In deze zaak heeft de Hoge Raad op 16 december 2016 uitspraak gedaan in een cassatieprocedure over de toepassing van het tonnageregime in de vennootschapsbelasting. De zaak betreft de vennootschap [X] N.V. en de Staatssecretaris van Financiën, die in hoger beroep waren gegaan tegen een uitspraak van het Gerechtshof Arnhem-Leeuwarden. De kwestie draaide om de vraag of het verzoek van belanghebbende om toepassing van het tonnageregime tijdig was gedaan en of dit regime van toepassing kon zijn vanaf 1 januari 2010 of pas vanaf 2 maart 2010, de datum waarop het eerste zeeschip daadwerkelijk in gebruik werd genomen.
De Hoge Raad oordeelde dat het verzoek van belanghebbende om toepassing van het tonnageregime tijdig was gedaan, maar dat het tonnageregime niet eerder kon ingaan dan op 2 maart 2010. De Hoge Raad bevestigde dat de Inspecteur het verzoek van belanghebbende terecht had afgewezen, omdat de ingangsdatum die belanghebbende wenste in strijd was met de wet. De uitspraak van het Hof en de uitspraak van de Rechtbank werden vernietigd, en de uitspraak op bezwaar van de Inspecteur werd bevestigd. De Staatssecretaris van Financiën werd veroordeeld in de proceskosten van het geding in cassatie.
Deze uitspraak heeft belangrijke implicaties voor de toepassing van het tonnageregime en de voorwaarden waaronder belastingplichtigen winst uit zeescheepvaart kunnen bepalen. De Hoge Raad benadrukte dat de wetgeving duidelijk is over de ingangsdatum van het tonnageregime en dat belastingplichtigen zich aan deze regels moeten houden.