Beoordeling van het geschil
3.1 Op grond van artikel 8:81, eerste lid, van de Awb kan de voorzieningenrechter van de rechtbank die bevoegd is of kan worden in de hoofdzaak, op verzoek een voorlopige voorziening treffen indien onverwijlde spoed, gelet op de betrokken belangen, dat vereist.
3.2 Ten aanzien van de ontvankelijkheid van het verzoek overweegt de voorzieningenrechter dat het college terecht heeft gesteld dat verzoeker in zijn bezwaarschrift van 25 januari 2009 niet de gronden van zijn bezwaar heeft vermeld. Dit laat echter onverlet dat verzoeker wel een bezwaarschrift heeft ingediend. Daarmee heeft hij voldaan aan de in artikel 8:81, eerste lid, van de Awb gestelde connexiteitseis. Bovendien is het besluit van 16 december 2008 door een fout aan de zijde van het college eerst op 22 januari 2009 bekend gemaakt aan verzoeker. Aan de omstandigheid dat verzoeker aanvankelijk, kennelijk wegens gebrek aan tijd, heeft volstaan met het indienen van een pro forma bezwaarschrift en eerst ter zitting inzicht heeft gegeven in de gronden van zijn bezwaarschrift verbindt de voorzieningenrechter daarom niet de conclusie dat verzoeker niet ontvangen kan worden. Nu ook overigens niet is gebleken van beletselen om verzoeker te kunnen ontvangen en voorts genoegzaam is aangetoond dat verzoeker een spoedeisend belang heeft bij de gevraagde voorlopige voorziening, kan het verzoek worden ontvangen. Hierbij neemt de voorzieningenrechter in aanmerking dat ook de kerkvoogdij gebaat is bij een spoedig oordeel over de rechtmatigheid van de kapvergunning. Dit houdt verband met het aanstaande broedseizoen (15 maart 2009 -15 juli 2009), gedurende welke periode de kerkvoogdij geen uitvoering aan de kapvergunning mag geven.
3.3 Voor zover de beoordeling van het verzoek met zich brengt dat het geschil in de hoofdzaak (het bezwaarschrift) wordt beoordeeld, heeft het oordeel van de voorzieningenrechter daaromtrent een voorlopig karakter.
3.4 De voorzieningenrechter dient als eerste te beoordelen of verzoeker als belanghebbende bij de verleende kapvergunning kan worden aangemerkt.
3.5 Ingevolge artikel 1:2, eerste lid, van de Awb wordt onder belanghebbende verstaan: degene wiens belang rechtstreeks bij een besluit is betrokken.
3.6 Volgens vaste jurisprudentie van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (AbRS) dient een persoon om belanghebbende te zijn bij een besluit tot verlening van een kapvergunning een hem persoonlijk aangaand belang te hebben dat hem in voldoende mate onderscheidt van anderen. In de regel kan slechts als belanghebbende worden aangemerkt degene die op geringe afstand van de bomen woont of vanuit zijn woning daarop zicht heeft (vgl. AB 2004, 229 en LJN: BB2529).
3.7 Verzoeker woont in Reitsum en zijn woning en het perceel waarop de woning zich bevindt, liggen op ruim één kilometer van de kerk in Lichtaard en de rondom deze kerk staande bomen. Verzoeker kan daarom voor wat betreft de bomen in Lichtaard niet als belanghebbende bij de verleende kapvergunning worden aangemerkt. Voor wat betreft de bomen in verzoekers woonplaats Reitsum is duidelijk geworden dat deze bomen grenzen aan verzoekers perceel. Bovendien is voor het kappen van deze bomen het betreden van verzoekers perceel noodzakelijk. Verzoeker is daarom voor wat betreft de bomen in Reitsum wel belanghebbende bij de verleende kapvergunning.
3.8 Uit het voorgaande volgt dat de voorzieningenrechter in het navolgende uitsluitend een oordeel zal geven over de kapvergunning met betrekking tot de bomen in Reitsum.
3.9 Ingevolge artikel 4.5.2a, eerste lid, van de APV is het verboden zonder vergunning van het college de houtopstanden te vellen of te doen vellen die staan vermeld op voormelde lijst. Ingevolge artikel 4.5.2a, tweede lid, onder d, van de APV kan de vergunning worden geweigerd op grond van de beeldbepalende waarde van de houtopstand.
3.10 Volgens vaste jurisprudentie strekt het in de APV neergelegde vergunningsstelsel ter bescherming van specifiek genoemde belangen en kan de kapvergunning alleen geweigerd worden op één van de in artikel 4.5.2a, tweede lid, van de APV genoemde gronden (vgl. LJN: AE3322, LJN: AF8028 en LJN: AT3708). Dat zich, zoals in dit geval, een weigeringsgrond voordoet, betekent echter niet dat het college gehouden is kapvergunning te weigeren. Artikel 4.5.2a van de APV is immers een discretionaire bevoegdheid van het college. De uitoefening van deze bevoegdheid dient door de bestuursrechter daarom terughoudend te worden getoetst. Beoordeeld dient te worden of het college na afweging van de bij het besluit tot verlening van kapvergunning betrokken belangen in redelijkheid tot dit besluit heeft kunnen komen.
3.11 Bij brieven van 15 januari 2009 heeft het college de kerkvoogdij en verzoeker in kennis gesteld van zijn besluit van 16 december 2008 tot verlening van de gevraagde kapvergunning. Hierin heeft het college uiteengezet waarom, ondanks dat de bomen een beeldbepalende uitstraling hebben, aanleiding bestaat om toch kapvergunning te verlenen en wel voor het kappen van alle bomen in één keer. Aangegeven is dat het voor de kerkvoogdij veel voordeliger is om alle bomen in één keer te kappen en te vervangen door nieuwe bomen. Daarnaast is uitvoerig uiteengezet dat het "om en om" kappen en het tussen de bomen machinaal planten van een haag stuit op diverse uitvoeringsproblemen. Verder is er op gewezen dat door het gefaseerd kappen ("om en om") een grote kans bestaat dat jarenlang een rommelige situatie blijft bestaan. Voorts is er op gewezen dat de boomsingel uit verschillende soorten bomen bestaat en dat het nog maar de vraag is of er bij het kappen in twee fasen uiteindelijk wel een volwaardig geheel zal ontstaan.
3.12 Naar het oordeel van de voorzieningenrechter heeft het college op grond van deze argumenten in redelijkheid kunnen besluiten om, ondanks dat de bomen in Reitsum een beeldbepalende uitstraling bezitten en met voorbijgaan aan het advies van Aequitas om slechts één boom in Reitsum (boom 7) te kappen, toch kapvergunning te verlenen voor de kap van alle bomen in één keer.
3.13 Alles overziend komt de voorzieningenrechter tot de slotsom dat hij verwacht dat het bezwaar tegen de kapvergunning, voor zover betrekking hebbend op de bomen in Lichtaard, niet-ontvankelijk verklaard zal worden en dat het bezwaar tegen de kapvergunning, voor zover betrekking hebbend op de bomen in Reitsum, ongegrond verklaard zal worden. Voor het treffen van een voorlopige voorziening bestaat dus geen aanleiding. Het verzoek zal worden afgewezen.
3.14 Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.