5. De beoordeling van het geschil
5.1 Ten aanzien van het beroep tegen bestreden besluit I, overweegt het College dat appellante de stelling van verweerder dat de big met slachtnummer 812468 op 8 maart 2010 niet in staat was te worden vervoerd van het bedrijf van appellante naar het slachthuis onvoldoende onderbouwd heeft weersproken. Dat appellante niet zou zijn geïnformeerd over de bevindingen van de dierenarts, acht het College niet aannemelijk nu in de Diergeneeskundige Verklaring is opgenomen dat zowel het slachthuis als de heer A. Wassenberg, directeur van appellante, van de overtreding op de hoogte zijn gesteld. Derhalve is komen vast te staan dat appellante op 8 maart 2010 een overtreding heeft begaan van artikel 9, lid 1, in samenhang met Bijlage I, hoofdstuk 1, punten 1 en 2, aanhef en onder a, van de Verordening. Verweerder was derhalve bevoegd met toepassing van artikel 106 van de Gezondheids- en welzijnswet voor dieren aan appellante een last onder dwangsom op te leggen.
Naar het oordeel van het College heeft verweerder in redelijkheid gebruik kunnen maken van zijn bevoegdheid om een last onder dwangsom op te leggen. Appellante heeft geen omstandigheden aangedragen op grond waarvan het College tot een ander oordeel komt.
De stelling van appellante dat sprake zou zijn van dubbele bestraffing, omdat een aantal voorvallen ook ten grondslag is gelegd aan een last onder dwangsom van 5 januari 2011, treft evenmin doel, aangezien bedoelde - latere - last onder dwangsom geen voorwerp is van deze procedure.
Hieruit volgt dat het beroep tegen bestreden besluit I ongegrond is en verweerder terecht het besluit tot oplegging van een last onder dwangsom (onder aanpassing van de last) heeft gehandhaafd.
5.2 Het College overweegt voorts dat uit artikel 5:39, eerste lid, van de Awb volgt dat verweerder bij bestreden besluit I tevens had moeten beslissen op het door appellante tegen de invorderingsbeschikking van 25 oktober 2010 gemaakte bezwaar. Uit haar bezwaarschrift van 4 november 2010 was immers duidelijk dat appellante de invorderingsbeschikking betwistte. Nu verweerder bij bestreden besluit II alsnog heeft beslist op het bezwaar van appellante tegen de invorderingsbeschikking en daarmee het aan bestreden besluit I klevende gebrek in wezen heeft hersteld, ziet het College geen aanleiding hieraan consequenties te verbinden. Daarbij is in aanmerking genomen dat het beroep van appellante niet is gericht tegen besluit I voor zover daarbij is nagelaten te beslissen op het bezwaar tegen de invorderingsbeschikking, en bovendien niet valt in te zien welk belang appellante daarbij - na het nemen van besluit II - nog zou hebben. Eén en ander laat onverlet dat in deze uitspraak tevens zal moeten worden beslist op het beroep van appellante tegen besluit II, waarbij het College overweegt dat het beroep tegen bestreden besluit I reeds wordt geacht mede te zijn gericht tegen bestreden besluit II, zodat het instellen van afzonderlijk beroep tegen dit laatste besluit niet nodig was. Om deze reden is geen griffierecht geheven voor het beroep tegen bestreden besluit II.
