De rechtbank heeft het beroep van belanghebbende ongegrond verklaard, waarbij zij, voor zover hier van belang, heeft overwogen:
“4.5. Eiseres (Hof: belanghebbende) stelt zich op het standpunt dat zij juridisch eigenaar is gebleven van de onroerende zaken. Daarvan heeft zij, zo stelt zij, de economische eigendom afgesplitst en met de overname van de deelnemingen van G BV in E deels weer teruggekregen. Dat is de situatie waar artikel 9 van de Wbr in samenhang met het Besluit op ziet, aldus eiseres. Aan deze stelling ligt ten grondslag dat de economische gerechtigdheid tot dan wel de economische eigendom van het recht van erfpacht op een onroerende zaak niets anders is dan de economische eigendom van die onroerende zaak zelf.
4.6. Bij de beoordeling van de beroepsgronden stelt de rechtbank voorop dat uit de vaststaande feiten, met name de onder 2.5 aangehaalde akte van inbreng, die tevens notariële akte van vestiging van erfpacht is, volgt dat eiseres vòòr haar inbreng in E de eigendom van de onroerende zaken in de zin van artikel 2, eerste lid, Wbr had verkregen. Met de inbreng heeft D het erfpachtrecht op die zaken verworven, zijnde een recht waaraan de onroerende zaken in de zin van artikel 2, eerste lid, Wbr zijn onderworpen. Op hetzelfde moment van inbreng heeft G economische eigendom in de zin van artikel 2, tweede lid, Wbr verkregen die betrekking heeft, niet op de eigendom van de onroerende zaken, maar op het erfpachtrecht waarmee die eigendom is bezwaard in de zin van artikel 2, eerste lid, Wbr.
4.7. Het moge zo zijn dat inbreng van het recht van erfpacht op onroerende zaken (in dit geval) vanuit (bedrijfs)economisch gezichtspunt feitelijk nagenoeg op hetzelfde neerkomt als de verkrijging van de economische eigendom van die onroerende zaken, maar voor het antwoord op de vraag of artikel 9, vierde lid, Wbr van toepassing is, moet niet naar het feitelijke (bedrijfs)economische resultaat worden gekeken, maar naar de juridische vormgeving die daartoe heeft geleid. Zoals uit het arrest van de Hoge Raad van 11 december 2009, nr. 08/05312, LJN: BK1045 volgt, kan er slechts sprake zijn van economische eigendom in de zin van artikel 2, tweede lid, Wbr voor zover het samenstel van rechten en verplichtingen betrekking heeft op eigendom of een beperkt recht daarop. Daaromtrent is het volgende gebleken.
4.8. Vóór de inbreng van (rechten op) de onroerende zaken in de commanditaire vennootschap was eiseres zowel juridisch als economisch eigenaar van de onroerende zaken. Vanaf het moment van toetreding van drie commanditaire vennoten tot E heeft eiseres, ter voldoening van haar inbrengverplichting, rechten van erfpacht gevestigd op de onroerende zaken ten behoeve van D. D heeft daarmee, als erfpachter, een beperkt recht op de onroerende zaken verkregen. Eiseres heeft de (bloot) eigendom van de onroerende zaken behouden. De economische eigendom met betrekking tot de rechten van erfpacht is op hetzelfde moment gaan toebehoren aan de vennoten in E terwijl de juridische gerechtig[d]heid tot de rechten van erfpacht bij D gebleven. Eiseres had een belang van 50% in de commanditaire vennootschap, hetgeen gelijk stond aan een economische gerechtigdheid van 50% in de in de commanditaire vennootschap ingebrachte rechten van erfpacht op de onroerende zaken. Door de verkoop van 10,25% van het belang in E door de commanditaire vennoot G BV aan eiseres, is de economische eigendom met betrekking tot de rechten van erfpacht van eiseres toegenomen tot 60,25%.
