Beoordeling van het geschil
3.1 De rechtbank acht EVT ontvankelijk in haar beroep. De aanvraag en het bestreden besluit hebben weliswaar betrekking op de "Willem Barentsz", een schip waarover EVT niet langer de beschikking heeft, maar de rechtbank is van oordeel dat op voorhand niet volstrekt onaannemelijk is dat EVT, zoals zij heeft gesteld, in de periode dat zij nog wel de beschikking over dit schip had, schade heeft geleden door het weigeren van de aangevraagde ligplaatsvergunning. Daarom heeft EVT haar belang bij een inhoudelijk beoordeling van het bestreden besluit behouden.
3.2 De rechtbank is van oordeel dat dit geding geen betrekking heeft op plek 7. Daartoe overweegt de rechtbank dat EVT in haar aanvraag van 8 september 2008 weliswaar heeft aangegeven dat zij tevens een ligplaats aanvraagt voor een andere plek in de haven van Terschelling dan plek 5, maar dat zij daaraan uitdrukkelijk de voorwaarde heeft verbonden dat een dergelijke plek niet onder het ODC en de medegebruikregeling zou moeten vallen. Op basis van de bij het ODC behorende plattegrond stelt de rechtbank vast dat plek 7 onder het ODC valt. Uit artikel 5, eerste en tweede lid, van het ODC leidt de rechtbank af dat de medegebruikregeling betrekking heeft op het gehele gebied waarop het ODC van toepassing is en dus ook op plek 7. Hieruit volgt dat de aanvraag niet ziet op plek 7, zodat het besluit van 17 oktober 2008 en het bestreden besluit daarop evenmin betrekking hebben. De rechtbank acht niet aannemelijk dat bij de aanvraag een rapport van Royal Haskoning was gevoegd, aangezien daarnaar in de aanvraag niet wordt verwezen en het bij de stukken gevoegde (definitieve) rapport van Royal Haskoning dateert van 24 november 2008 en dus van na de aanvraag. Ook indien dit rapport wel bij de aanvraag zou zijn gevoegd, zou dit, gelet op de duidelijke bewoordingen van de aanvraag, niet afdoen aan het oordeel van de rechtbank.
3.3 Dit geding heeft evenmin betrekking op plek 4. Over deze plek heeft de ABRvS in haar uitspraak van 10 februari 2010 (gepubliceerd op rechtspraak.nl onder LJN BL3317) een definitief oordeel gegeven. Daarom zal de rechtbank niet ingaan op hetgeen EVT met betrekking tot deze plek heeft aangevoerd.
3.4 Ingevolge artikel 1.3, eerste lid, van de Havenverordening kan het college vergunningen en ontheffingen verlenen en daaraan beperkingen en voorschriften verbinden. De beperkingen en voorschriften mogen slechts strekken tot bescherming van de belangen in verband waarmede de vergunning of ontheffing is vereist. Ingevolge het vijfde lid, aanhef en onder d, wordt een vergunning of ontheffing in ieder geval geweigerd indien het doelmatig gebruik van de haven zich daartegen verzet.
Ingevolge artikel 2.2, eerste lid, van de Havenverordening is het verboden met een schip, waaronder begrepen een woonschip, ligplaats in te nemen of zich met een schip op een ligplaats te bevinden. Ingevolge het tweede lid, aanhef en onder c, geldt het in het eerste lid gestelde verbod niet, indien ligplaats wordt ingenomen met een schip, niet zijnde een woonschip, met een vergunning van het college.
3.5 De ABRvS heeft in haar uitspraken van 20 mei 2009 (LJN BI4530) en 10 februari 2010 overwogen dat het college beoordelingsruimte toekomt bij het beantwoorden van de vraag of het doelmatig gebruik van de haven zich tegen vergunningverlening verzet, zoals bedoeld in artikel 1.3, vijfde lid, aanhef en onder d, van de Havenverordening. De bestuursrechter dient die norm, indien toegepast, uit te leggen en daarbij de invulling die het college daaraan geeft tot uitgangspunt te nemen. De ABRvS heeft vastgesteld dat het college onder een doelmatig gebruik van de haven verstaat het op een doelmatige wijze combineren van de verschillende functies van de haven, niet alleen wat betreft het gebruik van het water, maar ook wat betreft het gebruik van het haventerrein, waartoe de ordening van de haven en in het bijzonder de situering van de aanlegplaatsen van alle schepen zodanig is dat wordt voorkomen dat verkeersstromen op het haventerrein elkaar kruisen en hinderen. Deze opvatting van het college is sindsdien niet gewijzigd.
