De rechtbank heeft de beroepen van belanghebbende gegrond verklaard, waarbij zij, voor zover hier van belang, heeft overwogen:
“4.1. Formele grieven betreffende de naheffingsaanslagen
(…)
4.1.3. Eiseres (Hof: belanghebbende) wil kennelijk aan de onder 2.3. genoemde brief van 13 december 2000 de betekenis toekennen dat daaruit blijkt dat verweerder (Hof: de inspecteur) de feiten op dat moment had vastgesteld, en dat er alleen een nieuwe naheffingaanslag kon worden opgelegd indien de door eiseres geschetste feiten niet juist mochten blijken te zijn. De rechtbank is van oordeel dat er geen grond is om de brief van 13 december 2000 op die wijze uit te leggen. Verweerder heeft met de brief een eenduidig voorbehoud gemaakt voor het geval enig feit als ooit geschetst (door eiseres) niet juist zou blijken te zijn. Eiseres kon hier niet het vertrouwen aan ontlenen dat verweerder op dat moment de feiten definitief en voor verweerder bindend zou hebben vastgesteld, ongeacht de nog te verwachten nieuwe informatie. Daarbij geldt dat de brief moet worden gelezen in het licht van de omstandigheid dat - als gesteld door verweerder en niet weersproken door eiseres - eiseres zelf had aangedrongen op het doen van uitspraak op bezwaar hangende het onderzoek. Eiseres heeft ook overigens geen omstandigheden naar voren gebracht die bij haar de indruk hebben kunnen wekken dat de door verweerder gevolgde handelwijze berustte op een bewuste standpuntbepaling. Noch de brief van 13 december 2000 noch een andere handeling vormt dan ook een belemmering voor het opleggen van de in geding zijnde naheffingsaanslagen.
4.2. Grieven ten aanzien van de heffing van omzetbelasting
4.2.1. Tussen partijen is kennelijk niet in geschil dat er drie soorten leveringen zijn te onderscheiden waarbij eiseres betrokken is geweest:
a. leveringen van goederen van Duitsland naar Italië,
b. leveringen van goederen van Nederland naar Italië en/of Frankrijk, en
c. leveringen van goederen van Italië naar Nederland en weer terug naar Italië.
(…)
a. Ten aanzien van de leveringen van goederen van Duitsland naar Italië
4.2.3. Met de leveringen van Duitsland naar Italië heeft eiseres geen zogeheten ABC-transacties verricht. Bij deze leveringen zijn immers niet drie partijen in drie verschillende landen betrokken. De door eiseres geschetste en door verweerder niet betwiste gang van zaken komt er op neer dat eiseres in Italië vanuit Duitsland geleverde goederen heeft verworven. Eiseres had, gezien het in 4.2.2.5. aangehaalde artikel 17b, eerste lid, van de Wet, de verwervingen in Italië dienen aan te geven als intracommunautaire verwerving. Tussen partijen is niet in geschil dat eiseres in Italië nimmer een intracommunautaire verwerving heeft aangegeven. Uit artikel 17b, tweede lid, van de Wet volgt alsdan dat eiseres de onderhavige verwervingen in Nederland had behoren aan te geven. Tussen partijen is evenmin in geschil dat eiseres deze verwervingen niet in Nederland heeft aangegeven.
4.2.4. Vervolgens is de vraag aan de orde of eiseres ter zake van de onder 4.2.3. bedoelde leveringen naar Italië recht heeft op aftrek van voorbelasting. Het Hof van Justitie van de EG heeft in zijn arrest van 6 juli 2006, in de zaken C-439/04 en C-440/04, in het kader van het recht op aftrek van voorbelasting als bedoeld in artikel 17 van de Zesde richtlijn, voor recht verklaard dat het aan de nationale rechter is om het recht op aftrek te weigeren indien aan de hand van objectieve elementen wordt vastgesteld dat de belastingplichtige wist of had moeten weten dat hij door zijn aankoop deelnam aan een transactie die onderdeel is van BTW-fraude.
4.2.5. De rechtbank is van oordeel dat de stukken van het geding het vermoeden rechtvaardigen dat in Italië niet of nauwelijks BTW werd afgedragen en dat het geheel van de feiten en omstandigheden duiden op een in Italië geëffectueerde BTW-carrouselfraude. De rechtbank kent hiervoor betekenis toe aan de door verweerder aangevoerde gegevens, tezamen en in onderling verband beschouwd, zoals daar in het bijzonder zijn:
- de verkoopprijzen die lager werden gesteld dan de inkoopprijzen,
- de omvang van de transacties,
- de aard van de goederen,
- het feit dat in Italië niet of nauwelijks BTW werd afgedragen, en/of
- dat de vennootschappen in Italië zogeheten ploffers waren.
