De rechtbank heeft het beroep van belanghebbende ongegrond verklaard, waarbij zij heeft overwogen:
“4.1. Ingevolge artikel 15, eerste lid, van de Wet OB is aftrekbaar de belasting die drukt op de aan de ondernemer verrichte leveringen van goederen en diensten, voor zover de goederen en diensten door de ondernemer worden gebezigd in het kader van zijn onderneming. Voor het recht op aftrek van voorbelasting moet sprake zijn van een rechtstreeks verband tussen enerzijds de uitgave waarop de voorbelasting drukt en anderzijds een activiteit in het kader van de onderneming.
Ten aanzien van het internationale samenwerkingsproject ‘G’
4.2. In het kader van het samenwerkingsproject ‘G’ heeft eiseres (Hof: belanghebbende) baten ontvangen van de Commissie van de Europese Unie ten bedrage van € 78.000. Eiseres heeft zich op het standpunt gesteld dat voornoemd bedrag in wezen de vergoeding vormt voor contractonderzoek dat wordt verricht door het desbetreffende samenwerkingsverband dat bestaat uit eiseres, Universiteit E, D NV en F SRL. De rechtbank volgt deze stelling niet. De bijdrage van de Commissie van de Europese Unie aan eiseres moet worden aangemerkt als een onbelastbare subsidie. In het arrest van 29 februari 1996, BNB 1997/32 (Jürgen Mohr) over een subsidie die door de Europese Unie was verleend voor de vermindering van de productie van melk, oordeelde het HvJ EG dat de Gemeenschap in ruil voor de subsidie geen goederen of diensten voor eigen gebruik had verkregen, maar had gehandeld in het algemeen belang en dat de subsidie derhalve geen vergoeding vormde in de zin van de omzetbelasting. De rechtbank acht aannemelijk dat de Commissie van de Europese Unie ook in dit geval heeft gehandeld in het algemeen belang, nu zulks uit de tekst van de G-overeenkomst kan worden afgeleid en eiseres niet heeft aangetoond dat dit anders is. Hetgeen eiseres ter zitting heeft gesteld over de voordelen voor twee andere deelnemers aan het project is hiervoor onvoldoende concreet.
De verplichting van eiseres om verantwoording af te leggen in de vorm van een (financieel) verslag van het project (zie artikel 4, onder 2.1, van de G-overeenkomst), maakt vorenstaande niet anders.
Ten aanzien van de van C ontvangen bijdragen
4.3. Eiseres heeft ten aanzien van de van C ontvangen bijdragen gesteld dat uit de uitspraak van Hof Arnhem van 24 januari 2005, nr. 02/0826, V-N 2005/22.19, volgt dat deze bijdragen in de heffing van omzetbelasting betrokken dienen te worden. De rechtbank kan eiseres hierin niet volgen. Hof Arnhem heeft in voornoemde uitspraak geoordeeld dat de daarin ter discussie staande bedragen een vergoeding in de zin van de Wet OB vormen voor het door C verrichte fundamenteel-strategisch onderzoek. In de zaak van Hof Arnhem gaat het echter om andere bedragen, te weten de bedragen die C heeft ontvangen van kennisinstituten als eiseres (zie artikel 3 van de samenwerkingsovereenkomst als weergegeven onder 2.7) en niet om bedragen die eiseres heeft ontvangen van C. De overeenkomst tussen partijen biedt onvoldoende grond voor de stelling van eiseres dat zij tegenover deze bijdrage een prestatie jegens C heeft verricht. In onderdeel 8 van artikel 5 van de overeenkomst is weliswaar bepaald dat partijen ten aanzien van iedere onderzoeker een afzonderlijke detacheringsovereenkomst met elkaar kunnen sluiten, maar eiseres heeft tegenover de gemotiveerde stelling van verweerder op dit punt niet aannemelijk gemaakt dat de bijdrage van € 171.907 ook in dat kader is ontvangen of dat daaraan een aparte projectovereenkomst ten grondslag ligt. Voor het overige blijkt naar het oordeel van de rechtbank uit de samenwerkingsovereenkomst onvoldoende rechtstreeks verband tussen de bijdrage van C en hetgeen eiseres hiervoor heeft gedaan.
4.4. De stelling van eiseres dat haar strategisch onderzoek dienstbaar is aan haar contractonderzoek, dat eerstgenoemd onderzoek uit dien hoofde complementair is en dat zij daarom volledig recht op aftrek van voorbelasting heeft, volgt de rechtbank niet.
