De beoordeling
3.1 In onderhavige zaak gaat het om de vraag of verweerder terecht heeft geweigerd een nabetaling aan eiseres te doen ter zake van de WAO-vervangende uitkering waarop zij sinds 1 september 1992 recht had. Anders dan eiseres stelt, kan in deze procedure slechts haar recht op deze uitkering tot 1 januari 1996 aan de orde komen, aangezien de uitvoering van onder meer de WAO-vervangende uitkeringen met ingang van die datum aan de rechtsvoorganger van het Uwv is voorbehouden en dus niet langer onder de verantwoordelijkheid van verweerder valt.
3.2 Met betrekking tot de stelling van verweerder dat de vordering van eiseres verjaard is, overweegt de rechtbank het volgende. De verjaringstermijn is in de onderhavige zaak aangevangen op 2 april 1998. Op die datum oordeelde de CRvB dat de beëindiging van de WAO-vervangende uitkering niet in stand kon blijven, zodat eiseres vanaf dat moment op de hoogte raakte van de aanwezigheid van een (eventuele) vordering. Ingevolge het burgerlijk recht bedraagt de verjaringstermijn van geldvorderingen vijf jaren. Eiseres heeft verweerder middels de brieven van mr. Van de Mortel van 21 mei 2001 en van haarzelf van 17 juni 2003 aangeschreven. Aangezien USZO (thans Loyalis) op dat moment de uitvoerende instantie ten aanzien van de WAO-vervangende uitkering was, heeft eiseres met deze brieven de verjaring van de vordering gestuit. Weliswaar hebben de brieven deels een informerend karakter, maar nu in de brieven wordt verwezen naar achterstallige betalingen, waarbij ook de WAO-aanvullende uitkering wordt genoemd, is de rechtbank van oordeel dat niet geoordeeld kan worden dat eiseres haar rechten op vordering van de te weinig ontvangen WAO-vervangende uitkering heeft prijsgegeven. Daarbij weegt de rechtbank mee dat eiseres werd geconfronteerd met diverse uitkeringsinstanties, verschillende uitkeringsvormen en met de gevolgen van de uitspraak van de CRvB. Gelet op de daaruit voortvloeiende complexiteit van de zaak, mocht niet van eiseres verwacht worden dat zij haar vordering in 2001 en 2003 meer concreet verwoordde.
3.3 Gelet op het vorenoverwogene komt de rechtbank toe aan een inhoudelijke beoordeling van het bestreden besluit. Allereerst dient daarbij te worden vastgesteld welke uitkeringspercentages van toepassing waren tussen 1 september 1992 en 1 januari 1996. Tussen partijen is niet in geschil dat de brief van 2 maart 2007 van het Uwv op juiste wijze de uitkeringspercentages weergeeft die ten aanzien van eiseres zijn gehanteerd vóór de uitspraak van de CRvB. In de brief van 8 januari 1999, die verweerder aan eiseres zond na de uitspraak van de CRvB, is opgenomen dat over de periode van 13 mei 1993 tot 1 januari 1996 niet tot herberekening van de uitkering zal worden overgegaan, ondanks het feit dat de uitkeringspercentages in sommige perioden hoger waren dan 70% van de laatstgenoten bezoldiging. Verweerder heeft daarmee, naar het oordeel van de rechtbank, zijn recht prijsgegeven om thans het recht op uitkering alsnog alleen op 70% van de laatstgenoten bezoldiging te bepalen. De percentages die zijn genoemd in de brief van 2 maart 2007 hebben derhalve te gelden bij de berekening van het bedrag aan WAO-vervangende uitkering waarop eiseres recht had. Het gaat daarbij om percentages variërend van 70% tot 93%.
3.4 De rechtbank heeft in de cijfermatige complexiteit van de zaak aanleiding gezien om Joling als deskundige te benoemen. Met inachtneming van voornoemde percentages heeft Joling een berekening gemaakt van het recht op uitkering. Daarnaast heeft hij aan de hand van de beschikbare gegevens, zijnde met name de jaaropgaven, een berekening gemaakt van het bedrag dat eiseres daadwerkelijk aan uitkeringen heeft ontvangen. Joling heeft daarbij becijferd dat eiseres over de periode van 1 september 1992 tot 1 januari 1996 recht had op € 99.514,23 aan WAO-vervangende uitkering en dat zij terzake daarvan een bedrag van € 87.456,19 heeft ontvangen. Zij heeft in de desbetreffende periode derhalve een bedrag van € 99.514,23 -/- € 87.456,19 = € 12.028,04 te weinig ontvangen. Daarbij heeft Joling berekend dat de wettelijke rente over dat bedrag € 16.045,88 bedraagt tot 1 januari 2010.
