5.5Het betoog van eiser slaagt.
6. Het voorgaande leidt tot de conclusie dat verweerder ten onrechte heeft geconcludeerd dat de aangevraagde verandering van de inrichting leidt tot een andere inrichting dan waarvoor eerder een vergunning is verleend. Het beroep is reeds hierom gegrond. Het bestreden besluit komt wegens strijd met de artikelen 2.14, vijfde lid, en 3.10, derde lid, van de Wabo voor vernietiging in aanmerking.
7. De rechtbank is verder van oordeel dat verweerder niet met toepassing van de reguliere voorbereidingsprocedure afwijzend op de aanvraag van eiser om een vergunning voor een milieuneutrale verandering heeft kunnen beslissen. Voor toepassing van de reguliere voorbereidingsprocedure in afwijking van de in afdeling 3.4 van de Awb neergelegde uniforme openbare voorbereidingsprocedure, bestaat, gelet op de systematiek van artikel 3.10, derde lid, van de Wabo, slechts aanleiding indien de aanvraag om een vergunning voor een milieuneutrale verandering van een inrichting voor toewijzing in aanmerking komt omdat aan de daarvoor geldende criteria als genoemd in dit artikellid is voldaan. Is niet aan een of meerdere van die criteria voldaan, dan dient het bestuursorgaan de aanvraag op te vatten als een aanvraag om een standaard omgevingsvergunning als bedoeld in artikel 2.1, aanhef en onder e, van de Wabo. Na eerst de aanvrager in de gelegenheid te hebben gesteld diens aanvraag aan te vullen, dient het bestuursorgaan dan met toepassing van de uniforme openbare voorbereidingsprocedure op die aanvraag te beslissen. Omdat verweerder bij de behandeling van de aanvraag niet de juiste procedurele stappen heeft gezet, ziet de rechtbank aanleiding zelf in de zaak te voorzien door het primaire besluit te herroepen en te bepalen dat deze uitspraak in de plaats treedt van het te vernietigen bestreden besluit.
8. De rechtbank zal verweerder opdragen een nieuw besluit op de aanvraag van eiser van 25 februari 2016 om een vergunning voor een milieuneutrale verandering te nemen.
Verweerder zal dienen te bezien of aan de overige twee criteria als vermeld in artikel 3.10, derde lid, van de Wabo is voldaan. Dit betekent dat verweerder zal moeten beoordelen of de aangevraagde verandering niet leidt tot andere of grotere nadelige gevolgen voor het milieu dan volgens de geldende vergunning is toegestaan. Daarnaast zal verweerder moeten beoordelen of vanwege de aangevraagde verandering geen verplichting bestaat tot het maken van een milieueffectrapport als bedoeld in hoofdstuk 7 van de Wet milieubeheer.
Indien verweerder tot de conclusie komt dat (ook) aan deze overige twee criteria van artikel 3.10, derde lid, van de Wabo is voldaan, dan kan hij, met toepassing van de reguliere voorbereidingsprocedure, met een primair besluit toewijzend op de ingediende aanvraag om een milieuneutrale verandering van eiser beslissen.
Indien verweerder tot de conclusie komt dat niet aan een of meer van de overige twee criteria van artikel 3.10, derde lid, van de Wabo is voldaan, dan dient verweerder eiser in de gelegenheid te stellen diens aanvraag aan te vullen. Eiser zal in de gelegenheid moeten worden gesteld zijn aanvraag zodanig aan te passen dat deze is voorzien van voldoende gegevens om de aanvraag als een aanvraag om een standaard omgevingsvergunning als bedoeld in artikel 2.1, aanhef en onder e, van de Wabo in behandeling te kunnen nemen. Vult eiser desgevraagd zijn aanvraag niet of naar het oordeel van verweerder niet naar wens aan, dan kan verweerder besluiten met een primair besluit de aanvraag buiten behandeling te stellen. Vult eiser desgevraagd zijn aanvraag naar het oordeel van verweerder naar wens aan, dan kan verweerder de aanvraag in behandeling nemen en met toepassing van de uniforme openbare voorbereidingsprocedure afwijzend of toewijzend op de aanvraag (om in dit geval een standaard omgevingsvergunning als bedoeld in artikel 2.1, aanhef en onder e, van de Wabo) beslissen.
9. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan eiser het door hem betaalde griffierecht vergoedt.
10. De rechtbank veroordeelt verweerder in de door eiser gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de rechtbank op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 990,00 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting met een waarde per punt van € 495,00 en een wegingsfactor 1).