5. De beoordeling van het geschil
5.1 Ter beoordeling staat of verweerder bij het bestreden besluit de aan appellante opgelegde last onder dwangsom terecht heeft gehandhaafd. Het College beantwoordt deze vraag bevestigend en overweegt daartoe als volgt.
5.2 Naar aanleiding van de beroepsgrond inzake het dictum van het bestreden besluit stelt het College vast dat uit dit besluit blijkt dat verweerder naar aanleiding van voornoemde uitspraak van 30 september 2010 het primaire besluit van 7 mei 2009 heeft heroverwogen en aangepast. Verweerder was daarbij niet gehouden te vermelden dat de bezwaren van appellant gedeeltelijk gegrond zijn verklaard, nu artikel 7:11 Awb dat niet voorschrijft.
5.3 Het betoog van appellante dat voorafgaand aan het opleggen van de last onder dwangsom niet twee waarschuwingen door verweerder zijn gegeven die zien op het vervoeren van dieren, verweerder zich dus niet aan zijn beleidsregels heeft gehouden en derhalve niet bevoegd was de last onder dwangsom op te leggen, kan niet slagen.
In § 5.10 van genoemde uitspraak is immers overwogen dat het College "gelet op het voorgaande – waarin reeds is bezien of het opleggen van een last onder dwangsom past in het door verweerder gevoerde beleid -" zich thans voor de vraag ziet gesteld of verweerder na het geven van twee schriftelijke waarschuwingen van 16 april 2007 en 30 augustus 2007 en de constatering van een overtreding op 23 maart 2009 bevoegd was om een last onder dwangsom op te leggen. Uit § 5.11 van genoemde uitspraak blijkt vervolgens dat het College het beroep gegrond heeft verklaard omdat de last onder dwangsom te onbepaald was, hetgeen in strijd is met de rechtszekerheid. Wanneer het College van oordeel zou zijn dat de overtreding die aan een uiteindelijke last onder dwangsom ten grondslag wordt gelegd gelijk zou moeten zijn aan de overtredingen die aan waarschuwingen ten grondslagen liggen, had het College reeds om die reden het beroep gegrond verklaard.
5.4 Het betoog van appellante dat geen sprake is van continuïteit, zodat verweerder niet meer de bevoegdheid toekomt om de last onder dwangsom op te leggen, slaagt evenmin. Appellant heeft hiertoe gewezen op het tijdsverloop tussen de op 23 maart 2009 geconstateerde overtreding en de (nieuwe) beslissing op bezwaar van 27 maart 2011. Dit betoog ziet er aan voorbij dat, zoals in § 5.10 van voornoemde uitspraak is overwogen, de mate van continuïteit in de aan de orde zijnde overtredingen van belang is om te beoordelen of een last strekt tot voorkoming van herhaling van een eerdere overtreding, waarbij onder meer het tijdsverloop tussen de laatst geconstateerde overtreding, waarbij onder meer het tijdsverloop tussen de laatst geconstateerde overtreding en het opleggen van een last een rol speelt. Het tijdsverloop tussen het besluit tot oplegging van een last en een beslissing op het bezwaar tegen dat besluit is daarbij niet van belang. Naar het oordeel van het College is noch het tijdsverloop tussen de overtreding 23 maart 2009 tot een de last van 7 mei 2009 noch het tijdsverloop tussen de overtredingen van 28 juli 2008, 25 augustus 2008 en 8 september 2008 tot aan deze last dermate groot dat niet meer gesproken kan worden van een last die strekt tot voorkoming van herhaling van eerder begane overtredingen van bijlage I, hoofdstuk I, van de Verordening. Verweerder was derhalve op basis van de constatering van deze overtredingen bevoegd de last op te leggen.
5.5 Appellante heeft voorts betoogd dat, indien en voorzover de chauffeurs van appellante zich niet aan de hun bekend gemaakte regelgeving betreffende het vervoer van dieren houden, dit niet aan appellante is toe te rekenen omdat zij alles heeft gedaan wat redelijkerwijs binnen haar vermogen ligt om overtredingen te voorkomen, zodat deze gedragingen van de chauffeurs niet binnen de sfeer van de rechtspersoon hebben plaatsgevonden. Dit betoog slaagt evenmin.
Immers, blijkens artikel 2, aanhef en onder x, van de Verordening is een vervoerder een natuurlijke persoon of rechtspersoon die voor eigen rekening of voor rekening van een derde dieren vervoert en ingevolge artikel 6, derde lid, van de Verordening dient de vervoerderde dieren te vervoeren in overeenstemming met de technische voorschriften in bijlage I. De terzake geldende regelgeving richt zich derhalve - onder meer - tot de vervoerder, in dit geval appellante. Aan de hand van de technische voorschriften blijkend uit de bijlage bij de Verordening dient de vervoerder te bepalen of een dier geschikt is voor vervoer. Wanneer appellante gebruik maakt van werknemers die de feitelijke beslissing nemen om een dier te vervoeren, ligt het op de weg van appellante om haar werkproces zodanig in te richten dat de werknemer de juiste keuze maakt betreffende het vervoer van het dier.
Het College overweegt voorts dat de onderhavige last onder dwangsom is opgelegd wegens het vervoeren van varkens die ziek of gewond waren. Vast staat dat de normale bedrijfsvoering van appellante bestaat uit het vervoeren van varkens. Derhalve valt niet in te zien dat de overtredingen om de door haar genoemde reden niet toegerekend zou kunnen worden.
5.6 Wat betreft de hoogte van de opgelegde dwangsom overweegt het College dat hierover reeds bij genoemde uitspraak van 30 september 2010 (§ 5.14) is geoordeeld dat deze in redelijke verhouding staat tot de zwaarte van het geschonden belang en de beoogde werking van de dwangsomoplegging.
5.7 Naar aanleiding van de stelling van appellante dat niet duidelijk is wanneer de termijn van drie jaar, gedurende welke termijn de opgelegde last onder dwangsom van toepassing is, is ingegaan, heeft verweerder in het verweerschrift opgemerkt dat de termijn is ingegaan op 7 mei 2009. Het College ziet in hetgeen appellante heeft aangevoerd geen aanknopingspunten om daarover anders te oordelen.
5.8 Tot slot kan de stelling van appellante dat mogelijk sprake is van een dubbele bestraffing omdat verweerder volgens appellante ook over gaat tot het opleggen van een bestuurlijke boete, niet slagen. Uit het bestreden besluit blijkt immers dat een last onder dwangsom wordt opgelegd en geen bestuurlijke boete.
5.9 Gelet op het voorgaande dient het beroep ongegrond te worden verklaard. Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling.