4.1. De rechtbank heeft bij de bestreden uitspraak -voor zover thans van belang- het beroep van belanghebbende gegrond verklaard en de uitspraak op bezwaar, die ziet op de boetebeschikking, vernietigd en de boetebeschikking verminderd.
Anders dan belanghebbende meent, brengt deze beslissing van de rechtbank niet met zich dat het beroep van belanghebbende tegen de navorderingsaanslag ook gegrond is. De uitspraak op bezwaar, die zowel op de navorderingsaanslag als op de boete ziet, wordt immers slechts vernietigd voor zover het de boete betreft. De uitspraak op bezwaar tegen de navorderingsaanslag, waarbij de navorderingsaanslag wordt gehandhaafd, blijft dan ook in stand. Aldus heeft de rechtbank tot uitdrukking gebracht dat belanghebbendes beroep tegen de navorderingsaanslag ongegrond is. Dit is ook in overeenstemming met de rechtsoverwegingen die de rechtbank in haar uitspraak aan de navorderingsaanslag heeft gewijd.
4.2. Ten aanzien van het vereiste van het nieuwe feit heeft de rechtbank geoordeeld dat de inspecteur beschikte over een navordering rechtvaardigend nieuw feit. Zij heeft daartoe overwogen -kort samengevat- dat belanghebbendes aangifte IB/PV voor het onderhavige jaar geen aanleiding gaf tot een traditionele beoordeling en dat uit aantekeningen, gemaakt over het verloop van de bezwaarprocedure tegen de aanslag vennootschapsbelasting 1999 van Beheer B.V., kan worden opgemaakt dat de inspecteur eerst in september 2003 -derhalve ná dagtekening van de definitieve aanslag IB/PV 2002 [toevoeging hof]- beschikte over stukken die konden leiden tot de conclusie dat de definitieve aanslag IB/PV voor het jaar 2002 te laag was vastgesteld. Het hof onderschrijft dit oordeel van de rechtbank en de gronden die de rechtbank daartoe in de rechtsoverwegingen 4.1 tot en met 4.3 heeft gebezigd en maakt dit oordeel en de daartoe gebezigde gronden tot de zijne. Daarbij merkt het hof op dat uit de in februari 2003 ontvangen gecorrigeerde aangifte vennootschapsbelasting 1999 weliswaar blijkt van correcties op de rekening-courantverhoudingen, maar dat daaruit niet zonder meer een uitdeling in het jaar 2002 kon worden gedestilleerd. Onjuist is belanghebbendes veronderstelling dat de inspecteur zich beroept op nieuwe feiten van ná augustus 2005.
4.3. Het hof voegt verder nog het volgende toe aan de overwegingen van de rechtbank. Uit het onder 2.22 vermelde blijkt dat er in 2003 geen sprake (meer) is van samenhang in de behandeling van de inkomstenbelastingaangiften en de vennootschapsbelastingaangiften. Daar komt nog bij dat de aanslagen vennootschapsbelasting waarnaar wordt verwezen op een ander jaar zien dan de onderhavige aangifte IB/PV. Gelet hierop, in samenhang met het onder 4.2 vermelde, kon van de inspecteur dan ook niet verwacht worden dat hij, in verband met de ontvangst van de (gecorrigeerde) aangiften vennootschapsbelasting 1999 en 2000 van Beheer B.V., de aanslagregeling IB/PV 2002 van belanghebbende opschortte. Ook daarom is geen sprake van een navordering verhinderend verzuim van de inspecteur.
4.4. Belanghebbende heeft gesteld dat de aantekeningen die de aanslagregelend ambtenaar heeft gemaakt over het verloop van de bezwaarprocedure (bijlage 14 bij het verweerschrift van de inspecteur in eerste aanleg) niet als bewijs mogen worden toegelaten en dat de aantekeningen onvolledig zijn. Het hof merkt hierover op dat het hof vrij is in de keuze van de bewijsmiddelen en dat er geen reden is te twijfelen aan de juistheid van de aantekeningen. De gestelde onvolledigheid van de aantekening acht het hof niet aannemelijk gemaakt gelet op hetgeen de inspecteur dienaangaande heeft opgemerkt onder grief 5, ad 2, in zijn conclusie van dupliek.
