2.1 De activiteiten van belanghebbende bestonden begin 2006 uit het houden van aandelen F bv, de verhuur van een bedrijfspand en het verzorgen van een pensioen- en stamrechtregeling ten behoeve van haar enige aandeelhouder, A, geboren 19 mei 1942 (hierna: A). A is tegelzetter en natuursteenbewerker. Deze werkzaamheden heeft hij eerst in belanghebbende uitgeoefend en later zijn deze werkzaamheden verricht in de aan belanghebbende gelieerde vennootschap G bv. A is in 2006 geremigreerd naar Italië.
2.2 A is tot 1 augustus 2006 de bestuurder geweest van belanghebbende. Met ingang van 1 augustus 2006 is H (hierna: H) benoemd als bestuurder van belanghebbende en is A als gevolmachtigde aangesteld.
2.3 In 2006 is belanghebbende de enige aandeelhouder van F bv. De activiteiten van F bv zien onder andere op scheepsbetimmering. Het bestuur van F bv wordt gevormd door de broers van de echtgenote van A, I en J (hierna: de heren I).
2.4 Belanghebbende is tot 15 september 2006 eigenaar van een bedrijfscomplex bestaande uit loodsen, kantoor, loskade en open terrein, staande en gelegen aan de a-straat 11 (ook bekend als a-straat 14(a)) te Z (hierna: het pand).
2.5 Belanghebbende heeft het pand voor een deel aan F bv en voor het andere deel aan G bv verhuurd. Enig aandeelhouder van G bv is K, de zoon van A.
2.6 L bv heeft interesse getoond in het bedrijfsperceel dat in eigendom is van zwagers van A, welk bedrijfsperceel grenst aan het pand van belanghebbende. Uiteindelijk heeft L bv zowel het pand van belanghebbende als het aangrenzende bedrijfsperceel van de zwagers gekocht. Op 15 september 2006 heeft belanghebbende het pand geleverd aan L bv voor € 1.200.000. De boekwaarde bedroeg op het moment van vervreemding € 692.700. Bij de aangifte Vpb voor het onderhavige jaar heeft belanghebbende tot het bedrag van de behaalde boekwinst van € 507.300 een herinvesteringsreserve gevormd.
2.7 In artikel 12 van de huurovereenkomst tussen belanghebbende en F bv is bepaald dat F bv het recht van eerste koop had van het gehuurde. Op 13 september 2006 heeft F bv schriftelijk afstand gedaan van dit recht tot koop.
2.8 In de huurovereenkomsten tussen belanghebbende en F bv en G bv is bepaald, dat de huur van het pand eindigt op 31 december 2007 respectievelijk 31 december 2008. Belanghebbende heeft bij de verkoop van het pand aan L bv bedongen, dat de huurders tot uiterlijk 1 juli 2009 kunnen blijven huren. Verdere voortzetting van de huurovereenkomsten was niet mogelijk.
2.9 Belanghebbende heeft een gedeelte van de geldmiddelen die zijn ontvangen uit de verkoop van het pand gebruikt om drie leningen te verstrekken aan A. Het betreft een lening van € 90.756, een lening van € 600.000 en een lening van € 90.000. De lening van € 90.756 houdt verband met de financiering van een woning met als zekerheidsstelling een zogenoemde positieve/negatieve hypotheekverklaring. Voor de andere twee leningen hebben partijen geen afspraken gemaakt over de aflossing daarvan en heeft A evenmin zekerheid verstrekt.
2.10 A heeft zowel als privépersoon als door middel van M, een in Italië gevestigde rechtspersoon waarvan A enig aandeelhouder is, geïnvesteerd in woningbouwprojecten in Italië.
2.11 Op 27 mei 2008 zijn de aandelen F bv verkocht aan de vennootschap Gebr. N bv, welke aandelen in eigendom waren van de heren I.
2.12 F bv en G bv hebben in 2008 een vervangend bedrijfspand gevonden.
2.13 In 2008 heeft belanghebbende de gevormde herinvesteringsreserve aan haar winst toegevoegd.
2.14 In 2009 heeft een boekenonderzoek bij belanghebbende plaatsgevonden, waarbij de aanvaardbaarheid van de aangiften Vpb en omzetbelasting over de periode 1 januari 2005 tot en met 31 december 2007 is onderzocht.
2.15 Naar aanleiding van het boekenonderzoek is op 2 januari 2010 de onderhavige navorderingsaanslag met boete door de Inspecteur aan belanghebbende opgelegd, omdat de Inspecteur de door belanghebbende gevormde herinvesteringsreserve niet heeft geaccepteerd.
2.16 Op 28 augustus 2009 hebben belanghebbende, F bv, G bv en de toenmalige accountant van belanghebbende, O (hierna: O) van P, een verklaring ondertekend waarin onder andere het volgende is verklaard (waarbij belanghebbende als Partij I, F als Partij II, G bv als Partij III en de accountant als Partij IV zijn aangeduid):
“In aanmerking nemende:
• Dat Partij I tot 15 september 2006 eigenaar/verhuurder was van het bedrijfspand aan de a-straat te Z;
• Dat Partij II en partij III (delen van) dit bedrijfspand huurden van Partij I ten behoeve van de uitoefening van hun onderneming;
• Dat het bedrijfspand op 15 september 2006 door Partij I is verkocht aan een derde;
• Dat bij verkoop van het bedrijfspand duidelijk was dat de lopende huurovereenkomsten te zijner tijd door koper niet zouden worden verlengd;
• Dat op dat moment de financiële status van Partij II en Partij III niet dusdanig was dat het stichten van een eigen vervangende bedrijfslocatie in de lijn der verwachting lag;
• Dat Partij I op dat moment de intentie heeft uitgesproken te willen herinvesteren in een vervangende bedrijfsruimte voor Partij II en Partij III, dan wel daarin bij te dragen;