Overwegingen
1. Op grond van de artikelen 6:18 en 6:19 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) is het beroep mede gericht tegen het besluit van 21 september 2012. Nu het besluit van 24 april 2012 daarmee is vervangen en niet is gebleken dat appellante nog enig belang heeft bij de beoordeling van dat besluit, zal haar beroep voor zover gericht tegen dat besluit niet-ontvankelijk worden verklaard.
2. Het bestreden besluit heeft betrekking op een randvoorwaardenkorting van 3% die appellante bij het primaire besluit is opgelegd wegens niet-naleving van een tweetal randvoorwaarden, te weten de verplichting om bepaalde gegevens (tijdig) te melden aan het I&R-systeem en de verplichting om runderen binnen een bepaalde termijn te voorzien van toegelaten identificatiemiddelen (oormerken). Verweerder heeft het bezwaar wat betreft de niet-naleving van de eerste randvoorwaarde gegrond verklaard maar de korting van 3% wegens niet-naleving van de tweede randvoorwaarde gehandhaafd. Hij heeft daartoe overwogen dat tijdens een controle op 14 juni 2011 is geconstateerd dat er zes runderen op appellantes bedrijf aanwezig waren met één oormerk, in plaats van twee (één in elk oor). Ingevolge artikel 16 van de Regeling identificatie en registratie van dieren (Regeling I&R) moet de houder binnen drie werkdagen na verlies van een merk - indien een rund één oormerk heeft verloren - een vervangend merk bestellen en hermerkt hij het rund binnen tien werkdagen na dat verlies. Appellante heeft niet binnen drie dagen een vervangend merk besteld: voor drie van de zes runderen heeft zij dit op 4 januari 2012 gedaan en voor de overige drie heeft zij geen merken bijbesteld. Gelet hierop dient een korting van 3% te worden opgelegd, aldus verweerder.
3.1 Appellante is van mening dat haar ten onrechte een korting is opgelegd. Omdat eventuele onregelmatigheden in dit geval aan het licht zijn gekomen tijdens een controle naar aanleiding van appellantes eigen melding dat zij de I&R-registratie niet voor elkaar kreeg, mocht voor deze onregelmatigheden geen korting worden opgelegd. Dit leidt appellante af uit rechtsoverweging 5.6 van de uitspraak van het College van 16 mei 2012 (AWB 11/995; www.rechtspraak.nl, LJN: BW1735). Dit is ook logisch. Het zou in de praktijk anders onmogelijk worden verweerder of de NVWA voor hulp in te schakelen uit angst voor boetes en kortingen, aldus appellante.
3.2 Het College verwerpt dit betoog. In de uitspraak van het College van 16 mei 2012 was aan de orde een geval waarin de landbouwer had nagelaten tijdig melding te doen van mutaties aan het gecomputeriseerde gegevensbestand van verweerder (het I&R-systeem rund als bedoeld in artikel 14, aanhef en onder a, van de Regeling I&R) maar verweerder er wel uit eigen beweging van op de hoogte had gesteld dat verzuimd was om tijdig melding te maken van de geboorte van een rund. Het betrof derhalve een niet-naleving die verband hield met fouten en omissies in de in het gecomputeriseerde gegevensbestand opgenomen gegevens. Voor dergelijke niet-nalevingen biedt artikel 74, tweede alinea, in samenhang met artikel 73 van Verordening (EG) nr. 1122/2009 de mogelijkheid om de landbouwer onder bepaalde omstandigheden van verlagingen en uitsluitingen als bedoeld in hoofdstuk III van die verordening (de randvoorwaardenkortingen) te vrijwaren. De niet-naleving die appellante echter wordt verweten, bestaat erin dat zij een zestal runderen die een oormerk hadden verloren, niet tijdig heeft hergemerkt. Uit de genoemde uitspraak noch uit genoemd artikel 74 valt af te leiden dat ook voor dit type niet-nalevingen de mogelijkheid bestaat geen korting op te leggen, indien de landbouwer uit eigen beweging melding heeft gemaakt van de niet-naleving. Dat dit het landbouwers in de visie van appellante onmogelijk maakt om verweerder of de NVWA voor hulp in te schakelen, kan daaraan niet afdoen.