3.5 In de vaste jurisprudentie van de CRvB ligt besloten dat het oordeel van een onafhankelijke door de bestuursrechter ingeschakelde deskundige wordt gevolgd, tenzij op grond van bijzondere omstandigheden afwijking van deze hoofdregel is geboden. Van dergelijke omstandigheden is de rechtbank in onderhavige zaak niet gebleken. Daarbij neemt de rechtbank in aanmerking dat de berekening en conclusie van Joling zijn gebaseerd op uitvoerig onderzoek en bestudering van de in het dossier aanwezige stukken, waarbij niet is gebleken dat de berekening en conclusie van Joling op onjuiste wijze tot stand zijn gekomen.
3.6 De stelling van verweerder dat Joling aan de hand van de jaaropgaven op onjuiste wijze heeft vastgesteld welk bedrag eiseres feitelijk heeft ontvangen, passeert de rechtbank, aangezien het ervoor gehouden moet worden dat Joling over voldoende kennis en ervaring beschikt om dit bedrag op correcte wijze uit de jaaropgaven te destilleren en verweerder geen concrete en objectiveerbare gegevens heeft aangedragen op grond waarvan op dit punt aan de deskundigheid van Joling en aan de juistheid van zijn conclusie getwijfeld kan worden. Nu door het tijdsverloop bovendien niet langer alle maandelijkse CASO-uitbetalingen uit de relevante periode beschikbaar zijn, heeft Joling de aangewezen berekenmethode gehanteerd door zich te baseren op de jaaropgaven. Anders dan verweerder, is de rechtbank van oordeel dat het ontbreken van gegevens inzake de maandelijkse CASO uitbetalingen geen omstandigheid is die aan eiseres kan worden tegengeworpen.
3.7 Ook de stelling van verweerder dat tot 1995 voldoende betaald moet zijn omdat dit voor de daarop volgende periode vaststaat op basis van de beschikbare CASO uitbetalingsgegevens, passeert de rechtbank. Nog daargelaten of vanaf 1995 daadwerkelijk voldoende aan eiseres is betaald, zegt dit niets over de daaraan voorafgaande periode. Bovendien zeggen de CASO gegevens over 1995 niets over eventuele nabetalingen of terugvorderingen met betrekking tot de relevante periode, zodat ook om die reden de conclusie van Joling, die de gehele periode in zijn onderzoek heeft betrokken, gevolgd wordt.
3.8 Uit het vorenstaande volgt dat verweerder ten onrechte aan eiseres heeft geweigerd een nabetaling te doen ter zake van de WAO-vervangende uitkering over de periode van 1 september 1992 tot 1 januari 1996. Derhalve zal de rechtbank het beroep gegrond verklaren en het bestreden besluit vernietigen. Daarbij ziet de rechtbank aanleiding om gebruik te maken van haar bevoegdheid om zelf in de zaak te voorzien. Dat zal zij doen door het bezwaar van eiseres gegrond te verklaren, het primaire besluit te herroepen en te bepalen dat verweerder een bruto bedrag van € 12.028,04 ter zake van achterstallige WAO-vervangende uitkering aan eiseres dient te voldoen. Daarbij zal de rechtbank bepalen dat verweerder tot 1 januari 2010 een bedrag van € 16.045,88 aan wettelijke rente aan eiseres verschuldigd is, te vermeerderen met de wettelijke rente over de periode vanaf 1 januari 2010 tot en met de datum van voldoening van het gehele bedrag.
3.9 De rechtbank zal verweerder op grond van het voorgaande veroordelen tot het betalen van de door eiseres in bezwaar en beroep gemaakte proceskosten tot een bedrag van € 2.173,50. Met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht is het gewicht van de zaak daarbij bepaald op 1,5 (zwaar) en worden voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand, te weten het indienen van een bezwaarschrift, het bijwonen van de hoorzitting, het indienen van een beroepschrift, het verschijnen ter terechtzitting en het indienen van een schriftelijke zienswijze na het deskundigenrapport, 4,5 punten toegekend, met een waarde van € 322,00 per punt.