2. De beoordeling van het geschil
2.1 Ingevolge artikel 11, eerste en tweede lid, van het Besluit stimulering duurzame energieproductie (hierna: het Besluit) wordt - voor zover hier van belang - een basisbedrag per kWh vastgesteld voor de subsidie voor de productie van hernieuwbare elektriciteit, en bedraagt dit bedrag ten hoogste de gemiddelde kosten per kWh voor het produceren van hernieuwbare elektriciteit.
Ingevolge artikel 33 van de Regeling aanwijzing categorieën duurzame energieproductie 2008 (hierna: de Regeling) bedraagt dat basisbedrag voor productie-installaties in de categorie biomassa € 0,12 per kWh.
2.2 Het College stelt voorop dat het besluit van 3 juli 2009 is gewijzigd bij het besluit van 6 november 2009. Ingevolge artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) richt het beroep zich mede tegen het besluit van 6 november 2009. Appellante heeft geen omstandigheden aangevoerd die tot de conclusie leiden dat zij nog enig procesbelang heeft bij een beoordeling van het beroep tegen het besluit van 3 juli 2009. Daarbij merkt het College op dat appellante ter zitting haar verzoek om verweerder te veroordelen in de kosten die zij in redelijkheid in verband met het bezwaar heeft moeten maken, heeft ingetrokken. Het beroep tegen dit besluit zal het College dus niet-ontvankelijk verklaren.
2.3.1 Het College overweegt dat - naar appellante ter zitting heeft bevestigd - het enige resterende geschilpunt de hoogte van het voor de berekening van de subsidie gebruikte basisbedrag van € 0,12 per kWh betreft. Appellante is van mening dat dit bedrag te laag is.
2.3.2 Dat basisbedrag vloeit rechtstreeks voort uit artikel 33 van de Regeling. Appellante stelt derhalve de rechtmatigheid van dit artikel aan de orde.
2.3.3 Genoemd artikel vormt een algemeen verbindend voorschrift. De rechtmatigheid van algemeen verbindende voorschriften kan bij wege van exceptieve toetsing worden beoordeeld in het kader van een beroep. Volgens vaste jurisprudentie kan aan een algemeen verbindend voorschrift slechts verbindende kracht worden ontzegd indien het in strijd is met een hogere - algemeen verbindende - regeling dan wel indien, met inachtneming van de beoordelingsvrijheid van de regelgever, en derhalve met terughoudendheid getoetst, geoordeeld moet worden dat het voorschrift een toetsing aan algemene rechtsbeginselen niet kan doorstaan.
2.3.4 Het betoog van appellante komt erop neer dat artikel 33 van de Regeling onrechtmatig is omdat het daarin vervatte basisbedrag niet kostendekkend is. Naar het oordeel van het College kan dit standpunt - ook als het juist is - niet tot de conclusie leiden dat genoemd artikel onrechtmatig is. Artikel 11, tweede lid, van het Besluit laat immers uitdrukkelijk de mogelijkheid open dat het basisbedrag op een lager bedrag dan de gemiddelde kosten wordt vastgesteld. Dat het Besluit op dit punt zelf in strijd is met hogere regelgeving kan het College niet inzien. Evenmin acht het College de aangevochten bepaling in strijd met algemene rechtsbeginselen, in het bijzonder het verbod van willekeur. Hierbij verdient opmerking dat uit de toelichting bij de Regeling van 2008 (Staatscourant van 3 maart 2008, nr. 44) blijkt dat bewust voor een niet-kostendekkend basisbedrag is gekozen omdat - aldus de toelichting - "de inzet van biomassa in een aantal gevallen te kostbaar is in relatie tot de genoemde aspecten om een volledige afdekking van de kosten via deze regeling te rechtvaardigen". Het College is van oordeel dat de regelgever zich in redelijkheid op dit standpunt heeft kunnen stellen. Hieraan doet niet af dat het basisbedrag in 2009 hoger is vastgesteld, nu appellante er zelf voor heeft gekozen om vanaf 2008 van de subsidiemogelijkheid gebruik te gaan maken.
2.3.5 Voor zover appellante van mening is dat zij, toen zij in 2007 - voordat de Regeling in werking was getreden - met de bouw van de biovergister begon, vanwege uitlatingen van verweerder erop mocht vertrouwen dat het basisbedrag op een hoger bedrag dan € 0,12 per kWh zou worden vastgesteld, oordeelt het College dat dit betoog niet slaagt. Appellante beroept zich in dit verband vergeefs op het rapport van het Energieonderzoek Centrum Nederland, reeds nu dit rapport geen standpuntbepaling van verweerder inhoudt.
2.4.1 Dat leidt in de zaak AWB 09/1088 tot de slotsom dat het beroep tegen het besluit van 6 november 2009 ongegrond moet worden verklaard.
2.4.2 In de zaak AWB 10/319 zal het College het beroep gegrond verklaren, nu verweerder het bezwaar ten onrechte niet-ontvankelijk heeft verklaard. Het College zal zelf in de zaak voorzien door het bezwaar ongegrond te verklaren.
2.5 Er bestaat aanleiding verweerder op grond van artikel 8:75, eerste lid, Awb te veroordelen in de door appellante in verband met de behandeling van het beroep in de zaak AWB 10/319 gemaakte kosten. Op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht worden de kosten van beroepsmatig verleende rechtsbijstand vastgesteld op € 874,-- op basis van 2 punten, met wegingsfactor 1 (gemiddeld) en een waarde van € 437,-- per punt.