Feiten
1. Stinapa is een stichting die zich bezighoudt met de bescherming, het behoud en het herstel van de gronden en wateren en de daarbij behorende flora en fauna van Bonaire.
2. Aan HVD gelieerde vennootschappen exploiteren (onder andere) een hotel en een jachthaven aan de Kaya Gobernador N. Debrot tegenover de saliña, het gebied dat HVD wil ontwikkelen.
3. Ten behoeve van de ontwikkeling van de saliña heeft onderzoeks- en adviesbureau EcoVision N.V. een milieuonderzoek gedaan, en daarvan op 11 maart 2013 definitief rapport uitgebracht.
4. Op 9 december 2013 is een vaststellingsovereenkomst gesloten tussen HVD, en aan haar gelieerde vennootschappen, en het OLB, met betrekking tot de ontwikkeling van de bouwpercelen grenzen aan c.q. in de directe nabijheid van de saliña.
5. In artikel 2.3 van de vaststellingsovereenkomst was opgenomen dat de onderwaterzetting van de saliña in drie fasen zou geschieden. In fase 2 zou HVD ex artikel 2.4 van de vaststellingsovereenkomst een gedetailleerde technische studie uitvoeren.
6. Ten behoeve van de onderwaterzetting heeft advies- en ingenieursbureau Witteveen+Bos (verder te noemen: WB) op 8 juni 2015 een watermanagementplan opgesteld, dat HVD op 19 juni 2015 bij het OLB heeft ingediend.
7. Bij brief van 25 november 2015 heeft het OLB HVD naar aanleiding van het ingediende watermanagementplan (onder andere) het volgende bericht:
Het rapport van Ecovision uit 2013 en het door u geleverde milieueffectenonderzoek van Witteveen & Bos (waarin de eerdere bevindingen van Ecovision zijn meegenomen) bieden ons voldoende houvast voor de bescherming van onze belangen op het gebied van de ecologie en milieu. Het onderzoek van Witteveen & Bos bevat bovendien de juiste componenten die wij nodig achten voor een deugdelijke beoordeling van de gevolgen van het plan van uw cliënt. Doordat is aangetoond dat er geen negatieve effecten zijn te verwachten is een aanvullende milieubeoordelingsprocedure onnodig. Een dergelijke procedure heeft ten opzichte van de onderzoeken die zijn aangeleverd immers geen toegevoegde waarde. De door uw cliënt beoogde realisatie van een permanent waterpeil in de Saliña di Vlijt kan derhalve doorgang vinden met toepassing van artikel 21 lid 3 sub d van het Eilandbesluit Natuurbeheer Bonaire.
8. In de bijlage bij de brief van 25 november 2015 heeft het OLB richtlijnen opgenomen ten behoeve van het creëren van een permanent waterpeil, waar de uitvoerder zich aan diende te houden.
9. Voor de werkzaamheden met betrekking tot de onderwaterzetting was een drietal vergunningen vereist, namelijk een natuur-, bouw- en aanlegvergunning. Deze heeft HVD op 21 maart 2016 bij het OLB aangevraagd.
10. Het OLB heeft de aanvraag voor de natuurvergunning ter advisering voorgelegd aan de Commissie Natuurbeheer (verder te noemen: CNB). Op 22 april 2016 heeft CNB een eerste advies uitgebracht.
11. Het OLB heeft HVD in de gelegenheid gesteld naar aanleiding van het eerste rapport van CNB een nadere toelichting te geven. Zulks heeft zij op 10 mei 2016 door overlegging van een memorandum van WB gedaan.
12. Naar aanleiding van het memorandum van WB heeft op 12 mei 2016 een overleg plaatsgevonden tussen, CNB, HVD, het OLB en Stinapa.
13. Op 16 mei 2016 heeft Stinapa bij het OLB bezwaar gemaakt tegen de onderwaterzetting conform het watermanagementplan.
14. Naar aanleiding van het overleg van 12 mei 2016 heeft WB op 24 mei 2016 een tweede memorandum overgelegd.
15. Op 24 juni 2016 heeft CNB vervolgens een tweede advies uitgebracht. In dit advies schreef CNB:
De Commissie Natuurbeheer Bonaire heeft zijn bedenkingen en adviezen ten aanzien van de wateropvangcapaciteit en sedimentatie, saliniteit, ecologische waarde en het beheer van het gebied al aangegeven in het voorgaande CNB advies van 22 april 2016. (…)
De commissie meent dat de omvang en impact van dit project op het natuurleven van dusdanige omvang is dat dit een MER noodzakelijk maakt.
16. Op 29 juni 2016 heeft Stinapa haar bezwaren aangevuld.
17. Na 29 juni 2016 heeft het OLB in een ‘Nota van beantwoording bedenkingen Natuurvergunning Harbour Village Company N.V’ gereageerd op de door belanghebbenden ingediende bezwaren.
17. Op 19 augustus 2016 heeft het OLB aan CNB gevraagd haar onderzoeksbehoefte nader te onderbouwen. Het OLB heeft als bijlage aan deze brief de ‘Memo Richtlijnen’ gehecht, waarin de werkwijze met betrekking tot het werken met richtlijnen in plaats van de overlegging van een milieueffectenrapport (MER) wordt beschreven. Daarin valt onder andere te lezen:
Het werken met Richtlijnen houdt in dat het bevoegd gezag kan verklaren dat geen MER-nodig is, omdat uit de bij de aanvraag aangeleverde gegevens blijkt dat er geen nadelige gevolgen voor de relevante waarden en kwaliteiten zijn te verwachten. Er kan worden volstaan met Richtlijnen die bij de uitvoering van de activiteiten moeten worden nagekomen. Het werken met Richtlijnen is voor alle partijen eenvoudiger dan de MER-beoordeling. Bij een MER-beoordeling moet een in het eilandsbesluit beschreven procedure worden doorlopen. Bij de Richtlijnen is dat niet het geval. De Richtlijnen verschillen van de MER-beoordeling in die zin dat de aanvrager al onderzoek heeft gedaan en dat dit onderzoek naar de mening van het bestuurscollege een voldoende niveau en kwaliteit heeft om een besluit te kunnen nemen.
19. CNB heeft de nadere onderbouwing van haar onderzoeksbehoefte verwoord in een schrijven van 8 september 2016. Hierna heeft WB op 7 oktober 2016 opnieuw een memorandum opgesteld. Op dit laatste memorandum van WB heeft CNB niet gereageerd.
19. Op 10 november 2016 heeft de Directie Ruimte & Ontwikkeling positief op de aangevraagde vergunningen geadviseerd.
21. Op 9 december 2016 heeft het OLB de aangevraagde vergunningen aan HVD verleend. De natuurvergunning is verleend op grond van de artikelen 10, 19, 20 en 22 van de Eilandsverordening natuurbeheer Bonaire (verder te noemen: de Verordening), en artikelen 21 lid 1 sub g en artikel 21 lid 3 sub d van het Eilandsbesluit natuurbeheer Bonaire (verder te noemen: het Besluit).