5. De beoordeling van het geschil
5.1 Aan de orde is de vraag of verweerder terecht heeft geoordeeld dat bij de werkzaamheden in het kader van het project "Hoogproductieve duurzame koeien geschikt voor A.M.S." geen sprake is van speur- en ontwikkelingswerk in de zin van de Wva. Het College overweegt hieromtrent het volgende.
5.2 Het College stelt voorop dat met ingang van 2004 werkzaamheden met betrekking tot klassieke veredeling opnieuw onder de Wva kunnen vallen, mits de werkzaamheden voldoen aan de bij en krachtens de Wva gegeven definitie van speur- en ontwikkelingswerk. Dit laat onverlet dat klassieke veredeling die niet aan de bij of krachtens de Wva gestelde voorwaarden voldoet, niet als speur- en ontwikkelingswerk kan worden aangemerkt. Verweerder heeft betrokkenen schriftelijk op de hoogte gesteld van de wijzigingen in de Afbakeningsregeling met ingang van 2004, waarbij hij heeft aangegeven welke werkzaamheden hij niet langer als speur- en ontwikkelingswerk aanmerkt. Of in een aanvraag met betrekking tot klassieke veredeling sprake is van speur- en ontwikkelingswerk zal per geval moeten worden beoordeeld.
Om te kunnen beoordelen of de werkzaamheden waarvoor een verklaring wordt aangevraagd onder de werkingssfeer van de Wva vallen, is het voor verweerder noodzakelijk om van de aanvrager voldoende gegevens te verkrijgen met betrekking tot deze werkzaamheden. Zoals het College al eerder heeft overwogen (zie bijvoorbeeld de uitspraak van het College van 21 december 2004, AWB 03/1197, LJN AS2016) is bij de beoordeling van een aanvraag allereerst van belang of uit hetgeen in de aanvraag is beschreven, kan worden afgeleid welke speur- en ontwikkelingswerkzaamheden de aanvrager voornemens is te gaan verrichten. Daarnaast kan in voorkomende gevallen acht worden geslagen op informatie die in de beoordelingsfase door verweerder bij appellante is verkregen.
Verweerder heeft geconcludeerd dat de projectomschrijving en de schriftelijke en mondelinge toelichting daarop zodanig summier en algemeen van aard zijn dat niet aannemelijk is geworden dat de aangevraagde werkzaamheden S&O zijn. Verweerder heeft onder meer op 16 februari 2010 aanvullende informatie ingewonnen over de aard van de werkzaamheden van appellante. Daarnaast heeft appellante in de bezwaarfase nadere gegevens over haar aanvraag kunnen verstrekken. Het College is van oordeel dat appellante door verweerder voldoende in de gelegenheid is gesteld om aan te tonen dat in het project "Hoogproductieve duurzame koeien geschikt voor A.M.S." speur- en ontwikkelingswerk wordt verricht.
Op grond van de zich in het dossier bevindende gegevens die appellante in het kader van onderhavige aanvraag heeft verstrekt en het verhandelde ter zitting, is het College van oordeel dat de door appellante omschreven werkzaamheden door verweerder terecht niet zijn aangemerkt als speur- en ontwikkelingswerk, nu door appellante niet is aangetoond dat in het kader van het project "Hoogproductieve duurzame koeien geschikt voor A.M.S." sprake is van technische knelpunten en/of technische risico's. Dat onzekerheden bestaan omtrent het behalen van de fokdoelstelling in het kader van dit project maakt dat – zoals verweerder in het bestreden besluit uitgebreid heeft gemotiveerd – niet anders.
Het College komt dan ook tot de slotsom dat verweerder terecht heeft geconcludeerd dat bij de voorgenomen werkzaamheden in het kader van het project "Hoogproductieve duurzame koeien geschikt voor A.M.S." geen sprake is van speur- en ontwikkelingswerk is in de zin van de Wva.
5.3 Ten aanzien van het beroep van appellante op het vertrouwensbeginsel overweegt het College als volgt. Het College stelt vast dat verweerder geen uitlating heeft gedaan waaraan appellante het gerechtvaardigd vertrouwen heeft kunnen ontlenen dat haar aanvraag gehonoreerd zou worden. Het beroep op het vertrouwensbeginsel slaagt niet.
5.4 Ten aanzien van het beroep van appellante op het gelijkheidsbeginsel overweegt het College als volgt. Verweerder heeft de S&O-verklaring voor het project van appellante niet geweigerd omdat klassieke veredeling als zodanig niet voor een S&O-verklaring in aanmerking zou kunnen komen, maar omdat appellante niet heeft aangetoond dat haar werkzaamheden als S&O zijn aan te merken. Verweerder heeft onbetwist aangevoerd dat de door appellante aangehaalde goedgekeurde aanvragen voor het project "Aardappelkweekwerk" zien op plantenveredeling en niet op dierveredeling, en dat de werkzaamheden derhalve een geheel andere project betreffen. Appellante heeft niet aannemelijk gemaakt dat de feiten en omstandigheden in de door haar genoemde andere gevallen met die van haar op één lijn te stellen zijn. Dat had wel van appellante mogen worden verwacht, nu verweerder gemotiveerd heeft betwist dat sprake is van gelijke gevallen. Van een ongelijke behandeling van gelijke gevallen is derhalve geen sprake. Het beroep van appellante op het gelijkheidsbeginsel slaagt evenmin.
5.5 Gelet op het vorenstaande dient het beroep ongegrond te worden verklaard. Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling.