Overwegingen
1. Het College zal allereerst oordelen over de toewijzing van betalingsrechten (beroep met als kenmerk 19/707), en vervolgens over de uitbetaling van die betalingsrechten voor de jaren 2018 en 2019 (beroepen met respectievelijk kenmerk 19/754 en 20/159).
2. Appellante heeft verzocht om toewijzing van betalingsrechten voor de percelen 142, 143, 145, 245, 247, 248, 265, 268 en 270 tot en met 279.
3. Het verzoek om toewijzing van betalingsrechten voor de percelen 142 en 143 is gebaseerd op artikel 2.9, tweede lid, onder d, van de Uitvoeringsregeling. Ingevolge deze bepaling wijst de minister, onverminderd artikel 30, zesde en negende lid, van Verordening 1307/2013, op aanvraag tevens betalingsrechten toe uit de nationale reserve aan de landbouwer ten aanzien van aanvragen gedaan in 2018 voor wat betreft areaal waarvoor in 2015, 2016 of 2017 geen betalingsrechten zijn toegekend omdat het areaal was uitgesloten op grond van artikel 2.10, tweede lid, onderdeel a, zoals dat artikel luidde tot 1 januari 2018, en dat alsnog als subsidiabele hectare, bedoeld in artikel 32, tweede lid, onderdeel a, van Verordening 1307/2013, kan worden aangemerkt, mits de landbouwer aantoont dat deze arealen in werkelijkheid als landbouwgrond worden gebruikt.
4. Verweerder heeft geweigerd betalingsrechten toe te wijzen voor deze percelen, omdat deze percelen niet als subsidiabele hectare kunnen worden aangemerkt. Appellante betwist dat.
5. Onder 'subsidiabele hectare' wordt verstaan ieder landbouwareaal van het bedrijf dat wordt gebruikt voor een landbouwactiviteit of dat, indien het areaal ook voor niet‑landbouwactiviteiten wordt gebruikt, overwegend voor landbouwactiviteiten wordt gebruikt (artikel 32, tweede lid, aanhef en onder a, van Verordening (EU) nr. 1307/2013 van het Europees Parlement en de Raad van 17 december 2013 tot vaststelling van voorschriften voor rechtstreekse betalingen aan landbouwers in het kader van de steunregelingen van het gemeenschappelijk landbouwbeleid (Verordening 1307/2013). Onder 'landbouwareaal' wordt – voor zover hier van belang – verstaan om het even welke grond die wordt gebruikt als blijvend grasland (artikel 4, eerste lid, onder e, van Verordening 1307/2013). Onder 'blijvend grasland' wordt – voor zover hier van belang – verstaan grond met een natuurlijke of ingezaaide vegetatie van grassen of andere kruidachtige voedergewassen die ten minste vijf jaar niet in de vruchtwisseling van het bedrijf is opgenomen; andere begraasbare soorten, zoals struiken en/of bomen, kunnen er deel van uitmaken, mits de grassen en andere kruidachtige voedergewassen overheersen (artikel 4, eerste lid, onder h, van Verordening 1307/2013). Voor de toepassing van artikel 4, eerste lid, aanhef en onder h, van Verordening 1307/2013 worden grassen en andere kruidachtige voedergewassen als overheersend beschouwd als zij meer dan 50% van het subsidiabele areaal innemen op het niveau van het landbouwperceel (artikel 6 van Gedelegeerde Verordening (EU) nr. 639/2014 van de Commissie van 11 maart 2014 tot aanvulling van Verordening (EU) nr. 1307/2013).
6. Uit het voorgaande volgt dat de oppervlakte, om subsidiabel te zijn, landbouwareaal moet zijn, deel moet uitmaken van het bedrijf van de landbouwer en moet worden gebruikt voor landbouwdoeleinden of bij gelijktijdig ander gebruik overwegend worden gebruikt voor dergelijke doeleinden (vergelijk het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Unie, Demmer, C-684/13, ECLI:EU:C:2015:439, p. 54).
7. Over perceel 142 overweegt het College het volgende. Appellante heeft dit perceel in de Gecombineerde opgave opgegeven met een oppervlakte van 35,17 hectare (ha). Daarvan heeft verweerder bij het bestreden besluit 1 een oppervlakte van 13,13 ha als subsidiabel aangemerkt, en overeenkomstig 13,13 betalingsrechten aan appellante toegewezen. De gedeeltelijke afwijzing van het perceel heeft verweerder gebaseerd op de aanwezigheid van pitrus op het zuidelijke gedeelte van het perceel. Het College is van oordeel dat, gelet op de ter zitting getoonde foto's, waarop een onderscheid is te zien tussen het donkere, zuidelijke deel van het perceel en het lichtere, noordelijke deel waarvoor verweerder wel betalingsrechten heeft toegewezen, voldoende aannemelijk is dat grassen en andere kruidachtige voedergewassen op het zuidelijke deel niet overheersen. Appellante heeft hier onvoldoende tegenover gesteld. Dat de percelen qua structuur en kleur zouden overeenkomen met de percelen 144 en 146 die verweerder wel als subsidiabel heeft aangemerkt, zoals appellante heeft betoogd, roept wellicht twijfel op over de juistheid van de toewijzing voor die percelen – die in beroep niet aan de orde is – maar maakt de weigering voor het zuidelijke deel van perceel 142 nog niet onjuist. Verweerder heeft dus terecht niet meer betalingsrechten voor perceel 142 toegewezen.
8. Over perceel 143 overweegt het College het volgende. Appellante heeft dit perceel in de Gecombineerde opgave opgegeven met een oppervlakte van 1,30 ha. Verweerder heeft voor dit perceel in het bestreden besluit 1 geen betalingsrechten aan appellante toegewezen, omdat volgens verweerder appellante het perceel in de jaren 2015, 2016 of 2017 niet in gebruik heeft gehad. Appellante heeft dat in beroep betwist: het perceel valt volgens haar binnen het westelijke gedeelte van de vlakken die in het pachtcontract als verpacht zijn aangeduid. In het verweerschrift is verweerder teruggekomen van zijn standpunt in het bestreden besluit 1 en heeft erkend dat een groot deel van perceel 143 inderdaad onder het pachtcontract valt. Niettemin heeft verweerder vastgehouden aan de weigering om voor dit deel van perceel 143 betalingsrechten toe te wijzen, omdat het perceel dusdanig verruigd is dat het geen landbouwareaal is.
9. Het College stelt vast dat tussen partijen niet meer in geschil is of perceel 143 door appellante is gepacht: volgens de gedetailleerde luchtfoto met daarop aangegeven de kadastrale grenzen die verweerder bij het verweerschrift heeft overgelegd, valt het grootste deel van perceel 143 onder de reikwijdte van het pachtcontract van appellante en een klein deel niet. Voor dat laatste deel heeft verweerder terecht geweigerd betalingsrechten toe te wijzen omdat de gronden geen deel uitmaakten van het bedrijf van appellante. Voor het overige is het College met verweerder van oordeel dat, gelet op de ter zitting getoonde foto's en de daarop zichtbare structuur en kleur, het perceel dusdanig verruigd is dat het niet als landbouwareaal kan worden aangemerkt. Verweerder heeft dus terecht geen betalingsrechten voor perceel 143 toegewezen.
10. Het verzoek om toewijzing van betalingsrechten voor de percelen 145, 245, 247, 248, 265, 268 en 270 tot en met 279 heeft appellante gebaseerd op artikel 2.9, tweede lid, onder a, van de Uitvoeringsregeling. Deze bepaling luidt als volgt:
"Onverminderd artikel 30, zesde en negende lid, van Verordening (EU) nr. 1307/2013 wijst de minister op aanvraag tevens betalingsrechten toe uit de nationale reserve aan de landbouwer ten aanzien van aanvragen gedaan vanaf 2016, voor wat betreft het areaal dat in 2015 in verband met openbare werken of de aanleg van nutsvoorzieningen niet als subsidiabele hectare als bedoeld in artikel 32, tweede lid, van Verordening (EU) nr. 1307/2013 kan worden aangemerkt".
