Overwegingen
1. Eisers betoog dat derde-partijen niet als belanghebbenden bij de bestreden besluiten kunnen worden aangemerkt en zij zodoende niet als partij, als bedoeld in artikel 8:26 van de Awb, aan het geding mogen deelnemen, faalt. Het belang van derde-partijen, die direct omwonenden zijn, is tegengesteld aan dat van eiser. Het betreden besluit strookt met hun wens. Het door eiser ingestelde beroep kan er evenwel toe leiden dat het bestreden besluit wordt vernietigd, waardoor derde-partijen in een nadeligere positie komen te verkeren. Derde-partijen dienen in een dergelijk geval in de gelegenheid gesteld te worden hun belangen bij de instandhouding van het bestreden besluit bij de rechter naar voren te kunnen brengen. Vergelijk de uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (hierna: de Afdeling) van 22 december 2004 (ECLI:NL:RVS:2004:AR8015). Derhalve valt niet in te zien dat derde-partijen niet als partij in de zin van artikel 8:26 van de Awb aan de door eiser ingediende beroepen mogen deelnemen.
2. De rechtbank gaat uit van de volgende feiten. Op het perceel bevindt zich een door eiser zonder omgevingsvergunning geplaatste houtverbrandingsinstallatie. De installatie bestaat uit een ketelhuis, twee schoorstenen van 10 meter hoog voor de afvoer van rook en een houtmotsilo voor de opslag van houtmot. Ter legalisering van enerzijds het ketelhuis en anderzijds de schoorstenen en de houtmotsilo heeft eiser twee afzonderlijke aanvragen om omgevingsvergunning ingediend.
Ter plaatse rust, ingevolge het bestemmingsplan ‘Buitengebied, binnendijks deel’ (hierna: het bestemmingsplan), op de gronden de bestemming ‘Niet-agrarische bedrijven’ en de functieaanduiding ‘Tim’, die staat voor timmerbedrijf met een maximale omvang van 725 m². Op grond van de bouwregels in artikel 6.3 van de planregels zijn ter plaatse uitsluitend bouwwerken ten dienste van de bestemming toegestaan. Er geldt een maximale bebouwingshoogte van 6 meter voor ‘andere bouwwerken’. Voorts kan van zowel de maximale bebouwingsoppervlakte als de maximale bebouwingshoogte op grond van de planregels tien procent worden afgeweken.
3. In het bestreden besluit I staat, zakelijk gesteld, dat verweerder de gevraagde omgevingsvergunning voor de houtmotsilo en de twee schoorstenen heeft geweigerd, omdat deze bouwwerken in strijd zijn met het bestemmingsplan en hij daarvan niet wenst af te wijken omdat, kort en zakelijk gesteld, alle activiteiten op het perceel in samenhang moeten worden gelegaliseerd.
4. Eiser betoogt dat verweerder ten onrechte niet met toepassing van artikel 2.12, eerste lid, onder a, onder 2°, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (hierna: Wabo) in samenhang met artikel 4, aanhef en onderdeel 3, van Bijlage II, van het Besluit omgevingsrecht (hierna: Bor), van het bestemmingsplan is afgeweken. Met betrekking tot de ruimtelijke inpasbaarheid van de bouwwerken wijst eiser daarbij op het op 30 januari 2013 bij de gemeenteraad van de gemeente Maasdriel ingediende verzoek tot het vaststellen van een nieuw bestemmingsplan en de eind december 2011 door verweerder uitgesproken positieve houding ten opzichte van legalisatie van de betrokken bouwwerken.
5. Ingevolge artikel 2.12, eerste lid, aanhef en onder a, onder 2°, van de Wabo kan de omgevingsvergunning slechts worden verleend voor zover de aanvraag betrekking heeft op een activiteit als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onder c, indien de activiteit in strijd is met het bestemmingsplan of de beheersverordening in de bij algemene maatregel van bestuur aangewezen gevallen.
