2. De beoordeling van het geschil
2.1 Wat partijen verdeeld houdt, is de vraag of en tegen welk bedrag verweerder aan appellante een vergoeding verschuldigd is voor het door appellante nodeloos aangekochte slooptonnage ter voldoening aan de door verweerder opgelegde en aanvankelijk onjuist vastgestelde speciale bijdrage op grond van artikel 4 van de Wet capaciteitsbeheersing binnenvaartvloot. In dit verband hebben partijen verschillende argumenten aangevoerd die hierna worden besproken.
2.2 Het uitgangspunt van het College is dat, indien zoals in het onderhavige geval teveel tonnage is gesloopt als gevolg van een onjuiste vaststelling van de speciale bijdrage, voor vergoeding in aanmerking komt het bedrag dat wordt berekend door het teveel aangekochte slooptonnage te vermenigvuldigen met de prijs exclusief BTW die hiervoor is betaald. Dit bedrag dient te worden vermeerderd met de wettelijke rente vanaf de datum van de sloopuitgave tot aan de dag der algehele voldoening door verweerder. Het voorgaande blijkt uit onder meer de uitspraken van het College van 19 maart 2008 (AWB 04/696A, <www.rechtspraak.nl>, LJN BC8368) en 26 maart 2008 (AWB 05/100, <www.rechtspraak.nl >, LJN BC8367).
2.3 Verweerder heeft in het bestreden besluit op de door hem berekende vergoeding een bedrag in mindering gebracht betreffende een door appellante genoten belastingvoordeel in de vorm van een investeringsaftrek voor het mvs "Ferramenta" ter hoogte van 34,5% van de aankoopprijs van de ter sloop aangekochte schepen "Oste", "Cargo", "Hansa", "3711A" en "3721A". Naar aanleiding van het arrest van de Hoge Raad van 18 januari 2008, nr. 43 497 (<www.rechtspraak.nl>, LJN BA4720) heeft verweerder ter zitting dit standpunt verlaten. Daarvoor in de plaats stelt verweerder bij zijn bepaling van het met de schadevergoeding te verrekenen belastingvoordeel thans dat appellante het voor de slooptonnen betaalde bedrag over een periode van 15 jaar met 6,67% per jaar mag afschrijven als kosten ten behoeve van de exploitatie van de onderneming. Deze kosten worden in mindering gebracht op de belastbare winst, waardoor appellante als voordeel heeft dat zij minder vennootschapsbelasting afdraagt aan de fiscus.
2.4 Appellante stelt zich op het standpunt dat verweerder genoemd bedrag ten onrechte in mindering heeft gebracht op de vergoeding. Zij voert hiertoe aan dat geen sprake is van een fiscaal voordeel in de vorm van investeringsaftrek. Appellante zal juist fiscaal nadeel lijden als gevolg van de heffing ineens over de uit te keren vergoeding. Artikel 6:100 BW en het arrest van 25 november 1955, nr. 29 van de Hoge Raad staan bovendien aan de door verweerder toegepaste voordeelstoerekening in de weg.
2.5 Het College overweegt ten aanzien van de investeringsaftrek dat verweerder niet heeft aangegeven wat de consequenties zijn van het door hem naar aanleiding van het arrest van de Hoge Raad van 18 januari 2008 ter zitting ingenomen standpunt - betreffende de bepaling van een gesteld fiscaal voordeel van appellante - voor de berekening van de onderhavige vergoeding. Evenmin heeft verweerder een standpunt betrokken over het door appellante aan de orde gestelde fiscale nadeel. Het is aan verweerder een en ander alsnog te doen.
2.6 Het voorgaande betekent voor de onderhavige zaak het volgende. Vaststaat dat appellante als gevolg van de foutieve vaststelling van de speciale bijdrage door verweerder 358,222 slooptonnen teveel heeft aangekocht, die derhalve voor vergoeding door verweerder in aanmerking komen. Het gaat hierbij om slooptonnen van genoemde ter sloop aangekochte schepen "Oste", "Cargo", "Hansa", "3711A" en "3721A". De prijs per sloopton van deze schepen bedraagt
€ 113,20,-- exclusief BTW. De vergoeding wordt berekend door 358,222 te vermenigvuldigen met € 113,20,--.
Hiermee dient te worden verrekend (de contante waarde van) het eventueel door appellante genoten fiscaal voordeel, zoals hiervoor overwogen onder 2.5.
Het resultaat dient te worden vermeerderd met de wettelijke rente vanaf 30 juni 2000 tot en met 14 mei 2007 zijnde de dag waarop verweerder € 47.327,33 aan schadevergoeding heeft betaald aan appellante. Een resterend te vergoeden bedrag dient te worden vermeerderd met wettelijke rente vanaf 14 mei 2007 tot aan de dag der algehele voldoening door verweerder.
2.7 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het bestreden besluit dient te worden vernietigd en het beroep gegrond dient te worden verklaard.
2.8 Het College ziet termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 van de Algemene wet bestuursrecht te veroordelen in de proceskosten die appellante voor deze procedure heeft gemaakt. Deze kosten worden op de voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644,- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een wegingsfactor 1, ad € 322,- per punt).