5.3 Ten aanzien van het beroep tegen bestreden besluit II, overweegt het College dat de stelling van appellante dat zij geen weet had van het vervoer van de verzamelplaats naar het slachthuis, haar niet kan baten. Op appellante rust immers de plicht tot naleving van de voorschriften in verband met het transport van varkens vanaf haar bedrijf naar het slachthuis, zo volgt uit artikel 9, lid 1 en lid 2, onder d, in samenhang met Bijlage I, hoofdstuk I, punten 1 en 2, aanhef en onder a, van de Verordening. In verband met deze plicht dient appellante wel tijdig op de hoogte te worden gesteld van de bevindingen van de dierenarts en de nVWA-controleur, zodat het toetsen van die bevindingen, bijvoorbeeld door het laten verrichten van een contra-expertise, nog mogelijk is. Het College stelt vast dat de stelling van verweerder dat appellante in kennis is gesteld van de bevindingen van de dierenarts en de nVWA-controleur op 17 augustus 2010, niet wordt ondersteund door de Diergeneeskundige Verklaring van die datum. Daarin is opgenomen dat het slachthuis is geïnformeerd en dat verzocht is om, onder meer, appellante te informeren. Het College overweegt dat in beginsel op verweerder, in zijn hoedanigheid van toezichthouder, de verplichting rust om degene die gehouden is tot naleving van de transportvoorschriften, in dit geval appellante, op de hoogte te stellen van de controle-bevindingen. Dat verweerder zulks aan het slachthuis heeft overgelaten en het slachthuis vervolgens appellante niet tijdig heeft geïnformeerd, komt voor rekening en risico van verweerder. Naar het oordeel van het College treft daarom verweerder het verwijt dat hij in strijd met artikel 3:2 Awb, met name het zorgvuldigheidsbeginsel, appellante niet tijdig op de hoogte heeft gebracht van de bevindingen van de dierenarts en de nVWA-controleur, en appellante daarmee heeft beperkt in de mogelijkheden om haar verdediging te voeren. Het beroep van appellante slaagt in zoverre. Aldus kleeft een zorgvuldigheidsgebrek aan het primaire besluit, welk gebrek met het bestreden besluit II niet is hersteld. Het bestreden besluit II dient te worden vernietigd.
5.4 Het College ziet evenwel aanleiding om de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit in stand te laten en overweegt daartoe als volgt.
Appellante heeft gesteld dat de betreffende zes biggen als onderdeel van een groep van 27 biggen niet zijn afgekeurd en geëuthanaseerd, maar zijn geslacht en dat daaruit volgt dat van overtreding van artikel 9 van de Verordening geen sprake kan zijn. Wat er ook zij van de stelling van appellante dat voor de biggen is betaald als waren zij geslacht – een onderbouwing van die stelling ontbreekt – uit de omstandigheid dat de biggen zouden zijn geslacht volgt niet dat zij niet in strijd met artikel 9 van de Verordening naar het slachthuis zijn vervoerd. Voor zover appellante met het overgelegde overzicht van het slachthuis heeft willen betogen dat van vervoer in strijd met artikel 9 van de Verordening geen sprake was, wijst het College erop dat het overzicht geen betrekking heeft op het resultaat van een keuring door de toezichthouder en dat daaraan derhalve niet de betekenis toekomt die appellante daaraan gehecht wenst te zien.
Hetgeen appellante heeft aangevoerd, kan niet leiden tot het oordeel dat de Diergeneeskundige Verklaring een onjuist of onvolledig beeld geeft van de fysieke toestand van de dieren. Verweerder heeft dan ook terecht geoordeeld dat appellante op 17 augustus 2010 artikel 9, lid 1, van de Verordening heeft overtreden.
De stelling van appellante dat verweerder de invorderingsbeschikking had moeten doen voorafgaan door een vooraankondiging, slaagt evenmin. Voor zover gelet op het bepaalde in artikel 4:12 Awb (zie de uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State van 3 oktober 2012, LJN: BX8985) al zou moeten worden aangenomen dat verweerder is gehouden tot toepassing van artikel 4:8 Awb bij het nemen van een invorderingsbeschikking, is dit verzuim immers in bezwaar hersteld.
5.5 Het vorenstaande leidt tot de volgende slotsom. Het beroep tegen bestreden besluit I is ongegrond. Het beroep tegen bestreden besluit II is gegrond. Dit besluit dient te worden vernietigd doch het College zal de rechtsgevolgen ervan in stand laten.
5.6 Het College ziet aanleiding om verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de door appellante in verband met de behandeling van het beroep gemaakte proceskosten. Deze kosten, bestaande uit de kosten van de door de gemachtigde van appellante verleende rechtsbijstand, worden op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 944,- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting van het College, met wegingsfactor 1 en € 472,- per punt).
5.7 Het College zal tot slot verweerder opdragen het door appellante betaalde griffierecht aan haar te vergoeden.