11. Appellante heeft betoogd dat betalingsrechten moeten worden toegewezen omdat deze percelen in het jaar 2015 niet werden verpacht vanwege herinrichting voor natuurontwikkeling. Het College stelt vast dat blijkens een mailbericht van 4 april 2019 van Staatsbosbeheer – die eigenaar en verpachter is van de percelen – slechts op een deel van de door appellante genoemde percelen een natuurontwikkelingsproject is uitgevoerd. Het gaat om de percelen die in de Gecombineerde opgave zijn aangeduid als percelen 265, 268, 271 en 272, dan wel gedeelten daarvan. De overige percelen zijn – als onderdeel van het pakket dat Staatsbosbeheer aan appellante verpachtte – in die periode eveneens uit de pacht genomen. Dat deze laatste percelen niet werden verpacht, maakt ze echter nog niet tot areaal dat in 2015 niet als subsidiabele hectare kan worden aangemerkt, wat het criterium is voor toewijzing op grond van artikel 2.9, tweede lid, aanhef en onder a, van de Uitvoeringsregeling. Deze bepaling biedt dus in zoverre geen grondslag voor toewijzing van betalingsrechten uit de nationale reserve, en verweerder heeft het verzoek in zoverre terecht afgewezen.
12. Voor de percelen 265, 268, 271 en 272, dan wel gedeelten ervan, die wel tot het project behoorden, spitst het geschil zich toe op de vraag of de werkzaamheden in het jaar 2015 waarop appellante zich beroept, openbare werken zijn in de zin van artikel 2.9, tweede lid, onder a, van de Uitvoeringsregeling. Tussen partijen is niet in geschil dat ten behoeve van natuurontwikkeling van de perceelsgedeelten een laag van ongeveer 30 cm van voedselrijke grond is verwijderd. Verweerder heeft zich op het standpunt gesteld dat dit geen openbaar werk is, omdat er geen (bouw)werkzaamheden zijn verricht en er niets tastbaars is gebouwd. Het College stelt daartegenover vast dat er wel degelijk werkzaamheden zijn verricht met een tastbaar effect, namelijk de verwijdering van de voedselrijke toplaag op de perceelsgedeelten. Volgens verweerder kan echter alleen sprake zijn van een openbaar werk als een extra element wordt toegevoegd, niet als een element wordt verwijderd. Waarop verweerder deze uitleg van het begrip openbaar werk baseert, en welke eigenschappen en criteria van werkzaamheden voor verweerder relevant zijn bij de beoordeling of sprake is van een openbaar werk in de zin van genoemde bepaling, heeft hij ook ter zitting niet duidelijk kunnen maken. Voor zover verweerder heeft willen betogen dat bij natuurontwikkeling per definitie geen sprake is van openbaar werk, ook niet als daartoe bijvoorbeeld bouwwerken worden verwijderd of geplaatst, ziet het College daarvoor geen aanknopingspunt in genoemde artikellid en de toelichting daarbij. Het College is van oordeel dat verweerder hiermee geen deugdelijke motivering heeft gegeven, hetgeen in strijd is met artikel 7:12, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb).
13. Nu het besluit over de toewijzing van betalingsrechten uit de nationale reserve niet in stand kan blijven, dienen de besluiten over de uitbetaling van die betalingsrechten voor de jaren 2018 en 2019 – bestreden besluit 2 en bestreden besluit 3 – eveneens te worden vernietigd wegens strijd met artikel 7:12 van de Awb.
14. Appellante is het niet eens met de proceskostenvergoeding die verweerder haar bij het bestreden besluit 2 heeft toegekend. Verweerder is bij de berekening van de proceskostenvergoeding uitgegaan van een wegingsfactor van 0,5, omdat geen sprake was van een juridisch inhoudelijk geschil. Het College is van oordeel dat de vraag of een geschil juridisch inhoudelijk is, op zichzelf geen argument is om een lagere wegingsfactor van 0,5 aan te nemen. Ook in zoverre is het bestreden besluit 2 in strijd met artikel 7:12 van de Awb. Verweerder zal bij het opnieuw beslissen op het bezwaarschrift tegen het primaire besluit 2 opnieuw op het verzoek om proceskostenvergoeding voor de bezwaarfase moeten beslissen.
15. De beroepen zijn gegrond en het College vernietigt de bestreden besluiten. Verweerder zal nieuwe besluiten moeten nemen met inachtneming van deze uitspraak. Het College stelt hiervoor een termijn van acht weken.
16. Het College veroordeelt verweerder in de door appellante gemaakte proceskosten in de beroepsprocedure. Deze kosten stelt het College op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 1.050,- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting met een waarde per punt van € 525,- en een wegingsfactor 1). Het College merkt de drie beroepen aan als samenhangende zaken.