In deze zaak heeft de Hoge Raad op 30 maart 2018 uitspraak gedaan in een cassatieprocedure over een naheffingsaanslag in de omzetbelasting die was opgelegd aan een fiscale eenheid bestaande uit Stichting [X1] en [X2] B.V. De zaak betreft de toepassing van de pro-ratamethode bij de berekening van de aftrek van omzetbelasting voor een ziekenhuis dat zowel belaste als vrijgestelde prestaties verricht. De belanghebbende had bezwaar gemaakt tegen de naheffingsaanslag, omdat zij meende recht te hebben op een hoger bedrag aan aftrek dan door de Inspecteur was vastgesteld. De Inspecteur had de naheffingsaanslag opgelegd op basis van een te lage vergoeding die de belanghebbende in aanmerking had genomen bij de berekening van de omzetbelasting ter zake van een integratielevering van een ziekenhuisgebouw.
De Rechtbank en het Gerechtshof hebben de stellingen van de belanghebbende verworpen, maar de Hoge Raad oordeelde dat het Hof ten onrechte had geoordeeld dat de belanghebbende niet aannemelijk had gemaakt dat het door haar gehanteerde percentage voor de pro-ratamethode correct was. De Hoge Raad stelde vast dat de pro-ratamethode moet worden toegepast op het geheel van de door het ziekenhuis gebruikte goederen en diensten, inclusief het ziekenhuisgebouw. Hierdoor heeft de belanghebbende recht op een hogere aftrek van de omzetbelasting dan eerder was vastgesteld.
De Hoge Raad heeft de uitspraak van het Hof en de Rechtbank vernietigd, de naheffingsaanslag opgeheven en de Staatssecretaris van Financiën veroordeeld tot vergoeding van de proceskosten. Dit arrest benadrukt het belang van een juiste toepassing van de pro-ratamethode bij fiscale eenheden in de zorgsector, waar zowel belaste als vrijgestelde prestaties worden verricht.