Uit artikel 4, aanhef en onderdeel 3, van Bijlage II, van het Bor volgt dat voor verlening van een omgevingsvergunning waarbij met toepassing van artikel 2.12, eerste lid, onder a, onder 2°, van de wet, van het bestemmingsplan of de beheersverordening wordt afgeweken, in aanmerking komt een bouwwerk, geen gebouw zijnde, mits deze niet hoger dan 10 meter is en de oppervlakte niet meer dan 50 m² bedraagt.
6. De rechtbank is van oordeel dat verweerder in redelijkheid, bij afweging van alle belangen, de vergunning heeft kunnen weigeren. Verweerder heeft daarbij doorslaggevend gewicht mogen toekennen aan het ruimtelijk belang van het in samenhang regelen van de planologisch situatie ter plaatse. Verweerder heeft al in de eind december 2011 door hem uitgesproken positieve houding ten opzichte van legalisatie als voorwaarde gesteld dat alle activiteiten op het perceel in samenhang moeten worden bezien en deze lijn steeds voortgezet. Het alleen legaliseren van de houtmotsilo en schoorstenen past niet in deze bestendige lijn. Daarbij is van belang dat de houtmotsilo en de twee schoorstenen niet alleen voor de ter plaatse legale timmerfabriek worden gebruikt, maar ook voor de ter plaatse, niet geheel legaal aanwezige champignonkwekerij. Anders dan eisers stellen, zijn de betrokken silo en schoorstenen namelijk bedoeld voor een houtverbrandingsketel welke hoofdzakelijk ten behoeve van de ter plaatse aanwezige champignonkwekerij wordt gebruikt. Dat de houtmotsilo ook gebruikt kan worden voor opslag van houtmot, maakt, anders dan eisers stellen, nog niet dat deze niet hoofdzakelijk voor de houtverbrandingsinstallatie wordt gebruikt. De opslag van houtmot vindt namelijk plaats in afwachting van verbranding van deze houtmot, hoofdzakelijk ten behoeve van de champignonkwekerij. Ook voor het ketelhuis zelf is voorts de vergunning geweigerd. Dat thans wel een de situatie ter plaatse legaliserend ontwerpbestemmingsplan ter inzage is gelegd, kan, gelet op de beoordeling van het bestreden besluit naar het recht ten tijde van het bestreden besluit, niet leiden tot een ander oordeel.
7. Het beroep in de zaak geregistreerd onder AWB 13/6122 is dan ook ongegrond. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.
8. Eiser heeft eerder, op 26 januari 2010, een aanvraag voor het verlenen van een vergunning voor het bouwen van het ketelhuis ingediend. Deze aanvraag is bij besluit van 29 januari 2013 afgewezen. Dit besluit is in rechte komen vast te staan. Op 28 december 2012 heeft eiser onderhavige aanvraag voor het verlenen van een vergunning voor het bouwen van het ketelhuis ingediend. Het bestreden besluit II is van gelijke strekking als het eerdere besluit.
9. Uit de jurisprudentie van de Afdeling (zie onder meer de uitspraak van 6 maart 2008 ECLI:NL:RVS:2008:BC7124) vloeit voort dat, indien na een eerder afwijzend besluit een besluit van gelijke strekking wordt genomen, door het instellen van beroep tegen het laatste besluit niet kan worden bereikt dat de bestuursrechter dat besluit toetst, als ware het een eerste afwijzing. Slechts indien en voor zover nieuw gebleken feiten of veranderde omstandigheden zijn aangevoerd, dan wel uit het aldus aangevoerde kan worden afgeleid dat zich een relevante wijziging van het recht heeft voorgedaan, kunnen dat besluit, de motivering ervan en de wijze waarop het tot stand is gekomen door de bestuursrechter worden getoetst. 10. Met verweerder en eiser is de rechtbank van oordeel dat de Wabo in samenhang met het Bor in dit geval moeten worden aangemerkt als een relevante wijziging van het recht. De Wabo en het Bor waren ten tijde van het besluit van 29 januari 2013 weliswaar reeds in werking getreden, maar verweerder heeft de aanvraag van 26 januari 2010 terecht getoetst aan het daarvoor geldende recht. Immers, ingevolge artikel 1.2, tweede lid, van de Invoeringswet Wabo blijft het recht zoals dit gold onmiddellijk voor het tijdstip van inwerkingtreding van artikel 2.1 van de Wabo van toepassing op de voorbereiding en vaststelling van een beschikking op een aanvraag om een bouwvergunning indien voor dat tijdstip een aanvraag is ingediend.
