In deze zaak heeft de Rechtbank Limburg op 20 oktober 2023 uitspraak gedaan in een beroep tegen een natuurvergunning die was verleend voor de exploitatie en wijziging van een varkenshouderij. De vergunninghoudster had op 10 december 2015 een vergunning verkregen voor het houden van vleesvarkens, en op 21 februari 2019 werd een aanvraag ingediend voor een wijziging van de bedrijfsvoering. Eisers, waaronder milieuorganisaties en omwonenden, stelden dat de vergunningverlening niet voldeed aan de vereisten van de Habitatrichtlijn, specifiek artikel 6, derde lid, dat een passende beoordeling vereist bij projecten die gevolgen kunnen hebben voor Natura 2000-gebieden.
De rechtbank oordeelde dat de natuurvergunning die in 2015 was verleend, tot stand was gekomen na een passende beoordeling en dat de wijziging die in 2019 was aangevraagd, een geringe wijziging betrof die geen significante gevolgen had voor de natuurwaarden. De rechtbank concludeerde dat de voortzetting van de exploitatie niet opnieuw onderworpen hoefde te worden aan de beoordelingsverplichting van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. De rechtbank vernietigde het bestreden besluit van de vergunningverlening, omdat er geen vergunningplicht bestond voor de aangevraagde wijziging. Tevens werd de Staat der Nederlanden veroordeeld tot schadevergoeding wegens overschrijding van de redelijke termijn in de procedure.
De uitspraak benadrukt de noodzaak van een zorgvuldige afweging van de belangen van natuur en milieu bij vergunningverlening, maar bevestigt ook dat niet elke wijziging in een reeds vergunde situatie opnieuw een volledige beoordeling vereist, mits de wijziging niet significant is.