die in appellante zijn verenigd, Elsta B.V. & Co. C.V., heeft echter in een andere bezwaarprocedure over de uitgifte van certificaten, waarvoor het bezwaarschrift werd ingediend op 28 november 2006, al blijk gegeven het inzicht te hebben gekregen dat (mogelijk) sprake was van een besluit. Tijdens de hoorzitting in die procedure op 13 juni 2007 heeft de gemachtigde van appellante uitdrukkelijk betoogd dat de beslissing van verweerster op het verzoek tot uitgifte van certificaten moet worden gekwalificeerd als een besluit. Onder deze omstandigheden acht het College het niet verschoonbaar dat appellante eerst bij brief van 28 mei 2008 bezwaar heeft gemaakt tegen het besluit van 18 april 2006. Hetzelfde geldt met betrekking tot de brief met standpuntbepaling van 14 maart 2007, zo deze al kan worden beschouwd als een tegen het besluit van 18 april 2006 gericht bezwaarschrift.
5.4 Uit al het voorgaande volgt dat verweerster het bezwaar van appellante ten onrechte ontvankelijk heeft geacht. Het beroep is derhalve gegrond. Het College zal op de voet van artikel 8:72, vierde lid, Awb zelf in de zaak voorzien en het bezwaar alsnog niet-ontvankelijk verklaren.
5.5 Het College ziet ten slotte aanleiding voor een proceskostenveroordeling met toepassing van artikel 8:75 Awb. Op voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht worden de kosten van beroepsmatig verleende rechtsbijstand vastgesteld op € 805,- op basis van 2,5 punten (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 0,5 punt voor het indienen van repliek, 1 punt voor het verschijnen ter zitting) tegen een waarde van € 322,- per punt, voor een zaak van gemiddeld gewicht.