4.5. De inspecteur heeft aangevoerd dat hij de uitdeling van € 100.472,- (zie 2.17) heeft nagevorderd over het jaar 2002 omdat de beslissing om een volwaardige vordering op belanghebbende te wijzigen in een waardeloze vordering op D B.V. moet zijn genomen ná het opheffen van het faillissement van D B.V. in mei 2002 en vóór 31 december 2002. De inspecteur komt tot de begindatum van mei 2002 omdat uit het financieel eindverslag van de curator in het faillissement van D B.V. niet blijkt van een vordering op belanghebbende. De einddatum ontleent hij aan het feit dat op 30 december 2002 de standaard jaarstukken, behorend bij de aangifte vennootschapsbelasting 2000 van Beheer B.V., bij de belastingdienst zijn ingekomen (zie 2.19). Uit deze jaarstukken blijkt niet langer van een vordering van Beheer B.V. op belanghebbende.
Het hof heeft, gelijk de rechtbank in rechtsoverweging 4.10 heeft overwogen, geen reden de inspecteur niet te volgen in zijn keuze om over het jaar 2002 na te vorderen. Belanghebbende heeft hier niets steekhoudends tegen ingebracht. De ontvangst in 2003 van de onder 2.11 en 2.12 genoemde stukken, nopen niet tot het oordeel dat de uitdeling in 2003 of een ander jaar dan 2002 heeft plaatsgevonden.
4.6. Belanghebbende verwijt de inspecteur dat hij in de loop van de procedure de grondslag van de navordering heeft gewijzigd en dat dit tot vernietiging van de navorderingsaanslag moet leiden. Het hof kan belanghebbende hierin niet volgen. Van een wijziging van de grondslag is het hof niets gebleken. De inspecteur heeft de navorderingsaanslag gebaseerd op de omstandigheid dat Beheer B.V. een volwaardige vordering op belanghebbende heeft gewijzigd in een waardeloze vordering op D B.V., welke wijziging hij als uitdeling aanmerkt. Voor de grondslag is niet van belang aan welke stukken de inspecteur deze conclusie ontleent. Overigens is het hof van oordeel dat de inspecteur hiervoor steeds heeft verwezen naar de gecorrigeerde aangifte vennootschapsbelasting 1999 als bedoeld onder 2.11.
4.7. Aan de handelwijze van de inspecteur ten aanzien van de aanslagen vennootschapsbelasting ten name van Beheer B.V., kan belanghebbende naar het oordeel van het hof niet het vertrouwen ontlenen dat de inspecteur heeft ingestemd met de aangebrachte correcties in de rekening-courantstanden zoals vermeld onder 2.10. Het hof verwijst voor de onderbouwing van dit oordeel naar hetgeen de inspecteur heeft vermeld onder punt 1 van zijn pleitnota voor de zitting van 11 februari 2009. Op deze grond kan de bevoordeling van belanghebbende dan ook niet worden ontkend. Belanghebbende heeft -alhoewel daartoe ruimschoots in de gelegenheid gesteld- niet aannemelijk gemaakt dat de correctieboekingen in de gecorrigeerde aangifte vennootschapsbelasting 1999 terecht zijn aangebracht.
4.8. In rechtsoverweging 4.6 tot en met 4.8 heeft de rechtbank -kort samengevat-geoordeeld dat Beheer B.V. is verarmd doordat zij -in 2002 [toevoeging hof]- een volwaardige vordering op haar aandeelhouder heeft verruild voor een onvolwaardige vordering op een niet meer bestaande dochtervennootschap en dat belanghebbende hierdoor is verrijkt. Verder heeft de rechtbank geoordeeld dat Beheer B.V. en belanghebbende zich hiervan bewust moeten zijn geweest en dat -onder verwijzing naar HR 1 november 1989, nr. 25774, BNB 1990/64- de bevoordeling als een winstuitdeling kan worden aangemerkt. Het hof onderschrijft dit oordeel van de rechtbank en de gronden die de rechtbank daartoe heeft gebezigd en maakt dit oordeel en de daartoe gebezigde gronden tot de zijne.