Voorts kennen de Wabo en het Bor meer en andere omgevingsvergunningvrije gevallen dan voorheen. Dus is sprake van een relevante wijziging van het recht. Daarom kan en mag het bestreden besluit II, waarin verweerder in afwijking van het primaire besluit II de aanvraag inhoudelijk heeft beoordeeld en niet met toepassing van artikel 4:6 van de Awb heeft afgewezen, worden beoordeeld door de rechtbank.
11. Eisers betoog dat er voor het ketelhuis via de bouwaanvraag van 26 januari 2010 sprake is van een vergunning van rechtswege, wordt niet gevolgd. Verwezen wordt naar de uitspraken, tussen partijen gewezen, van deze rechtbank van 27 augustus 2013 (AWB 13/1968) en 3 oktober 2013 (AWB 13/1968). In die uitspraken is ten aanzien van deze bouwaanvraag geoordeeld dat geen sprake is van een van rechtswege verleende vergunning. De rechtbank ziet in hetgeen eiser thans heeft aangevoerd geen aanleiding om van dit oordeel af te wijken en maakt de overwegingen van de rechtbank in die uitspraken ten aanzien van het niet ontstaan van een omgevingsvergunning van rechtswege tot de hare.
12. Partijen zijn verder verdeeld over de vraag of het ketelhuis kan worden aangemerkt als ‘bijbehorend bouwwerk’, als bedoeld in artikel 4, onderdeel 1, van de Bijlage II, van het Bor.
13. Uit artikel 1, eerste lid, van de Bijlage II, van het Bor volgt dat onder ‘bijbehorend bouwwerk’ wordt verstaan: uitbreiding van een hoofdgebouw dan wel functioneel met een zich op hetzelfde perceel bevindend hoofdgebouw verbonden, daar al dan niet tegen aangebouwd gebouw, of ander bouwwerk, met een dak.
14. Het hoofdgebouw van het perceel is het gebouw waar het timmerbedrijf is gevestigd. Een uitbreiding van dit hoofdgebouw is het ketelhuis niet. Aldus is de vraag of er sprake is van functionele verbondenheid tussen het ketelhuis en het timmerbedrijf. Met functionele verbondenheid wordt volgens de Nota van Toelichting bij het Bor bedoeld dat sprake moet zijn van een gebruik van het bijbehorende bouwwerk dat in planologisch opzicht gerelateerd is aan het gebruik van het hoofdgebouw. Naar het oordeel van de rechtbank kan niet worden staande gehouden dat het gebruik van het ketelhuis in planologisch opzicht gerelateerd is aan het gebruik van het timmerbedrijf. Het ketelhuis is immers hoofdzakelijk bestemd voor de champignonkwekerij en aldus daaraan en niet aan de timmerfabriek gerelateerd.
Aldus is de rechtbank met verweerder van oordeel dat het ketelhuis niet als ‘bijbehorend bouwwerk’ kan worden aangemerkt en dat artikel 4, onderdeel 1, van de Bijlage II, van het Bor niet van toepassing is.
15. Het beroep in de zaak geregistreerd onder AWB 13/6910 is daarom eveneens ongegrond. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.