5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College stelt voorop dat het beroep op grond van artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) wordt geacht mede te zijn gericht tegen het besluit van 1 juni 2005.
5.2 Het College is allereerst van oordeel dat verweerder appellant ten onrechte heeft ontvangen in zijn bezwaar tegen het premierechtenbesluit van 4 juni 2004 en overweegt hiertoe het volgende. Appellant heeft bij brief van 13 juli 2004 bezwaar gemaakt tegen het premiebesluit van 4 juni 2004. Pas uit het aanvullend bezwaarschrift van 9 augustus 2004 blijkt dat appellant het (ook) niet eens is met het premierechtenbesluit. Aangezien appellant aldus pas bij brief van 9 augustus 2004 bezwaar heeft gemaakt tegen het premierechtenbesluit van 4 juni 2004, heeft verweerder appellant in strijd met artikel 6:7 Awb ontvangen in dit bezwaar.
Dit oordeel laat overigens onverlet dat, zoals verweerder ter zitting desgevraagd heeft meegedeeld, het aantal premierechten van appellant als gevolg van het besluit van 1 juni 2005 in voor appellant gunstige zin dient te worden gecorrigeerd.
5.3 Vaststaat en niet in geschil is dat voor de runderen met ID-codes NL ** en NL **** niet is voldaan aan de in artikel 6.2, eerste lid, onder d, van de Regeling neergelegde zoognorm van vier maanden. Het rund met ID-code NL ** is immers op 11 juni 2002 op het bedrijf van appellant aangevoerd zonder het op 20 mei 2002 geboren kalf van dit rund. Het op 15 mei 2002 geboren kalf van het rund met ID-code NL **** is op 11 juni 2006 van appellants bedrijf afgevoerd.
Zoals blijkt uit het besluit van 1 juni 2005 en ter zitting nader is toegelicht, past verweerder bij de toepassing van artikel 6.2, eerste lid, onder d, van de Regeling een coulancebeleid toe voor de in de aanvraag opgegeven zoogkoeien die reeds voor de brief van april 2002 aan de houders van zoogkoeien binnen de termijn van vier maanden van hun kalf zijn gescheiden.
Het is evident dat de twee hiervoor genoemde runderen niet onder dit coulancebeleid vallen.
Appellant is kennelijk van mening dat aan hem, in afwijking van dit beleid, voor de twee runderen zoogkoeienpremie had moeten worden verleend, omdat hij de brief van april 2002 niet heeft ontvangen. Het College overweegt hierover het volgende.
Verweerder heeft alle houders van zoogkoeien in april 2002 door middel van een brief geïnformeerd over de voorwaarde dat kalveren ten minste vier maanden na geboorte bij de moederkoe moeten blijven om voor zoogkoeienpremie in aanmerking te komen. Voorts is deze voorwaarde ook onderwerp geweest in de media in april 2002, onder meer naar aanleiding van het standpunt van LTO Nederland over deze voorwaarde. Dit brengt mee dat de houders van zoogkoeien in april 2002 op de hoogte waren of hadden kunnen zijn van bedoelde voorwaarde. De stelling van appellant dat hij de brief van april 2002 niet heeft ontvangen, is dus onvoldoende om te oordelen dat verweerder in afwijking van het gevoerde coulancebeleid ook voor de twee hiervoor bedoelde dieren zoogkoeienpremie had moeten toekennen. Hierbij komt dat appellant eerst ter zitting heeft gesteld dat hij de brief van april 2002 niet heeft ontvangen. Dit doet afbreuk aan de geloofwaardigheid van zijn stelling. Het had voor de hand gelegen dat appellant op het niet ontvangen van de brief direct had gewezen in zijn brief van 6 juli 2005 naar aanleiding van het besluit van 1 juni 2005.
5.4 Appellants standpunt dat in het besluit van 1 juni 2005, als gevolg van de gegrondverklaring van het bezwaar, een correctie voor zijn premierechten en voor het toe te passen kortingspercentage had moeten worden opgenomen, is juist. Uit artikel 7:11, tweede lid, Awb volgt immers dat bij een gegrondverklaring van het bezwaar duidelijk moet worden gemaakt, welke (financiële) consequenties de gegrondverklaring heeft.
5.5 Appellants grief inzake de toekenning van een vergoeding voor de kosten in verband met de bezwaren van 25 juli 2003 en 13 juli 2004 slaagt eveneens. Nu zowel het bezwaar van 25 juli 2003 tegen het besluit van 1 juli 2003 als het bezwaar van 14 juli 2004 tegen het besluit van 4 juni 2004 heeft geleid tot aanvullende premietoekenning, had verweerder de verzoeken om vergoeding van de kosten voor juridische bijstand in de bezwaarfase dienen in te willigen. De besluiten van 26 oktober 2004 en 1 juni 2005 zijn in strijd met artikel 7:15, tweede lid, Awb genomen.
5.6 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het beroep gegrond is en de besluiten van 26 oktober 2004 en 1 juni 2005 dienen te worden vernietigd.
Het College zal het bezwaar tegen het premierechtenbesluit van 4 juni 2004 met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, Awb niet-ontvankelijk verklaren.
Verweerder zal opnieuw op de overige bezwaren van appellant dienen te beslissen met inachtneming van het hetgeen in deze uitspraak is overwogen.
5.7 Het College acht termen aanwezig verweerder op grond van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de door appellant voor het beroep gemaakte proceskosten. Deze kosten worden met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 805,-- (1 punt voor het beroepschrift, 0,5 punt voor de schriftelijke reactie van 6 juli 2005 op het besluit van 1 juni 2005 en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met wegingsfactor 1 en een waarde van € 322,-- per punt).