7. De beoordeling van het hoger beroep
7.1 Bij het door de rechtbank vernietigde besluit is ProRail een boete van € 776.000,-- opgelegd op de grond dat zij artikel 27, eerste lid, en artikel 17, eerste lid, aanhef en onder d, Sw - in samenhang met artikel 14, eerste lid en artikel 20, eerste lid, van Richtlijn 2001/14/EG - heeft overtreden door de aanvraag van Connexxion niet gelijk te behandelen als die van NSR zonder dat daarvoor een objectieve rechtvaardigingsgrond bestaat. Het geschil in hoger beroep spitst zich toe op de vraag of de rechtbank terecht en op goede gronden heeft geoordeeld dat deze overtreding niet is komen vast te staan.
7.2 Het College stelt voorop dat de betrokken BUP-aanvraag van Connexxion geen capaciteitsaanvraag in strikte zin is; deze is eerst later als onderdeel van een door NSR ingediende gezamenlijke capaciteitsaanvraag gedaan. Partijen zijn het er evenwel over eens en ook het College is van oordeel dat - in overeenstemming met het in rubriek 2 weergegeven citaat uit de Nota van Toelichting bij het Besluit - de BUP-fase aan de eisen die uit Richtlijn 2001/14/EG voortvloeien dient te voldoen, nu de uitkomst van deze fase - de BUP-verdeling - in belangrijke, zo niet beslissende, mate doorwerkt in de uiteindelijke toewijzing van infrastructuurcapaciteit, en de BUP-fase in zoverre dus deel uitmaakt van de capaciteitsverdelingsprocedure.
7.3 Appellant heeft zijn constatering van de overtreding gebaseerd op een viertal gedragingen van ProRail, waaronder de gedraging dat ProRail enkel aan Connexxion en niet tevens aan NSR heeft gevraagd om met een oplossingsvariant te komen. De rechtbank heeft geoordeeld dat deze laatste gedraging niet kan worden vastgesteld. Dit oordeel heeft de rechtbank geënt op de aanname dat bij het overleg van 26 april 2006 ook een medewerker van NSR aanwezig was en dat het deze medewerker was die daar heeft opgemerkt dat hij de problematiek nogmaals heeft bekeken maar geen mogelijkheden zag tot patroonmatige verbeteringen voor Connexxion. Appellant heeft deze voorstelling van zaken gemotiveerd bestreden en ook ProRail heeft aangegeven dat de aanname van de rechtbank op een misverstand berust. Het College gaat er, gelet hierop, van uit dat bij dat overleg geen medewerker van NSR aanwezig was. Het College komt niettemin tot de conclusie dat het oordeel van de rechtbank dat ook aan NSR is gevraagd een oplossingsvariant aan te dragen, juist is. Doorslaggevende betekenis kent het College daarbij toe aan de uit de notulen van het coördinatieoverleg van 17 mei 2006 blijkende opmerking van een medewerker van NSR dat "NSR geen oplossingsvariant hoeft in te dienen aangezien deze gelijk is aan de huidige status van de BUP 2007". Dat - zoals appellant aanvoert - uit die notulen niet van een expliciet verzoek aan NSR blijkt en ProRail de opmerking van NSR ook niet tegenspreekt, laat onverlet dat niet goed voorstelbaar is dat NSR een dergelijke opmerking zou maken als zij in de veronderstelling zou verkeren dat van haar in het geheel geen oplossingsvariant werd verwacht. Het College leidt hieruit af dat NSR in een eerder stadium ten minste is duidelijk gemaakt dat ook zij diende na te gaan in hoeverre binnen de door haar - mede namens een aantal andere spoorwegondernemingen - ingediende BUP-aanvraag (het Ontwerp 2007) ruimte voor aanpassingen was.
Dat de aanvraag van Connexxion op dit punt anders is behandeld dan de door NSR c.s. ingediende aanvraag valt dus niet in te zien.
7.4 Appellants stelling dat de rechtbank heeft miskend dat ook de overige drie aan het vernietigde besluit ten grondslag gelegde gedragingen van ProRail - kort gezegd: de opmerking van ProRail dat het streven is om zo min mogelijk aan het Ontwerp 2007 aan te passen, de opmerking dat principiële keuzes al zijn gemaakt in het Ontwerp 2007 en de opmerking dat er voor Connexxion meer mogelijk was geweest als zij haar aanvraag eerder had ingediend - een overtreding inhouden, onderschrijft het College niet. Het College overweegt als volgt.
7.4.1 Tussen partijen is niet in geschil dat appellant de bedoelde gedragingen als zodanig terecht heeft vastgesteld. Dat betekent dat vaststaat dat ProRail de aanvraag van Connexxion niet gelijk heeft behandeld als de aanvraag van NSR c.s. (het Ontwerp 2007), nu op basis van deze gedragingen de conclusie getrokken moet worden dat voor ProRail zonder meer het uitgangspunt was dat de aanvraag van Connexxion zich in hoofdzaak moest plooien naar de door NSR c.s. ingediende aanvraag. Dat is echter op zichzelf onvoldoende voor het aannemen van een overtreding van het op grond van artikel 27, eerste lid, Sw - gelezen in het licht van artikel 14, eerste lid, van Richtlijn 2001/14/EG - geldende gebod dat infrastructuurcapaciteit op een niet-discriminerende wijze wordt toegewezen. Daarvoor moet immers ook worden vastgesteld dat voor dit verschil in behandeling geen objectieve rechtvaardigingsgrond bestaat.
7.4.2 In algemene zin zal niet licht mogen worden aangenomen dat een dergelijke rechtvaardigingsgrond voorhanden is, nu de Richtlijn regels stelt voor de verdeling van capaciteit aan (hoofdzakelijk) spoorwegondernemingen en binnen deze categorie geen nadere differentiatie aanbrengt. Evenwel bevat de Richtlijn in overweging 11 van de considerans, het eerste lid van artikel 20 en het vierde lid van artikel 22 aanknopingspunten voor de opvatting dat een verschillende behandeling van aanvragen gerechtvaardigd kan zijn in de mate waarin met die aanvragen (in omvang) verschillende economische en maatschappelijke belangen gemoeid zijn. In ieder geval kan uit de Richtlijn naar het oordeel van het College niet worden afgeleid dat de opvatting - waar appellant naar lijkt te neigen - juist is dat alle aanvragen onder alle omstandigheden gelijk behandeld moeten worden.
7.4.3 De uitspraak van de rechtbank dient zo begrepen te worden dat de rechtbank heeft geoordeeld dat appellant er niet in is geslaagd zijn opvatting voldoende te onderbouwen dat een objectieve rechtvaardigingsgrond voor het verschil in behandeling van de aanvraag van Connexxion enerzijds en de aanvraag van NSR c.s. anderzijds ontbreekt. Dit oordeel houdt stand.
Onderkend moet worden dat - waar appellant spreekt van de aanvraag van NSR zonder meer - het hier gaat om een gecombineerde aanvraag van NSR en verschillende andere (goederen)vervoerders, bij betrokkenen bekend onder de naam 'Ontwerp 2007'. Dit Ontwerp 2007 was de neerslag van een - naar de rechtbank heeft vastgesteld - langdurige en complexe procedure, waarin de BUP's van de betrokken spoorwegondernemingen over het gehele spoorwegennet zodanig nauw op elkaar waren afgestemd, dat elke wijziging gemakkelijk tot verschillende vervolgwijzigingen zou kunnen leiden en daarmee het gehele Ontwerp 2007 op losse schroeven zou stellen. In het concrete geval van de BUP-aanvraag van Connexxion zou ongewijzigde inwilliging van die aanvraag - zo leidt het College uit de e-mail van 3 mei 2006 van ProRail aan betrokkenen af - hebben genoodzaakt tot wijzigingen in de tijdligging van zowel een goederentrein- als een passagierstreinpad in Amersfoort. Het ligt voor de hand dat deze gewijzigde treinpaden op hun beurt andere wijzigingen teweeg hadden gebracht, en zo verder. In ieder geval stelt het College vast dat appellant de aannemelijkheid van het optreden van dit soort complicaties op geen enkele manier heeft bestreden.
