4. De overwegingen omtrent het geschil.
4.1. Tussen partijen is niet in geschil dat de s.k.o.-vergoeding belast is voor de omzetbelasting. Het is het hof niet gebleken dat partijen daarbij uitgaan van een onjuist juridisch standpunt zodat het hof partijen daarin zal volgen.
4.2. Ter onderbouwing van haar beroep op het vertrouwensbeginsel heeft de belanghebbende gewezen op eerdere controles en de omstandigheid dat er sprake is van een impliciet jegens haar door de belastingdienst ingenomen standpunt. De belanghebbende - op wie in deze de bewijslast rust - heeft echter tegenover de gemotiveerde weerspreking door de inspecteur niet aannemelijk gemaakt dat er eerdere controles zijn geweest waaraan zij het in rechte te beschermen vertrouwen kon ontlenen dat de s.k.o.-vergoeding niet belast is voor de omzetbelasting. Daarnaar gevraagd heeft zij ter zitting meegedeeld dat zij geen gegevens aangaande die controles boven water heeft kunnen krijgen. Het hof hecht dan ook geloof aan de stelling van de inspecteur dat er slechts deelonderzoeken ten aanzien van bepaalde omzetbelastingconstructies hebben plaatsgevonden. Aan dergelijke (veelal op verzoek van belanghebbende uitgevoerde) deelonderzoeken kan de belanghebbende naar het oordeel van het hof niet het vertrouwen ontlenen dat de onderhavige aangelegenheid op haar fiscale merites is beoordeeld. Het karakter van een deelonderzoek staat hieraan in de weg. Van een impliciete standpuntbepaling is dan ook geen sprake. Evenmin is gebleken of aannemelijk geworden dat de inspecteur zijn standpunt ten aanzien van de belastbaarheid van voornoemde vergoeding heeft gewijzigd, zodat hem ook niet verweten kan worden dat hij zijn gewijzigde standpunt niet tijdig en actief heeft kenbaar gemaakt. Weliswaar blijkt uit hetgeen de belanghebbende hierover naar voren heeft gebracht dat sommige andere inspecteurs de s.k.o.-vergoeding onbelast lieten, maar nergens uit blijkt dat de tot 1 januari 2003 bevoegde inspecteur van de eenheid Ondernemingen Groningen dit standpunt huldigde.
4.3. Met betrekking tot het beroep op het gelijkheidsbeginsel overweegt het hof het volgende. Het bestaan van landelijk beleid op grond waarvan de s.k.o.-vergoeding onbelast bleef, is - indien al gesteld - niet gebleken of anderszins aannemelijk geworden. De omstandigheid dat een kennisgroep van de belastingdienst zich in 1998 over deze problematiek heeft uitgelaten en er in den lande blijkbaar niet eenduidig werd gehandeld, rechtvaardigt niet de conclusie dat er voordien sprake was van landelijk begunstigend beleid. Voor de toepassing van de meerderheidsregel dient derhalve slechts rekening te worden gehouden met vergelijkbare gevallen die destijds binnen het bevoegdheidsgebied van de betrokken inspecteur vielen, te weten de eenheid Ondernemingen Groningen. Met hetgeen de belanghebbende dienaangaande heeft aangevoerd, maakt zij echter geenszins aannemelijk dat in een meerderheid van de vergelijkbare gevallen een juiste wetstoepassing achterwege is gebleven. Voor het grootste deel zien de gevallen waarnaar de belanghebbende verwijst op corporaties die in het onderhavige tijdvak niet tot de eenheid van de destijds voor belanghebbende bevoegde inspecteur vielen. Slechts de F te L (ten aanzien waarvan over een later tijdvak is nageheven) behoorde destijds tot het bevoegdheidsgebied van de betrokken eenheid. Van een meerderheid van de vergelijkbare gevallen kan dan niet gesproken worden, terwijl het oogmerk van begunstiging, zo al gesteld, niet is gebleken of anderszins aannemelijk is geworden.
