5. De beoordeling van het geschil
5.1 Aan de orde is de vraag of verweerder terecht heeft geoordeeld dat bij de werkzaamheden in het kader van het project "Verbetering produktiekenmerken en exterieur Holstein-Frisian" geen sprake is van speur- en ontwikkelingswerk in de zin van de Wva. Het College overweegt hieromtrent het volgende.
5.2 Het College stelt voorop dat met ingang van 2004 werkzaamheden met betrekking tot klassieke veredeling opnieuw onder de Wva kunnen vallen, mits de werkzaamheden voldoen aan de bij en krachtens de Wva gegeven definitie van speur- en ontwikkelingswerk. Dit laat onverlet dat klassieke veredeling die niet aan de bij of krachtens de Wva gestelde voorwaarden voldoet, niet als speur- en ontwikkelingswerk kan worden aangemerkt. Verweerder heeft betrokkenen schriftelijk op de hoogte gesteld van de wijzigingen in de Afbakeningsregeling met ingang van 2004, waarbij hij heeft aangegeven welke werkzaamheden hij niet langer als speur- en ontwikkelingswerk aanmerkt. Of in een aanvraag met betrekking tot klassieke veredeling sprake is van speur- en ontwikkelingswerk zal per geval moeten worden beoordeeld.
Om te kunnen beoordelen of de werkzaamheden waarvoor een verklaring wordt aangevraagd onder de werkingssfeer van de Wva vallen, is het voor verweerder noodzakelijk om van de aanvrager voldoende gegevens te verkrijgen met betrekking tot deze werkzaamheden. Zoals het College al eerder heeft overwogen (zie bijvoorbeeld de uitspraak van het College van 21 december 2004, AWB 03/1197, LJN AS2016) is bij de beoordeling van een aanvraag allereerst van belang of uit hetgeen in de aanvraag is beschreven, kan worden afgeleid welke speur- en ontwikkelingswerkzaamheden de aanvrager voornemens is te gaan verrichten. Daarnaast kan in voorkomende gevallen acht worden geslagen op informatie die in de beoordelingsfase door verweerder bij appellante is verkregen.
Verweerder heeft geconcludeerd dat de projectomschrijving en de schriftelijke en mondelinge toelichting daarop zodanig summier en algemeen van aard zijn dat niet aannemelijk is geworden dat de aangevraagde werkzaamheden S&O zijn. Verweerder heeft onder meer op 23 maart 2010 aanvullende informatie ingewonnen over de aard van de werkzaamheden van appellante. Daarnaast heeft appellante in de bezwaarfase nadere gegevens over haar aanvraag kunnen verstrekken. Het College is van oordeel dat appellante door verweerder voldoende in de gelegenheid is gesteld om aan te tonen dat in het project "Verbetering produktiekenmerken en exterieur Holstein-Frisian" speur- en ontwikkelingswerk wordt verricht.
Op grond van de zich in het dossier bevindende gegevens die appellante in het kader van onderhavige aanvraag heeft verstrekt en het verhandelde ter zitting, is het College van oordeel dat de aspecten van het project die appellante beschouwt als de technische knelpunten die met behulp van S&O overwonnen dienen te worden teneinde te komen tot een koe met bepaalde exterieurkenmerken, door verweerder terecht zijn opgevat als functionele eisen van de te ontwikkelen koe, die niet per definitie – althans niet zonder nadere toelichting, die appellante onvoldoende heeft verstrekt – technisch problematisch zijn. Dat er onzekerheid bestaat over het kunnen realiseren van de fokdoelstelling maakt dit niet anders. Van daadwerkelijke technische knelpunten dan wel technische risico’s is niet gebleken, zodat het College tot de slotsom komt dat verweerder terecht heeft geconcludeerd dat bij de werkzaamheden in het kader van het project "Verbetering produktiekenmerken en exterieur Holstein-Frisian" geen sprake is van speur- en ontwikkelingswerk in de zin van de Wva.
5.3 Ten aanzien van het beroep van appellante op het vertrouwensbeginsel overweegt het College als volgt. Appellante meent dat zij – op basis van de twee S&O-verklaringen die voor het jaar 2009 aan een aan appellante verwant bedrijf zijn toegekend – erop heeft mogen vertrouwen dat haar aanvraag voor 2010 weer gehonoreerd zou worden. Het College stelt vast dat verweerder in de beslissingen waarbij deze twee S&O-verklaringen aan appellante zijn verstrekt, heeft opgemerkt dat de werkzaamheden – het gereedmaken van de dieren voor embryotransplantatie, het selecteren van ontvangstdieren en het uitvoeren van spoelwerkzaamheden – door hem niet worden aangemerkt als speur- en ontwikkelingswerk. Ter zitting heeft verweerder opgemerkt dat hij met de toekenning van de S&O-verklaringen over 2009 een fout gemaakt heeft en dat hij niet gehouden is om een gemaakte fout te herhalen. Het College overweegt dat appellante aan de hiervoor aangehaalde twee S&O-verklaringen over 2009, gezien de duidelijke bewoordingen van de beslissingen waarbij die verklaringen zijn verstrekt, niet het gerechtvaardigd vertrouwen heeft kunnen ontlenen dat haar aanvraag over 2010 gehonoreerd zou worden. Ook voor het overige heeft verweerder geen uitlating gedaan waaraan appellante het gerechtvaardigd vertrouwen heeft kunnen ontlenen dat haar aanvraag gehonoreerd zou worden. Het beroep op het vertrouwensbeginsel slaagt niet.
5.4 Ten aanzien van het beroep van appellante op het gelijkheidsbeginsel overweegt het College als volgt. Verweerder heeft de S&O-verklaring voor het project van appellante niet geweigerd omdat klassieke veredeling als zodanig niet voor een S&O-verklaring in aanmerking zou kunnen komen, maar omdat appellante niet heeft aangetoond dat haar werkzaamheden als S&O zijn aan te merken. Verweerder heeft onbetwist aangevoerd dat de door appellante aangehaalde goedgekeurde aanvragen voor het project "Aardappelkweekwerk" zien op plantenveredeling en niet op dierveredeling, en dat de werkzaamheden derhalve een geheel andere project betreffen. Appellante heeft niet aannemelijk gemaakt dat de feiten en omstandigheden in de door haar genoemde andere gevallen met die van haar op één lijn te stellen zijn. Dat had wel van appellante mogen worden verwacht, nu verweerder gemotiveerd heeft betwist dat sprake is van gelijke gevallen. Van een ongelijke behandeling van gelijke gevallen is derhalve geen sprake. Het beroep van appellante op het gelijkheidsbeginsel slaagt evenmin.
5.5 Gelet op het vorenstaande dient het beroep ongegrond te worden verklaard. Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling.