5. De beoordeling van het geschil
5.1 Allereerst dient te worden beoordeeld of appellante tijdig, althans verschoonbaar te laat, bezwaar heeft gemaakt tegen de door verweerders op 16 en 17 september 2009 genomen besluiten. Zodanige besluiten dienen op grond van artikel 3:41 van de Awb te worden bekendgemaakt door toezending of uitreiking aan de aanvrager. Deze toezending of uitreiking aan de aanvrager vormt dan de bekendmaking die ingevolge artikel 6:8, eerste lid, van de Awb bepalend is voor de aanvang van de bezwaartermijn, en niet de eventuele publicatie van de ontheffingen op de gemeentelijke nieuwspagina.
5.2 Vast staat dat de besluiten waarbij aan negen supermarkten ontheffingen zijn verleend op de voorgeschreven wijze zijn bekendgemaakt door toezending aan de aanvragers op respectievelijk 16 en 17 september 2009. Dit betekent dat de termijn voor het maken van bezwaar aanving op 17, respectievelijk 18 september 2009 en eindigde op 29, respectievelijk 30 oktober 2009. Appellante heeft pas bij brief van 6 november 2009 een bezwaarschrift ingediend. Vast staat derhalve dat het bezwaarschrift van appellante niet binnen de daarvoor in artikel 6:7 van de Awb vastgestelde termijn is ingediend.
5.3 Bij brief van 25 september 2009 is aan appellante meegedeeld dat zij niet is ingeloot voor één van de beschikbare ontheffingen. In haar brief van 6 november 2009 heeft appellante niet alleen hiertegen bezwaar gemaakt, maar ook tegen de ontheffingen die eventueel reeds waren verleend aan andere supermarkten. Naar het oordeel van het College heeft appellante zodoende zo spoedig mogelijk als redelijkerwijs van haar kon worden verwacht bezwaar gemaakt tegen de besluiten van 16 en 17 september 2009. Appellante heeft immers uit de brief van 25 september 2009 de logische conclusie getrokken dat andere gegadigden waren ingeloot en dat derhalve aan hen reeds ontheffingen zouden kunnen zijn verleend. Gelet op die brief kon van appellante niet in redelijkheid worden verwacht dat zij er rekening mee moest houden dat de ontheffingen ten tijde van het maken van bezwaar tegen de uitloting en de daarin besloten liggende afwijzing van haar aanvraag om een ontheffing, zoveel eerder waren verleend dat zij door het tijdig indienen van het bezwaarschrift tegen deze afwijzing niet ook tijdig bezwaar zou maken tegen die ontheffingen. De conclusie is derhalve dat sprake is van een verschoonbare termijnoverschrijding als bedoeld in artikel 6:11 Awb.
5.4 Het voorgaande leidt het College tot slotsom dat verweerders het bezwaar van appellante tegen de besluiten van 16 en 17 september 2009 ten onrechte niet-ontvankelijk hebben verklaard. Het beroep tegen dit onderdeel van het bestreden besluit is derhalve gegrond en het bestreden besluit komt in zo verre in aanmerking voor vernietiging.
5.5 Voor zover het beroep betrekking heeft op de weigering aan appellante een ontheffing te verlenen, overweegt het College als volgt.
Het College volgt appellante niet in haar betoog dat de Wet en de Verordening strijdig zijn met de vrijheid van vestiging zoals neergelegd in artikel 49 van het Verdrag betreffende de Werking van de Europese Unie (hierna: VWEU). De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State heeft in haar uitspraak van 2 maart 2011 (www.rechtspraak.nl, LJN: BP6327) overwogen dat, voor zover de in artikel 2 en 3 van de Wet opgenomen regeling voor winkelopeningstijden al een belemmering vormt voor de vrijheid van vestiging, deze niet in strijd is met artikel 49 VWEU. Dit oordeel is gebaseerd op de overweging dat de wettelijke regeling van winkelopeningstijden gerechtvaardigd wordt door een dwingende reden van algemeen belang en dat niet gebleken is dat de regeling niet geschikt is om verwezenlijking van het doel te waarborgen en verder gaat dan nodig is om het beoogde doel te bereiken. Hoewel in de desbetreffende zaak de zogenoemde toerismebepaling van artikel 3, derde lid, aanhef en onder a, van de Wet ter discussie stond, en in het onderhavige geschil artikel 3, vierde lid, van de Wet, is het College van oordeel dat ook in dit geval, op grond van dezelfde overwegingen als in genoemde uitspraak en onder verwijzing naar zijn uitspraak van 7 juli 2011, www.rechtspraak.nl, LJN: BR5448, geen sprake is van strijd met artikel 49 VWEU.
5.6 Op grond van artikel 4:84 Awb handelt een bestuursorgaan overeenkomstig vastgestelde beleidsregels, tenzij dat voor een of meer belanghebbenden gevolgen zou hebben die wegens bijzondere omstandigheden onevenredig zijn in verhouding tot de met de beleidsregel te dienen doelen.