3.6 In de voormelde uitspraak van 10 februari 2010 heeft de ABRvS geoordeeld dat het college in redelijkheid heeft kunnen komen tot de hiervoor weergegeven invulling die het heeft gegeven aan de norm "een doelmatig gebruik van de haven" en dat de ter concretisering van de aldus gestelde uitgangspunten gemaakte keuze van het college voor een concentratie van de verschillende verkeersstromen op verschillende delen van het haventerrein (het concentratiebeleid) niet onredelijk is. Voor de motivering van dit standpunt verwijst de rechtbank naar rechtsoverweging 2.5.2. van de uitspraak van 10 februari 2010.
3.7 De rechtbank volgt EVT niet in haar standpunt dat het oordeel van de ABRvS over het concentratiebeleid slechts een voorlopig oordeel betreft, dat in dat kader nog nader onderzoek moet worden gedaan en dat daartegen nog tegenargumenten en tegenbewijs kunnen worden ingebracht. Uit de door de ABRvS in de uitspraak van 10 februari 2010 gebruikte woorden blijkt dat sprake is van een definitief oordeel. Anders dan in de uitspraak van 20 mei 2009 spreekt de ABRvS niet over "op voorhand niet onredelijk", maar overweegt de ABRvS uitdrukkelijk dat de door het college gemaakte keuze niet onredelijk is.
3.8 In hetgeen EVT heeft aangevoerd ziet de rechtbank geen aanleiding anders te oordelen over het concentratiebeleid dan de ABRvS heeft gedaan. EVT heeft geen feiten of omstandigheden aangevoerd waarvan aannemelijk is dat deze niet bekend waren bij de ABRvS. Ook heeft EVT geen argumenten aangevoerd waarvan aannemelijk is dat de ABRvS deze niet in haar oordeel heeft betrokken. Van feitelijke misslagen in de uitspraak van de ABRvS is de rechtbank niet gebleken. De ABRvS heeft expliciet overwogen dat, anders dan EVT heeft aangevoerd, geen verschuiving in het beleid heeft plaatsgevonden van een concentratie van alle verkeersstromen via de "ligplaatsen aan het haventerrein" naar concentratie van de passagiersstromen bij "de ligplaatsen 2 en 3". Zoals de ABRvS heeft overwogen, is het beleid er steeds op gericht geweest de passagiersstromen te concentreren in het westelijk deel van de haven, op het terminalterrein "achter de hekken" en maakt het feit dat daarvoor twee omschrijvingen zijn gebruikt, niet dat dit beleid niet bestendig is. Evenals de ABRvS is de rechtbank van oordeel dat niet is gebleken dat de door het college gebezigde motieven om de verkeersstromen van elkaar te scheiden, niet de werkelijke motieven van het college zijn geweest. Daarom slaagt het betoog van EVT dat het college zijn bevoegdheid gebruikt voor een ander doel dan waarvoor deze is verleend, namelijk voor het tegengaan van concurrentie en het faciliteren van TSM, niet. Ten aanzien van het betoog van EVT dat het college bij het opstellen van het concentratiebeleid geen rekening heeft kunnen houden met haar belangen omdat dit beleid is opgesteld voordat EVT een aanvraag voor een ligplaatsvergunning had ingediend en omdat het convenant uit 1987 toen nog gold, overweegt de rechtbank dat de ABRvS bij de beoordeling van het concentratiebeleid niet enkel heeft gekeken naar de "Structuurvisie haven Terschelling" van april 2005, maar tevens naar latere stukken, zoals de "Structuurvisie Havengebied Terschelling" van september 2007, de "Beleidsuitgangspunten verkeersstromen op het haventerrein en een doelmatig gebruik van de haven" van mei 2008 en de nota "De bereikbaarheid gewaarborgd" van mei 2008. Deze latere stukken zijn opgesteld, nadat EVT reeds één of meerdere aanvragen voor ligplaatsvergunningen had ingediend en (gedeeltelijk) ook nadat het convenant reeds was vervangen door het ODC. Bovendien acht de rechtbank de stelling van het college dat ten tijde van het opstellen van het beleid in 2005 reeds bekend was dat EVT het voornemen had om een veerdienst te gaan onderhouden, aannemelijk. Daarom bestaat er geen aanleiding om de ABRvS niet te volgen in haar oordeel dat het (financiële) belang van EVT moet worden geacht te zijn meegewogen. Hetzelfde geldt voor het belang van passagiers bij het bestaan van meer dan één veerdienst. Ook overigens ziet de rechtbank geen aanleiding af te wijken van het oordeel van de ABRvS dat het concentratiebeleid redelijk is. Van een beleid in wording is naar het oordeel van de rechtbank geen sprake.
3.9 De rechtbank is van oordeel dat het college zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat het verlenen van een ligplaatsvergunning voor het in- en ontschepen van passagiers ten behoeve van het onderhouden van een veerdienst op de plekken 1, 5 en 6 in strijd zou komen met het concentratiebeleid en dat het college dus in overeenstemming met dit beleid heeft gehandeld door de gevraagde vergunning te weigeren.