4.4. Dat de door belanghebbende genoemde corporaties evenals de belanghebbende per 1 januari 2003 allen tot de Belastingdienst/Noord behoren, kan haar evenmin baten. De inspecteur heeft dienaangaande namelijk gesteld dat in zeker 25 vergelijkbare gevallen binnen de Belastingdienst/Noord naheffingsaanslagen zijn opgelegd over het ten onrechte niet voldoen van omzetbelasting over de s.k.o.-vergoeding. Ter onderbouwing hiervan heeft hij een geanonimiseerd overzicht verstrekt van de naheffingsaanslagen. Het hof heeft geen reden te twijfelen aan deze mededeling. Omdat door de belanghebbende beduidend minder vergelijkbare gevallen zijn genoemd, wordt niet toegekomen aan toepassing van de meerderheidsregel. De omstandigheid dat niet in alle 25 gevallen over het jaar 1998 is nageheven, kan evenmin leiden tot het oordeel dat in strijd met het gelijkheidsbeginsel is nageheven. Uit het overzicht blijkt dat in 18 gevallen een (soms negatieve) correctie heeft plaatsgevonden. Gelet op de zeven door belanghebbende genoemde gevallen (die wellicht ook tot de door de inspecteur overgelegde lijst behoren) wordt ook dan nog steeds niet toegekomen aan toepassing van de meerderheidsregel. Daarbij moet bovendien bedacht worden dat niet kan worden uitgesloten dat in sommige van de door belanghebbende genoemde gevallen naheffing over 1998 achterwege is gebleven in verband met opgewekt vertrouwen. Voor de tot 1 januari 2003 onder de eenheid Ondernemingen Emmen vallende corporatie geldt dit in ieder geval.
4.5. De belanghebbende heeft de in haar pleitnota geponeerde stelling dat de Belastingdienst/Noord 75 (niet nader gespecificeerde) vergelijkbare woningcorporaties telt zodat naheffing bij slechts 25 daarvan een minderheid betreft, tegenover de gemotiveerde weerspreking door de inspecteur die 40 corporaties telt, niet waargemaakt. Voor wat betreft de vergelijkbaarheid van deze 75 corporaties merkt het hof bovendien nog op dat door de inspecteur onvoldoende weersproken is gesteld dat niet alle corporaties zonder meer vergelijkbaar zijn, bijvoorbeeld omdat zij geen s.k.o. aanbieden of omdat soms een naheffingsaanslag achterwege is gebleven vanwege efficiency. Ook op deze grond komt het hof derhalve niet toe aan toepassing van de meerderheidsregel.
4.6. Tot slot vermag het hof niet in te zien dat de naheffingsaanslag onder de gegeven omstandigheden in strijd zou zijn met het zorgvuldigheidsbeginsel. De omstandigheid dat de belanghebbende nadeel ondervindt omdat zij de nageheven omzetbelasting niet meer kan verhalen op haar huurders is daartoe onvoldoende.
4.7. Wat betreft de opgelegde vergrijpboete is het hof van oordeel dat, gelet op het feit dat door sommige inspecteurs werd goedgekeurd dat de s.k.o.-vergoeding niet in de heffing van omzetbelasting werd betrokken, belanghebbendes standpunt in ieder geval tot de publicatie van meergenoemde uitspraak van het Gerechtshof Amsterdam pleitbaar was. Nadien dient haar een termijn gegund te worden om het belang van deze uitspraak voor haar eigen onderneming te laten onderzoeken, zoals belanghebbende, gelet op het onder 2.5 vermelde, blijkbaar heeft gedaan. Onder deze omstandigheden is het hof van oordeel dat een boete over het onderhavige tijdvak achterwege dient te blijven omdat de belanghebbende geen grove schuld verweten kan worden. De omstandigheid dat de belanghebbende zich niet per omgaande tot de voor haar bevoegde inspecteur heeft gewend, rechtvaardigt geen andere conclusie.
4.8. Gelet op het vorenoverwogene treft belanghebbendes beroep tegen de enkelvoudige belasting geen doel, maar slaagt haar beroep tegen de opgelegde boete.