Vast staat dat verweerders van de Beleidsregels zijn afgeweken door de loting niet in het openbaar op het stadhuis te (laten) verrichten. Ter zitting hebben verweerders verklaard dat geen openbare loting op het stadhuis heeft plaatsgevonden om organisatorische redenen, in verband met de volle agenda’s van de betrokken wethouders. Verweerders achten het niet bezwaarlijk dat geen openbare loting op het stadhuis is verricht, omdat niet behoeft te worden getwijfeld aan het resultaat van de loting die door de notaris op zijn kantoor is verricht.
Bij de vaststelling van de procedure voor de verdeling van de beschikbare ontheffingen hebben verweerders, naar moet worden aangenomen, uit een oogpunt van zorgvuldigheid en transparantie bewust gekozen voor een loting in het openbaar op het stadhuis waarbij alle belanghebbenden aanwezig kunnen zijn. Verweerders zijn er bij de totstandkoming van de beleidsregel die daarin voorziet, derhalve van uitgegaan dat het openbare karakter van de loting een zelfstandige betekenis heeft en het belang dient van onder meer de deelnemers aan de loting, die zijn gebaat bij een zorgvuldige en transparante verdeling van de beschikbare ontheffingen volgens die methode. Naar het oordeel van het College hebben verweerders dit belang in feite illusoir gemaakt doordat zij hebben afgezien van het houden van een openbare loting om een praktische reden die op zich zelf niet als bijzonder kan worden aangemerkt en zonder dat zij zich daarbij van dat belang rekenschap hebben gegeven. Van een situatie waarin met toepassing van artikel 4:84 Awb binnen de daarin aan het bestuursorgaan gegeven ruimte mag worden afgeweken van een beleidsregel kan derhalve niet worden gesproken.
5.7 Hetgeen hiervoor in 5.6 is overwogen leidt tot de conclusie dat het beroep, voor zover dit betrekking heeft op het onderdeel van het bestreden besluit dat strekt tot handhaving van de afwijzing van de aanvraag van appellante om een ontheffing, eveneens gegrond is en dat het bestreden besluit ook in zoverre voor vernietiging in aanmerking komt.
5.8 Hoewel geen reden bestaat voor twijfel aan de integriteit van de notaris die de loting heeft verricht, zoals ook door appellante ter zitting is aangegeven, ziet het College daarin onvoldoende aanleiding om zelf in de zaak te voorzien of de rechtsgevolgen van het bestreden besluit geheel of gedeeltelijk in stand te laten, daargelaten de vraag of daaraan niet reeds in de weg staat dat verweerders het bezwaar van appellante tegen de afwijzing van haar aanvraag om een ontheffing ten onrechte niet-ontvankelijk hebben verklaard en verweerders derhalve niet inhoudelijk op dat bezwaar hebben beslist. Gelet op de zelfstandige betekenis die verweerders, zoals hiervoor is overwogen, hebben gehecht aan het openbare karakter van de loting met het oog op het belang van een zorgvuldige en transparante verdeling van de beschikbare ontheffingen, dwingt het feit dat de integriteit van de notaris niet ter discussie is gesteld, niet zonder meer tot de conclusie dat verweerders de beschikbare ontheffingen, ondanks het hiervoor geconstateerde procedurele gebrek met betrekking tot de loting, niettemin terecht hebben gebaseerd op de uitkomst van deze loting. Nu de verdeling van de ontheffingen berust op de gebruikmaking van een discretionaire bevoegdheid van verweerders en de in dat kader door hen gemaakte keuze om deze ontheffingen te verdelen op basis van een loting, ligt het naar het oordeel van het College nu op de weg van verweerders om na te gaan welke gevolgen moeten worden verbonden aan genoemd gebrek waarbij verschillende mogelijkheden openstaan. Verweerders zullen daaruit een keuze moeten maken, onder afweging van alle betrokken belangen waaronder die van alle deelnemers aan de loting, en opnieuw moeten beslissen op het bezwaar van appellante tegen hun besluiten van 16 en 17 september 2009 tot het verlenen van ontheffingen aan negen andere supermarkten en tegen de afwijzing van de aanvraag van appellante om een ontheffing. Het College zal verweerders daarom de opdracht geven met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen opnieuw te beslissen op deze bezwaren van appellante, en zal verweerders daartoe een termijn stellen. Het College gaat er daarbij van uit dat verweerders dit zullen doen in samenhang met hetgeen het College hen heeft opgedragen in zijn uitspraak van heden in de zaak met nr. AWB 10/624. In die uitspraak is het beroep van twee andere gegadigden tegen de besluiten van verweerders waarbij de bezwaren van deze gegadigden tegen de afwijzing van hun aanvragen om ontheffing ongegrond zijn verklaard, om dezelfde redenen als hiervoor in 5.6 tot en met 5.7 zijn vermeld gegrond verklaard, onder vernietiging van die besluiten en de opdracht aan verweerders opnieuw op die bezwaren te beslissen.
5.9 Het College ziet aanleiding om verweerders te veroordelen in de door appellante in verband met de behandeling van het beroep gemaakte proceskosten. Deze kosten zijn met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op een bedrag van € 874,--, waarbij is uitgegaan van 1 punt voor het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting in een zaak van gemiddeld gewicht (wegingsfactor 1, bedrag per punt € 437,--).