In het licht hiervan en gelet op het langdurige totstandkomingsproces van het Ontwerp 2007 is het naar het oordeel van het College zeer onwaarschijnlijk dat het - binnen het tijdsbestek waarbinnen de jaardienstregeling 2007 vastgesteld moest worden - mogelijk was geweest de vanuit het perspectief van Connexxion gewenste wijzigingen in de BUP-aanvraag van NSR c.s. door te voeren en tegelijkertijd een aanvraag over te houden die recht zou doen aan de belangen van de overige spoorwegondernemingen en de door hen bediende klanten. In ieder geval geldt ook hier dat appellant gesteld noch aannemelijk heeft gemaakt dat dit een reële optie was. Daarbij verdient opmerking dat ook Connexxion er belang bij heeft dat de overige spoorwegondernemingen - en met name NSR - een op de behoefte van hun reizigers afgestemde, rationele dienstregeling kunnen rijden, nu een deel van de klanten van Connexxion voor hun reis mede van deze spoorwegondernemingen afhankelijk is, hetgeen ook precies de oorzaak van het conflict tussen de aanvraag van Connexxion en die van NSR c.s. is. Bedacht dient te worden dat de door Connexxion gewenste aansluiting van haar Valleilijn op bepaalde treinen van NSR mogelijk elders in het Ontwerp 2007 aanwezige, voor haar reizigers wenselijke aansluitingsmogelijkheden teniet had gedaan of verslechterd.
7.4.4 ProRail heeft onder deze omstandigheden de aanvraag van Connexxion niet op discriminerende wijze behandeld door tot uitgangspunt te nemen dat deze aanvraag zoveel mogelijk aangepast diende te worden aan de aanvraag van NSR en de overige betrokken spoorwegondernemingen. Met de aanvraag van NSR c.s. waren grotere belangen - zowel van de spoorwegondernemingen zelf als van de van hen afhankelijke reizigers - gemoeid dan met die van Connexxion, die betrekking had op een - verhoudingsgewijs - klein traject. Het College is niet gebleken dat ProRail binnen deze beperkingen onvoldoende heeft ondernomen om Connexxion van dienst te zijn dan wel NSR c.s. onvoldoende heeft aangespoord na te gaan of bepaalde kleine wijzigingen niet toch mogelijk zouden zijn. Wat dat laatste betreft valt te wijzen op een e-mail van 11 mei 2006 van een medewerker van ProRail aan (onder meer) NSR, waarin deze de opvatting van NSR weerspreekt dat een bepaalde variant niet aan de planningsnormen voldoet (bedoelde variant is vervolgens echter ook door Connexxion afgewezen).
7.4.5 Met betrekking tot de stelling van appellant dat ProRail, door Connexxion een niet tijdige indiening van haar aanvraag te verwijten, haar ten opzichte van NSR ongelijk heeft behandeld, overweegt het College dat bij de jaardienstregeling 2007 - naar tussen partijen niet in geschil is - bijzondere omstandigheden aan de orde waren in die zin dat de bestaande spoorwegondernemingen - NSR voorop - in 2004 gezamenlijk zijn gestart met het ontwerpen van een grondig herziene, geïntensiveerde dienstregeling. Dit is een proces van lange adem geweest dat niet binnen de termijnen van de reguliere jaardienstregelingsprocedure voltooid had kunnen worden. Connexxion heeft aan dit proces niet deel kunnen nemen doordat pas in een betrekkelijk laat stadium duidelijk werd dat en op welke wijze zij in 2007 de Valleilijn zou gaan exploiteren; Connexxion is dus niet (bewust) buitengesloten. Er waren dan ook geen aanwijzingen op grond waarvan ProRail had moeten begrijpen of vermoeden dat het proces dat tot het Ontwerp 2007 had geleid, discriminatoir was verlopen. Het College ziet de opmerking van de zijde van ProRail dat voor Connexxion meer mogelijk was geweest als zij haar aanvraag eerder had ingediend niet als een discriminerende gedraging jegens Connexxion, maar veeleer als de feitelijke constatering dat aan de wensen van Connexxion, indien zij vanaf het begin aan bedoeld proces had kunnen deelnemen, gemakkelijker tegemoet gekomen had kunnen worden.
7.5 Gelet op het voorgaande is het hoger beroep ongegrond. De aangevallen uitspraak dient te worden bevestigd, zij het met verbetering van de gronden waarop deze berust. Er bestaat voorts aanleiding appellant te veroordelen in de door ProRail in verband met dit hoger beroep gemaakte proceskosten. Op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht stelt het College deze kosten vast op € 1311,-- op basis van 2 punten tegen een waarde van € 437,-- per punt en met een wegingsfactor van 1,5 (zwaar).