De in Italië opgemaakte processen-verbaal zijn op dit punt voldoende consistent en niet innerlijk tegenstrijdig.
4.2.6. Tegenover verweerders uitgebreide onderbouwing heeft eiseres niet aangetoond dat de bevindingen uit het onderzoek dat er in Italië aan zogeheten ploffers werd geleverd, niet juist zouden zijn. Tevens heeft eiseres, tegenover de door verweerder aangevoerde gegevens, niet aangetoond dat zij, gezien de directe betrokkenheid van enkele van haar vennoten, daar geen wetenschap van had of had kunnen hebben.
De rechtbank is van oordeel dat eiseres derhalve op de hoogte was althans had behoren te zijn van deze BTW-fraude, en dat haar daardoor geen recht toekomt op aftrek van de BTW die verschuldigd is door de verwerving als bedoeld in 4.2.3. Hieruit volgt, dat de rechtbank oordeelt dat de naheffingsaanslag met dagtekening 15 december 2005, aanslagnummer (…) (Hof: naheffingsaanslag 2000-II), welke aanslag betrekking heeft op de hiervoor genoemde leveringen van Duitsland naar Italië, voor zover het de omzetbelasting en heffingsrente betreft, op goede gronden is opgelegd door verweerder.
b. Ten aanzien van de leveringen van goederen van Nederland naar Italië en/of Frankrijk
4.2.7. Op eiseres rust, gezien het in 4.2.2. opgenomen wettelijk kader, vervolgens de bewijslast om met betrekking tot de leveringen van goederen vanuit Nederland naar Italië en/of Frankrijk aan te tonen dat zij aanspraak kon maken op het nultarief. Naar het oordeel van de rechtbank heeft eiseres, met al hetgeen zij heeft aangevoerd, niet aangetoond dat de goederen in het kader van de levering daarvan naar Italië en/of Frankrijk zijn vervoerd. Eiseres heeft weliswaar kopieën van facturen overgelegd van diverse vervoersbedrijven, maar hieruit kan niet worden afgeleid welke goederen zijn vervoerd. Verdere gegevens over het vervoer naar deze landen ontbreken. De omstandigheden als genoemd in het onder 2.6 aangehaalde rapport (pagina’s 25, 26 en 27) duiden er immers op dat er slechts sprake is geweest van papieren transacties in het kader van een BTW-carrouselfraude waarbij er geen goederen daadwerkelijk in het kader van hun levering naar in andere lidstaten gevestigde ondernemers zijn vervoerd. Evenmin is aangetoond dat de goederen in Italië en/of Frankrijk waren onderworpen aan de heffing van belasting ter zake van de intracommunautaire verwerving van die goederen, nu niet gebleken is dat de afnemers ondernemer zijn voor de heffing van omzetbelasting. Hieruit volgt dat niet is voldaan aan de voorwaarden voor toepassing van het nultarief. In zoverre is het gelijk eveneens aan verweerder.
c. Ten aanzien van de leveringen van goederen van Italië via Nederland naar Italië
4.2.8. Partijen zijn het erover eens dat een deel van de goederenstroom, althans op papier, vanuit Italië via Nederland naar Italiaanse afnemers verliep. Verweerder heeft dienaangaande gesteld dat deze gang van zaken onlogisch is, en kennelijk uitsluitend ten dienste van de BTW-fraude is geschied. Daarnaast heeft verweerder gesteld dat in deze situatie zowel het begin als het einde van het vervoer in Italië is gelegen, zodat geen sprake kan zijn van intracommunautaire transacties waarop het nultarief van toepassing kan zijn.
4.2.9. Eiseres, op wie de bewijslast rust om intracommunautair vervoer in het kader van het door haar toegepaste nultarief aan te tonen, heeft evenmin aangetoond dat sprake is geweest van intracommunautair vervoer van Nederland naar Italië bij de desbetreffende transacties. De rechtbank is daarmee van oordeel dat deze transacties door het ontbreken van intracommunautair vervoer niet kunnen kwalificeren als intracommunautaire transacties. Dit heeft als consequentie dat evenmin sprake kan zijn van toepassing van de fictiebepaling van artikel 17b van de Wet. In zoverre is het beroep van eiseres gegrond; er is geen heffingsgrondslag voor verweerder.”