5. De beoordeling van het geschil
5.1 Uit artikel 6:20, vierde lid, Awb volgt dat het beroep van appellante, gericht tegen het niet tijdig nemen van een besluit op haar bezwaarschrift van 23 juni 2008, geacht wordt mede te zijn gericht tegen het besluit van 3 november 2008, nu bij dat besluit aan de bezwaren van appellante niet tegemoet is gekomen. Echter, niet is gebleken dat appellante een specifiek belang heeft bij een beoordeling van het beroep gericht tegen het niet tijdig nemen van een besluit op haar bezwaarschrift. Derhalve moet het beroep in zoverre wegens het ontbreken van procesbelang niet-ontvankelijk worden verklaard.
5.2 Het geschil tussen partijen betreft de vraag of verweerster de gemiddelde receptregelvergoeding voor de periode 1 juli 2008 tot en met 31 december 2008 in redelijkheid heeft kunnen vaststellen op een bedrag van € 6,10.
5.3 Appellante heeft als principieel bezwaar naar voren gebracht dat het niet de bedoeling is en in strijd is met de Wmg dat het tekort op de vergoeding voor de praktijkkosten met inkoopvoordelen moet worden gecompenseerd, en dat verweerster in het bestreden besluit hier ten onrechte niet op in is gegaan. Het College overweegt dienaangaande het volgende.
5.3.1 Appellante heeft in haar bezwaarschrift aangevoerd dat de leveranciers van generieke geneesmiddelen als gevolg van het op grote schaal invoeren van het preferentiebeleid per 1 juni 2008 en 1 juli 2008 hun prijzen sterk hebben verlaagd, en dat deze prijsverlaging dient te leiden tot een tarief dat gebaseerd is op een kostendekkende vergoeding van de praktijkkosten. Tijdens de hoorzitting heeft appellante - zo blijkt uit het verslag - desgevraagd aangegeven dat de vergoeding voor het praktijkkostendeel dient te worden gekoppeld aan de prestatie en gelet op de marktomstandigheden kostendekkend dient te zijn. Het principiële bezwaar dat sprake is van een onzuivere constructie, is door appellante niet in bezwaar maar eerst in beroep expliciet naar voren gebracht. Verweerster kan naar het oordeel van het College dan ook niet worden verweten daar in de beslissing op bezwaar niet uitdrukkelijk op in te zijn gegaan.
5.3.2 Met betrekking tot het hiervoor genoemde principiële bezwaar zelf overweegt het College allereerst dat uit de Wmg niet een verplichting voortvloeit voor verweerster om met betrekking tot de praktijkkosten een kostendekking via het tarief vast te stellen specifiek in de vorm die appellante kennelijk voorstaat. Blijkens de memorie van toelichting bij de Wmg (Kamerstukken II, 2004-2005, 30 186, nr. 3, p. 67) heeft verweerster - onder meer - tot taak om, evenals voorheen het College tarieven gezondheidszorg, een evenwichtig stelsel van tarieven op het gebied van de gezondheidszorg te bevorderen, mede met het oog op de beheersing van de kostenontwikkeling daarvan. De tariefregulering onder de Wmg is derhalve niet wezenlijk anders dan de tariefregulering onder de Wet tarieven gezondheidszorg.
Zoals het College reeds heeft overwogen in de uitspraak van 18 december 2003 (AWB 03/928, 03/800 en 03/697; <www.rechtspraak.nl>, LJN AO0546) dient binnen de ruimte die bij een maximumtariefstelling aan zorgverzekeraars en zorgverleners wordt geboden om te komen tot afspraken omtrent in rekening te brengen tarieven, voor de zorgverleners de mogelijkheid te bestaan om (per saldo) op kostendekkende wijze geneesmiddelen te verstrekken. Dit betekent echter niet dat verweerster bij de tariefstelling geen rekening zou mogen houden met bestaande dan wel in het recente verleden genoten inkoopvoordelen aan de zijde van de zorgverlener. Naar het oordeel van het College valt niet in te zien waarom ook in dat geval sprake zou moeten zijn van een volledige kostendekking via het tarief. Verweerster heeft op goede gronden betoogd dat een volledig kostendekkend tarief in een situatie waarin apotheekhoudenden inkoopvoordelen genieten, in strijd is met althans één van de doelstellingen van de Wmg: kostenbeheersing in de gezondheidszorg. Deze grief van appellante faalt derhalve.