3.10 Naar het oordeel van de rechtbank is geen sprake van bijzondere omstandigheden op grond waarvan het college ten gunste van EVT had behoren af te zien van de toepassing van het concentratiebeleid. Zoals de ABRvS heeft overwogen in de uitspraak van 10 februari 2010 staat vast dat het ODC geen derdenwerking heeft en dus ruimte laat voor anderen om een veerdienst op Terschelling te onderhouden. Dit betekent echter niet dat EVT recht heeft op een vergunning voor een ligplaats waar zij passagiers kan laten in- en uitstappen.
3.11 EVT heeft betoogd dat een ligplaatsvergunning voor de plekken 1, 5 en/of 6 slechts tijdelijk verleend zou worden in afwachting van de herinrichting van de haven of het onherroepelijk worden van de beoogde concessieverlening aan TSM, zodat dit geen onomkeerbare gevolgen met zich zou brengen. Naar het oordeel van de rechtbank is dit geen bijzondere omstandigheid in de hiervoor bedoelde zin. De omstandigheid dat een vergunning (wellicht) een tijdelijk karakter zou hebben, doet niet af aan de redenen die ten grondslag liggen aan het concentratiebeleid. Daarnaast geldt dat nog niet duidelijk is of en, zo ja, wanneer de door EVT genoemde ontwikkelingen zullen plaatsvinden.
3.12 EVT heeft betoogd dat tijdens de drukke Oerolperiode de plekken 4, 5 en 7 een aantal malen zijn aangewezen als tijdelijke ligplaats voor het laten in- en uitstappen van passagiers ten behoeve van het onderhouden van een veerdienst en dat dit geen problemen heeft veroorzaakt. Het college heeft daar tegenin gebracht dat dit slechts in incidentele gevallen is gebeurd, teneinde te voorkomen dat schepen op elkaar zouden moeten wachten voordat zij konden afmeren en teneinde te voorkomen dat de passagiers daarvan de dupe zouden worden. De rechtbank is van oordeel dat aan deze gang van zaken tijdens Oerol niet de conclusie kan worden verbonden dat de desbetreffende plekken geschikt zijn om passagiers te laten in- en uitstappen en dat EVT hieraan dan ook niet het vertrouwen heeft kunnen ontlenen dat voor deze plekken structureel een ligplaatsvergunning verleend zou worden. Ook anderszins zijn dit geen bijzondere omstandigheden waarin het college aanleiding had behoren te zien om af te wijken van het concentratiebeleid.
3.13 Voorts heeft EVT betoogd dat het college onrechtmatig heeft gehandeld door haar niet al veel eerder ligplaatsvergunning te verlenen voor plek 2. Indien het college deze vergunning had verleend bij het primaire besluit van 22 mei 2006 of het besluit op bezwaar van 24 juli 2007, zouden daaraan volgens EVT niet de beperkingen zijn verbonden die nu aan deze vergunning zijn verbonden. Volgens EVT is dit een bijzondere omstandigheid op grond waarvan het college haar in afwijking van het concentratiebeleid ligplaatsvergunning had moeten verlenen voor de plekken 1, 5 en/of 6. De rechtbank volgt dit standpunt niet. De rechtbank is van oordeel dat het niet eerder verlenen van ligplaatsvergunning voor plek 2 (ongeacht of dit onrechtmatig is jegens EVT en of dit zou hebben geleid tot geen of minder beperkende voorwaarden) geen aanleiding kan zijn om in afwijking van het concentratiebeleid ligplaatsvergunning te verlenen voor een andere plek.
3.14 De omstandigheid dat in het verleden overleg is gevoerd tussen het college en TSM over de mogelijkheid om plek 6 te gebruiken als ligplaats voor één van haar schepen, maakt niet dat het college heeft gehandeld in strijd met het gelijkheidsbeginsel door EVT geen ligplaatsvergunning voor deze plek te verlenen. Uit de stukken blijkt dat dit overleg enkel betrekking had op een mogelijke nachtligplaats en dus niet op een ligplaats voor het laten in- en uitstappen van passagiers. Bovendien is uiteindelijk geen ligplaatsvergunning voor deze plek aan TSM verleend, omdat de plek om nautische redenen ongeschikt werd geacht.
3.15 Het voorgaande brengt de rechtbank tot de conclusie dat het college zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat de door EVT aangevraagde ligplaatsvergunning moest worden geweigerd. Dit betekent dat het beroep ongegrond is. Daarom ziet de rechtbank geen aanleiding het college te bevelen binnen een week na de dag van de uitspraak een tijdelijke vergunning te verlenen voor het volwaardig gebruik van een ligplaats in de haven van Terschelling op één van de in geding zijnde plaatsen, zoals door EVT is verzocht.