In zijn arrest van 25 januari 1995, nr. 29 652, BNB 1995/26, heeft de Hoge Raad in een vergelijkbaar vraagstuk ten aanzien van een radio-omroep als volgt geoordeeld:
“(…) Het enkele uitzenden van radioprogramma's zonder dat dit geschiedt met het oog op het verkrijgen van een prijs of een tegenwaarde, leidt niet tot een ondernemerschap in de zin van de Wet. Belanghebbende neemt echter in haar radioprogramma's tevens - tegen betaling - reclameboodschappen op en verricht aldus economische activiteiten, hetgeen meebrengt dat zij ondernemer in de zin van de Wet is. Nu vaststaat dat de radioprogramma's geheel werden gefinancierd uit de opbrengsten van de reclameboodschappen (….) en het Hof kennelijk ervan is uitgegaan dat de door belanghebbende verzorgde reclameboodschappen en de programma's van elkaar afhankelijk zijn en dat de kwaliteit van de programma's mede de hoogte van de reclame-opbrengst bepaalde, moet worden geoordeeld dat het totaal van de activiteiten van belanghebbende als één geheel moet worden beschouwd en dat dan bij de heffing van omzetbelasting voor een gescheiden beoordeling van de radioprogramma's en de reclameboodschappen geen plaats is (…)”.
Nu vast staat dat het strategisch onderzoek van eiseres nagenoeg uitsluitend (voor meer dan 90%) gefinancierd wordt uit onbelastbare subsidieopbrengsten, is van wederzijdse financiële afhankelijkheid als bedoeld in voormeld arrest van de Hoge Raad geen sprake.
4.5. Ook de stelling van eiseres dat het strategisch onderzoek het rechtstreekse, duurzame en noodzakelijke verlengstuk van het contractonderzoek vormt als bedoeld in het arrest van het HvJ EG van 11 juli 1996, nr. C-306/94 (Régie dauphinoise), wordt verworpen. De rechtbank is van oordeel dat indien een dergelijke verlengstukgedachte in deze zaak al toepassing vindt, dit tot de conclusie leidt dat het contractonderzoek moet worden aangemerkt als het rechtstreekse, duurzame en noodzakelijke verlengstuk van het strategisch onderzoek en niet andersom, zoals eiseres verdedigt. Het beroep op voormeld arrest van het HvJ EG kan eiseres daarom niet baten.
4.6. De stelling van eiseres dat haar onderzoeksactiviteiten zijn gericht op relevante maatschappelijke vraagstukken, zij verwijst daarvoor naar haar doelstellingen, en derhalve op economische activiteiten in de zin van de Wet OB, volgt de rechtbank evenmin. Anders dan eiseres betoogt is het immers heel wel mogelijk dat onderzoeksactiviteiten die worden verricht met het oog op relevante maatschappelijke vraagstukken, worden verricht met het oog op het algemeen belang of om een andere reden buiten de werkingssfeer van de omzetbelasting vallen. Dat het algemeen belang ook voorop heeft gestaan bij het door eiseres verrichte strategisch onderzoek, vindt steun in het feit dat dit onderzoek nagenoeg uitsluitend is gefinancierd uit van overheidswege verstrekte subsidies. Anders dan eiseres kennelijk meent, zijn het maatschappelijke verkeer en het economische verkeer voor de heffing van omzetbelasting geen synoniemen.
4.7. Gelet op het vorenstaande is de rechtbank van oordeel dat de handelingen die eiseres heeft verricht in het kader van haar strategisch onderzoek niet kunnen worden geacht te zijn verricht in het kader van haar onderneming. Derhalve bestaat voor deze activiteiten, gelet op de tekst van artikel 15, eerste lid, van de Wet OB, geen recht op aftrek van voorbelasting. Ook het arrest van het HvJ EG van 8 februari 2007, zaak C-435/05 (Investrand BV), waarin is overwogen (punt 24) dat een belastingplichtige niettemin recht op aftrek heeft, ook al bestaat er geen rechtstreeks en onmiddellijk verband tussen een bepaalde handeling in een eerder stadium en een of meer in een later stadium verrichte handelingen waarvoor recht op aftrek bestaat, wanneer de kosten voor de betrokken diensten deel uitmaken van diens algemene kosten en als zodanig zijn opgenomen in de prijs van de door hem geleverde goederen of verrichte diensten, leidt niet tot een ander oordeel nu in het dossier geen aanwijzingen kunnen worden gevonden op grond waarvan kan worden aangenomen dat aan deze voorwaarde is voldaan. Integendeel, gelet op de wijze van financiering van de beide soorten onderzoek kan niet worden gesteld dat de kosten van het strategisch onderzoek worden bestreden uit de vergoedingen voor het contractonderzoek.
4.8. Eiseres heeft ter zitting verklaard dat indien de rechtbank van oordeel is dat zij het strategisch onderzoek niet heeft verricht in het kader van haar onderneming, zij haar beroep op het arrest van 14 juli 2005, in zaak C-434/03 (Charles/Charles-Tijmens) intrekt gezien het oordeel van het HvJ EG in het VNLTO-arrest. Deze grief behoeft daarom geen behandeling.”