2. De beoordeling van het geschil
2.1 Op grond van artikel 6:7 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) bedraagt de termijn voor het indienen van een bezwaar- of beroepschrift zes weken.
Ingevolge artikel 6:8, eerste lid, Awb vangt de termijn aan met ingang van de dag na die waarop het besluit op de voorgeschreven wijze is bekendgemaakt.
Ingevolge artikel 6:11 Awb blijft ten aanzien van een na afloop van de termijn ingediend bezwaar- of beroepschrift niet-ontvankelijkverklaring op grond daarvan achterwege indien redelijkerwijs niet kan worden geoordeeld dat de indiener in verzuim is geweest.
2.2 Bij besluit van 24 maart 2009 heeft verweerder het bezwaar van appellante tegen de vaststelling van de bedrijfstoeslag voor het jaar 2008 ongegrond verklaard. Daarbij heeft verweerder appellantes stellingen dat de door verweerder geconstateerde oppervlakte van enkele gewaspercelen onjuist is en de toegepaste korting op haar bedrijfstoeslag onevenredig, niet aanvaard.
Bij besluit van 29 april 2009 heeft verweerder een zuivelcorrectie uitgevoerd op appellantes bedrijfstoeslag. Dit heeft geleid tot een wijziging in die zin dat een andere (lagere) gemiddelde waarde per toeslagrecht en een lager totaalbedrag aan toeslagrechten is vastgesteld voor 2008.
2.3 Het College is van oordeel dat verweerder het besluit van 29 april 2009 ten onrechte als een nieuw primair besluit heeft aangemerkt. Nu dit besluit zag op de bedrijfstoeslag voor 2008 betrof het een wijziging van de beslissing op bezwaar van 24 maart 2009, waarbij het bezwaar tegen het besluit van 16 januari 2009 ongegrond is verklaard. Hieruit volgt dat tegen het besluit van 29 april 2009 geen bezwaar maar beroep openstond. Verweerder was niet bevoegd was om over het bezwaarschrift van 6 mei 2009 een beslissing te nemen, en had dit bezwaarschrift moeten doorsturen naar het College ter behandeling als beroepschrift. Het College zal hieraan echter geen consequenties verbinden aangezien appellante met een vernietiging van verweerders besluiten van 15 juni 2009 en 20 augustus 2009 niets opschiet.
2.4 Uit de inhoud van appellantes bezwaar- en beroepschrift en uit de overige stukken blijkt dat appellante zich niet kan verenigen met de door verweerder geconstateerde oppervlakte van enkele gewaspercelen, zulks in afwijking van de door appellante op het overzicht aangegeven wijzigingen, en de korting op de bedrijfstoeslag die daarvan het resultaat is geweest. Het College gaat er van uit dat appelante heeft beoogd om zowel het besluit op bezwaar van 24 maart 2009 als het wijzigingsbesluit van 29 april 2009 aan te vechten.
2.5 Het College stelt vast dat het besluit van 24 maart 2009 op dezelfde dag is bekendgemaakt door toezending aan appellante. Dat betekent dat de termijn van zes weken voor het indienen van een beroepschrift begon op 25 maart 2009 en eindigde op 5 mei 2009. Het door verweerder als bezwaarschrift aangemerkte schrijven van appellante van 6 mei 2009 is dus 1 dag te laat ingediend.
Appellante heeft voor deze termijnoverschrijding geen verklaring gegeven. Van omstandigheden die het te laat indienen van beroep tegen het besluit van 24 maart 2009 verschoonbaar zouden kunnen maken is het College ook overigens niet gebleken. Dit betekent dat het beroep van appellante, voor zover gericht tegen het besluit op bezwaar van 24 maart 2009, niet-ontvankelijk dient te worden verklaard.
2.6 De wijziging van appellantes bedrijfstoeslag in het besluit van 29 april 2009 heeft enkel betrekking op een correctie op de waarde "zuivel" in haar toeslagrechten. In dit besluit is niet opnieuw beslist over de voor 2008 geconstateerde oppervlakte en de bezwaren van appellante daartegen. Ook overigens is er geen enkele aanwijzing dat verweerder op dit punt is gekomen tot een gewijzigd standpunt. De door appellante aangevoerde argumenten, die allemaal betrekking hebben op de geconstateerde oppervlakte en de daarmee verband houdende korting op de bedrijfstoeslag, kunnen daarom niet aan de orde worden gesteld in het kader van het beroep tegen verweerders besluit van 29 april 2009. Dit beroep dient dan ook ongegrond te worden verklaard.
2.7 Voor een proceskostenveroordeling op de voet van 8:75 Awb ziet het College geen aanleiding.