5.4 Verweerster heeft in het bestreden besluit aangevoerd en onderbouwd dat nog steeds sprake is van inkoopvoordelen en dat het overgrote deel van de apothekers in staat is zich het norminkomen te verwerven. Dat leidt verweerster tot de conclusie dat er geen grond is voor verhoging van de receptregelvergoeding naar een hoger bedrag dan (gemiddeld) € 6,10, zoals door appellante verzocht. Appellante heeft hier - samengevat - tegen aangevoerd dat verweerster uitgaat van diverse onjuiste aannames, zowel wat betreft de omvang van de inkoopvoordelen als de hoogte van de praktijkkosten
5.4.1 Ten aanzien van het betoog van appellante dat verweerster onzorgvuldig heeft gehandeld door het rapport Onderzoek inkoopvoordelen en praktijkkosten farmacie ten grondslag te leggen aan de beslissing op bezwaar en daarbij uit te gaan van onjuiste aannames, overweegt het College het volgende.
Vooropgesteld dient te worden dat verweerster ingevolge de aanwijzing van de minister van 22 oktober 2007 in beginsel gehouden was de gemiddelde vergoeding per receptregel voor apothekers per 1 juli 2008 vast te stellen op € 6,10 ex btw. In mei 2008 is door een aantal zorgverzekeraars aangekondigd dat zij het preferentiebeleid ingrijpend zullen gaan uitbreiden, als gevolg waarvan de bruto-adviesprijzen van een aantal generieke geneesmiddelen per 1 juni 2008 en 1 juli 2008 aanzienlijk zijn gedaald. Omtrent de effecten van deze uitbreiding van het preferentiebeleid bestond en bestaat geen eenduidig beeld. Door verweerster is in dit verband gesteld dat ook de Werkgroep Monitoring Transitieakkoord desgevraagd niet een eenduidig antwoord kon geven op de gevraagde actualisering van de berekening van de inkoopvoordelen. Onder deze omstandigheden acht het College het niet onbegrijpelijk of onjuist dat verweerster zelf - op basis van de gegevens uit de rapporten van ConQuestor/Significant - een inschatting heeft gemaakt van de gevolgen van deze ontwikkeling voor de hoogte van de gemiddelde receptregelvergoeding per 1 juli 2008.
5.4.2 Inherent aan het hanteren van aannames is dat discussie mogelijk is over de vraag in hoeverre zij de realiteit weerspiegelen. Mede in het licht van hetgeen partijen omtrent deze aannames in deze procedure over en weer hebben aangevoerd, kan naar het oordeel van het College echter niet staande worden gehouden dat de juistheid van de door verweerster gehanteerde aannames, die zijn onderbouwd in het rapport Onderzoek inkoopvoordelen en praktijkkosten farmacie, zo aanvechtbaar is, dat deze in casu niet in redelijkheid kunnen worden gehanteerd als grondslag voor de bepaling van de tariefhoogte. Van dat laatste zou met name sprake kunnen zijn indien één of meer van deze aannames elke grondslag zouden missen. Voor dat oordeel ziet het College geen plaats. Hetzelfde geldt voor de berekening van de praktijkkosten en de daarbij gehanteerde aannames. Een verdere beoordeling van hetgeen appellante afzonderlijk aan bezwaren tegen de gehanteerde aannames heeft ingebracht acht het College dan ook niet noodzakelijk en zal hier achterwege blijven.
Daarbij neemt het College in aanmerking dat verweerster bij het vaststellen van de gemiddelde receptregelvergoeding een aanzienlijke marge heeft ingebouwd en heeft toegezegd dat aan de hand van de cijfers over 2008 de effecten van het preferentiebeleid nader zullen worden onderzocht, en dat indien daartoe aanleiding is een verrekening zal plaatsvinden bij de tarieven per 1 juli 2009 . Gelet op een en ander ziet het College geen grond voor het oordeel dat verweerster niet in redelijkheid tot vaststelling van de bestreden tariefbeschikking heeft kunnen besluiten. Ook deze beroepsgrond slaagt derhalve niet.
5.5 Het vorenstaande leidt tot de conclusie dat het beroep voor het overige ongegrond dient te worden verklaard.
5.6 Het College acht, nu niet tijdig op het bezwaar van appellante is beslist, termen aanwezig om verweerster te veroordelen in de proceskosten van appellante. Deze kosten worden op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 161,-- waarbij 1 punt wordt toegekend voor het indienen van het beroepschrift, 1 voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 322,-- en gewichtsfactor zeer licht (0,25 punt).