4.9. Voormelde levert echter niet een situatie op waarop artikel 9, vierde lid, Wbr van toepassing is. Gelet op het onderscheid dat in artikel 2 Wbr wordt gemaakt tussen onroerende zaken en de rechten waaraan onroerende zaken zijn onderworpen, moet de tekst van artikel 9, vierde lid, Wbr aldus worden begrepen dat die bepaling ziet op verkrijging van achtereenvolgens hetzij de eigendom van een onroerende zaak gevolgd door de economische eigendom met betrekking [tot] dat eigendomsrecht (of andersom), hetzij een beperkt recht op een onroerende zaak gevolgd door de economische eigendom met betrekking tot dat beperkte recht op die onroerende zaak (of andersom). In casu heeft eiseres ooit wel de eigendom verkregen als bedoeld in artikel 2, eerste lid, van de Wbr, maar is die gevolgd door een verkrijging door een ander, D, van het recht van erfpacht en op dat laatste beperkte recht is economisch eigendom gevestigd als bedoeld in artikel 2, tweede lid, van de Wbr. Artikel 9, vierde lid, Wbr is op de verkrijging van laatstbedoelde economisch eigendom door eiseres niet van toepassing. De eerste verkrijging ziet immers op de eigendom van de onroerende zaken en de laatste verkrijging ziet op de verkrijging van (economische eigendom op) de rechten van erfpacht.
4.10. De uitbreiding die in het onder 4.3. genoemde Besluit aan het toepassingsbereik van artikel 9, vierde lid, Wbr is gegeven, kan eiseres niet baten. Die uitbreiding ziet immers op de situatie waarin sprake is van terugoverdracht van de economische eigendom aan degene die de juridische eigendom voorafgaand aan die terugverkrijging niet uit handen heeft gegeven. In dit geval heeft eiseres de beperkte rechten van erfpacht nimmer in handen gehad maar heeft zij voorafgaand aan de verkrijging van het deel van de economische eigendom met betrekking tot van de rechten van erfpacht van G erfpacht aan D overgedragen. In deze situatie heeft de staatssecretaris, gelet op het Besluit, juist de vermindering van de maatstaf van heffing naar analogie van artikel 9, vierde lid, Wbr willen uitsluiten. Hij heeft immers het voorbehoud gemaakt dat de maatstaf van de heffing niet wordt verminderd, als voorafgaand aan de (terug)verkrijging van economische eigendom de juridische eigendom aan een derde is overgedragen.
4.11. Eiseres heeft zich subsidiair op het standpunt gesteld dat artikel 9, vierde lid, Wbr van toepassing is omdat zij (een deel van) de economische gerechtigdheid tot de rechten van erfpacht van de onroerende zaken verkrijgt, waarvan zij de juridische eigendom binnen haar concern heeft ondergebracht in D. Het zou geen verschil mogen maken of de rechten van erfpacht van de onroerende zaken in handen zijn van eiseres of van een andere tot het concern behorende vennootschap, waarin eiseres alle aandelen houdt. De rechtbank kan dit standpunt niet volgen. In artikel 9, vierde lid, Wbr gaat het om opeenvolgende verkrijgingen door dezelfde (rechts)persoon. D en eiseres kunnen niet worden aangemerkt als dezelfde (rechts)persoon in de zin van voornoemd artikel, ook al behoren zij tot hetzelfde concern.
4.12. De nog meer subsidiaire beroepsgrond van eiseres kan haar evenmin baten. Nu geen sprake is geweest van een (terug)verkrijging door D van de commanditaire deelnemingen van G en daarmee de economische eigendom ter zake van de rechten van erfpacht, is er geen grond artikel 9, vierde lid, Wbr op de onderhavige verkrijging van toepassing te achten. De duidelijke wettekst laat een andere wetstoepassing, wat daar overigens ook van zij, niet toe.
4.13. Nu de rechtbank artikel 9, vierde lid, Wbr niet van toepassing acht, komt zij niet toe aan de beantwoording van de vraag of en zo ja over welk bedrag ter zake van de eerste verkrijging overdrachtsbelasting dan wel niet-aftrekbare omzetbelasting was verschuldigd en of dat bedrag voor de berekening van de verschuldigde overdrachtsbelasting in mindering moet worden gebracht op de waarde van de commanditaire deelnemingen die eiseres heeft verkregen.”