4.1 Appellante heeft voorts betoogd dat merkverlies tot 15% van het totaal aantal dieren dat gehouden wordt, wordt aangemerkt als een niet-naleving van gering belang, waarvoor geen korting mag worden opgelegd. Ten tijde van de constatering hield appellante 221 runderen, terwijl bij slechts zes runderen - dus bij 2,7% van haar dieren - een oormerk ontbrak. Verweerder heeft appellante - in strijd met artikel 3 van de Beleidsregels Regeling GLB-inkomenssteun 2006 (hierna: de Beleidsregels) - geen hersteltermijn geboden. Dan past het niet om appellante achteraf te verwijten dat zij de koeien misschien wel niet snel genoeg van een vervangend oormerk zou hebben voorzien. Daarbij sluit appellante niet uit dat zij de koeien wel degelijk daags na de controle heeft hergemerkt. Misschien had appellante nog wel enige oormerken op voorraad en hoefde zij daarom geen vervangende merken te bestellen.
4.2 Dit betoog kan niet worden gevolgd. Artikel 3, tweede lid, aanhef en onder f, van de Beleidsregels voorziet erin dat "in het geval van oormerkverlies dat maximaal 5 runderen of 15 procent van de runderen betreft" de niet-naleving van gering belang als bedoeld in artikel 24, tweede lid, van Verordening (EG) nr. 73/2009 wordt beschouwd. Verweerder past deze regel - zo blijkt uit de door hem in geding gebrachte uitspraak van de rechtbank Leeuwarden van 22 november 2012 - aldus toe dat de 15%-norm alleen bij zeer kleinschalige veehouderijen wordt gehanteerd; bij grote veehouderijen zoals de onderhavige past hij de absolute bovengrens van 5 runderen toe. Het College acht deze praktijk van verweerder, gelet op de bedoeling van artikel 3 van de Beleidsregels om invulling te geven aan het begrip "niet-naleving van gering belang", verenigbaar met een redelijke uitleg van dit artikel; het ligt immers niet voor de hand dat verweerder met de Beleidsregels heeft beoogd ook niet-nalevingen die betrekking hebben op enkele tientallen runderen als van gering belang aan te merken. Dat zou bij toepassing van de 15%-norm op grotere veestapels zoals die van appellante dan echter wel tot de mogelijkheden behoren.
Voor het College staat vast dat appellante zes runderen niet tijdig heeft hergemerkt. Appellantes suggestie dat zij misschien nog wel enige oormerken op voorraad had en daarom geen vervangende oormerken zou hebben hoeven bestellen, doet daar niet aan af.
Nu dus vaststaat dat appellante zes runderen niet tijdig heeft hergemerkt, kan niet worden gesproken van een niet-naleving van gering belang en diende verweerder in beginsel een korting op te leggen. Gelet hierop bestond er voor verweerder ook geen aanleiding appellante een hersteltermijn op de voet van artikel 71, derde lid, van Verordening (EG) nr. 1122/2009 te bieden.
5.1 Appellante heeft zich voorts op het standpunt gesteld dat in ieder geval geen korting van meer dan 1% kon worden opgelegd. Het oormerkverlies betrof immers slechts 2,7% van appellantes koeien. De koeien konden verder ondanks het ontbreken van een oormerk geïdentificeerd worden. Bovendien dragen appellantes koeien ook nog een halsband, aan de hand waarvan zij geïdentificeerd kunnen worden.
5.2 Het College overweegt dat ingevolge artikel 71, eerste lid, van Verordening (EG) nr. 1122/2009, in geval van een nalatige niet-naleving in de regel een korting van 3% moet worden opgelegd; op basis van het evaluatiegedeelte van het controlerapport kan evenwel tot een lagere of hogere korting worden besloten. In dit geval is van een evaluatiegedeelte niet gebleken, maar in zijn uitspraak van 27 september 2012 (AWB 10/200; www.rechtspraak.nl, LJN: BX9752) heeft het College reeds geoordeeld dat het ontbreken van het evaluatiegedeelte de landbouwer niet belet om zich te beroepen op verlichtende factoren; het betaalorgaan is ook gehouden met dergelijke factoren rekening te houden. Daartoe zal de landbouwer wel het nodige dienen te stellen en aannemelijk te maken.
