Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 1.3, eerste lid, van de Havenverordening kan het college vergunningen en ontheffingen verlenen en daaraan beperkingen en voorschriften verbinden. De beperkingen en voorschriften mogen slechts strekken tot bescherming van de belangen in verband waarmede de vergunning of ontheffing is vereist. Ingevolge het vijfde lid, wordt een vergunning of ontheffing in ieder geval geweigerd:
a. in het belang van de openbare orde;
b. in het belang van het voorkomen of beperken van overlast;
c. in het belang van de verkeersvrijheid of veiligheid in openbaar water;
d. indien een doelmatig gebruik van de haven zich daartegen verzet;
e. in het belang van de bescherming van het uiterlijk aanzien van de omgeving;
f. indien van een eerdere vergunning of ontheffing gebleken is, dat hiervan door de houder geen gebruik is gemaakt;
g. indien een eerdere vergunning of ontheffing is ingetrokken conform artikel 1.3, lid 7, onder b;
h. vanwege strijd met het bestemmingsplan.
Ingevolge artikel 2.2, eerste lid, van de Havenverordening is het verboden met een schip, waaronder begrepen een woonschip, ligplaats in te nemen of zich met een schip op een ligplaats te bevinden. Ingevolge het tweede lid, aanhef en onder c, geldt het in het eerste lid gestelde verbod niet, indien ligplaats wordt ingenomen met een schip, niet zijnde een woonschip, met een vergunning van het college.
3.2 Tussen partijen is niet in geschil dat zich in dit geval geen van de in artikel 1.3, vijfde lid, van de Havenverordening genoemde weigeringsgronden voordoet.
3.3 Naar het oordeel van de rechtbank is geen sprake van strijd met het gelijkheidsbeginsel. Het feit dat het college eerder heeft geweigerd EVT ligplaatsvergunning te verlenen op de grond dat het doelmatig gebruik van de haven zich daartegen verzet, brengt niet met zich dat het college de geruime tijd later door TSM voor plek 2 aangevraagde vergunning op diezelfde grond had moeten weigeren. Inmiddels heeft het college EVT alsnog vergunning verleend voor het innemen van ligplaats met een passagiersschip op plek 2. Het feit dat het college aan deze vergunning beperkende voorschriften heeft verbonden, die niet zijn verbonden aan de aan TSM verleende vergunning, leidt evenmin tot strijd met het gelijkheidsbeginsel. Deze beperkende voorschriften vloeien naar het oordeel van de rechtbank niet voort uit de aan TSM verleende vergunning. Het feit dat het college aan TSM een ligplaatsvergunning heeft verleend voor plek 2 staat niet in de weg aan het verlenen van een ligplaatsvergunning voor plek 2 aan EVT onder dezelfde voorwaarden. Het college is ingevolge artikel 1.3, eerste lid, van de Havenverordening bevoegd aan een ligplaatsvergunning beperkingen en voorschriften te verbinden, maar is daartoe niet verplicht. Voorts geldt dat het college niet was gehouden de aanvragen van EVT en TSM voor een ligplaatsvergunning voor plek 2 in samenhang te beschouwen. De rechtbank verwijst in dit kader naar de eerder genoemde uitspraak van de ABRvS van 20 mei 2009.
3.4 In hetgeen EVT overigens heeft aangevoerd, ziet de rechtbank evenmin reden om te oordelen dat het college de door TSM aangevraagde vergunning had behoren te weigeren of daaraan (meer) beperkende voorschriften had behoren te verbinden. Het onderhavige geding heeft enkel betrekking op de aan TSM verleende vergunning voor plek 2 en niet op de aan EVT voor die plek verleende vergunning, noch op de daaraan verbonden voorschriften. Het geding heeft evenmin betrekking op andere plekken dan plek 2. In het kader van de aanvraag van TSM voor een ligplaatsvergunning voor plek 2 is niet van belang of in de haven van Terschelling plaats is voor meer dan één veerdienst. Voor een onderzoek naar de inrichting van de haven en het haventerrein bestond in dit kader geen aanleiding. Van een onvoldoende zorgvuldige voorbereiding of strijd met het evenredigheids- en motiveringsbeginsel is dan ook geen sprake.
3.5 Het voorgaande brengt de rechtbank tot de conclusie dat het college in redelijkheid heeft kunnen besluiten TSM de aangevraagde ligplaatsvergunning te verlenen. Dit betekent dat het beroep ongegrond is.