4.9. De inspecteur heeft zich op het standpunt gesteld dat de uitdeling € 100.472,- beloopt. Dit is het saldo van de onder 2.10 vermelde posten 'correctie 1997 verrekening eenmanszaak' en 'correctie 1997 saldo D'. Gelet op hetgeen de inspecteur heeft aangevoerd omtrent het bedrag van de uitdeling in onder andere de bijlagen 20 en 31 bij het verweerschrift van de inspecteur in eerste aanleg, acht het hof het bedrag van de uitdeling aannemelijk gemaakt. Hetgeen de belanghebbende hier tegenin brengt, kan niet tot een ander oordeel leiden. Het hof verwijst hiervoor naar voornoemde bijlage 31 en de omstandigheid dat belanghebbende uitgaat van veronderstellingen die niet (afdoende) met stukken worden onderbouwd. Dat belanghebbende door tijdverloop in een nadelige bewijspositie zou verkeren, kan hem niet baten omdat hij degene is die in 2003 met de correctieboekingen is gekomen. Alsdan mag verwacht worden dat hij op dat moment ook over de nodige stukken beschikt die deze correctieboekingen kunnen onderbouwen. De omstandigheid dat de navorderingsaanslag vervolgens eerst in 2005 is opgelegd, kan daarom niet ten voordele van belanghebbende strekken.
4.10. Voor zover belanghebbendes grieven betrekking hebben op andere beschikkingen dan de onderhavige navorderingsaanslag, kunnen zij in het onderhavige geding niet aan de orde komen. De voor bezwaar vatbare beschikkingen van 15 september 2003 (bijlage 8 bij het beroepschrift van belanghebbende in hoger beroep), 31 januari 2003 (bijlage 26 bij het beroepschrift van belanghebbende in hoger beroep), 8 november 2003 en 12 december 2006 (bijlagen 5 en 6 bij de conclusie van repliek), allen betrekking hebbende op Beheer B.V., zijn in onderhavige zaak geen onderwerp van geschil.
4.11. Wat betreft de boete is het hof van oordeel dat het aan belanghebbendes (voorwaardelijk) opzet is te wijten dat de definitieve aanslag IB/PV 2002 tot een te laag bedrag is vastgesteld. Belanghebbende was zich immers bewust van de bevoordeling, maar heeft deze niet in zijn aangifte vermeld. Het hof merkt daarbij op dat de inspecteur onweersproken heeft gesteld dat de correctieboekingen in de rekening-courantverhoudingen door belanghebbende zijn geïnitieerd. Van een pleitbaar standpunt is geen sprake. Een boete van 50 percent acht het hof onder deze omstandigheden passend en geboden. Er zijn geen feiten en omstandigheden aangevoerd die naar het oordeel van het hof tot een matiging van de boete zouden moeten leiden. Wel dient een vermindering wegens undue delay plaats te vinden voor de eerste aanleg (zie rechtsoverweging 4.17 van de uitspraak van de rechtbank). Omdat partijen zich kunnen vinden in de door de rechtbank toegepaste vermindering van 10 percent, zal het hof de rechtbank hierin volgen. In hoger beroep is geen sprake van overschrijding van de redelijke termijn.
4.12. Voor zover belanghebbende een bewijsaanbod heeft gedaan, passeert het hof dit aanbod omdat het te vaag is en het de te bewijzen feiten niet of onvoldoende concreet aanduidt.
4.13. Met de door de inspecteur overgelegde bijlage 5 bij het verweerschrift in hoger beroep is naar het oordeel van het hof afdoende gebleken van de bevoegdheid van de ambtenaren die in onderhavige zaak de relevante beschikkingen hebben genomen.
4.14. Vorenstaande betekent dat het hoger beroep van belanghebbende ongegrond dient te worden verklaard, zodat voor hoger beroep geen vergoeding van het griffierecht plaatsvindt. Het incidenteel hoger beroep van de inspecteur is gegrond.