In hetgeen appellante in dit verband heeft aangevoerd ziet het College geen grond voor het oordeel dat van het reguliere kortingspercentage moet worden afgeweken. Het aantal runderen waarvoor appellante de hermerkverplichting niet is nagekomen - te weten zes - acht het College niet zodanig klein dat reeds daarom van een geringe ernst of omvang van de niet-naleving kan worden gesproken. Dat dit aantal runderen slechts 2,7% van alle runderen van appellante uitmaakt, kan evenmin tot die conclusie leiden. Het feit dat appellante over een vrij omvangrijke veestapel beschikt, verandert immers op zichzelf niets aan de ernst van de niet-naleving. Wel is voorstelbaar dat dit gegeven de verwijtbaarheid van de niet-naleving vermindert, maar naar het oordeel van het College niet in zodanige mate dat appellante geen nalatigheid meer kan worden verweten. De omstandigheid dat de koeien - al dan niet mede dankzij hun halsband - nog wel identificeerbaar waren is eigen aan de onderhavige niet-naleving - waarbij immers één van de twee oormerken nog wel bevestigd is - en derhalve geen omstandigheid die afdoet aan de ernst ervan.
6. Aan appellantes stelling dat rigide toepassing van de regelgeving omtrent oormerken niet is te combineren met een normale bedrijfsvoering, kan niet het door haar gewenste gevolg worden verbonden, reeds nu zij deze stelling niet heeft onderbouwd.
7.1 Volgens appellante volgt uit het primaire besluit niet, althans onvoldoende, dat de korting mede gebaseerd is op de constatering van het niet tijdig hermerken. Appellante vindt dus dat zij onvoldoende gelegenheid heeft gehad om zich in de bezwaarprocedure te verweren.
7.2 Het College stelt vast dat het primaire besluit onder "Welke randvoorwaarde(n) niet nageleefd?" twee randvoorwaarden vermeldt, waaronder "De verplichting alleen toegelaten identificatiemiddelen te gebruiken, deze te verkrijgen zoals toegestaan en runderen binnen een bepaalde termijn te voorzien van identificatiemiddelen". Het betreft hier weliswaar een algemene omschrijving die niet is toegesneden op het specifieke geval van appellante, maar naar het oordeel van het College had zij hier niettemin uit kunnen begrijpen dat de korting niet enkel was gebaseerd op het niet tijdig melden van mutaties aan het I&R-systeem, maar ook op het niet juist aanbrengen van oormerken. In geval van twijfel had het op appellantes weg gelegen zich hierover bij verweerder duidelijkheid te verschaffen. Dat appellante dit niet heeft gedaan, moet voor haar rekening blijven.
8.1 Appellante heeft ten slotte aangevoerd dat de controleur die haar bedrijf heeft bezocht, haar heeft meegedeeld dat het allemaal wel zou meevallen wat betreft een subsidiekorting. In strijd met deze mededeling is toch een korting opgelegd. Appellante wijst op de uitspraak van het College van 22 december 2011 (AWB 10/950; www.rechtspraak.nl, LJN: BV1053). De controleur heeft appellante niet of onvoldoende in kennis gesteld dat zij gekort zou kunnen worden. Onder die omstandigheden ontbreekt naar de mening van appellante de grondslag om een korting op te leggen.
8.2 Dit betoog faalt. Het College acht niet aannemelijk dat de betrokken controleur enige mededeling heeft gedaan met de strekking dat geen korting - of een lagere korting dan 3% - zou worden opgelegd. Tegenover de e-mail van de betrokken controleur aan verweerder van
14 september 2012 waarin deze controleur de desbetreffende stellingen van appellante uitdrukkelijk heeft weersproken, staat dat appellante die stellingen niet met bewijs heeft onderbouwd. Of de controleur de mogelijkheid dat een korting zou worden opgelegd in het bijzonder bij appellante onder de aandacht heeft gebracht, doet niet ter zake. Immers, artikel 54, tweede lid, van Verordening (EG) nr. 1122/2009 eist weliswaar dat de landbouwer binnen drie maanden in kennis wordt gesteld van elke geconstateerde niet-naleving, maar niet dat daarbij een eventuele korting wordt aangekondigd. In de genoemde e-mail heeft de controleur verklaard dat de rapportage van de controle aan appellante is toegezonden en met haar is besproken, hetgeen appellante niet heeft betwist.
9. Het beroep tegen het besluit van 24 april 2012 is niet-ontvankelijk en het beroep tegen het bestreden besluit is ongegrond.
10. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.