5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het geschil ziet op de vraag of verweerder zijn besluiten tot intrekking van de S&O-verklaringen van appellanten voor 2003, 2004 en 2005 terecht heeft gehandhaafd. Dienaangaande overweegt het College als volgt.
5.2 Ingevolge artikel 25 van de Wet in samenhang bezien met artikel 2 van de Uitvoeringsregeling, dient de S&O-inhoudingsplichtige aan wie een S&O-verklaring is afgegeven, een zodanige projectadministratie bij te houden dat daaruit de aard en inhoud van het verrichtte speur- en ontwikkelingswerk en de daaraan per project door de betrokken werknemers bestede uren op eenvoudige en duidelijke wijze zijn af te leiden. Ingevolge artikel 24, zevende lid, van de Wet kan verweerder een S&O-verklaring intrekken indien de administratie niet aan deze eisen voldoet.
Bij de uitoefening van de bevoegdheid om over te gaan tot intrekking van de S&O-verklaring hanteert verweerder, zo blijkt uit de bestreden besluiten, een beleid dat het volgende omvat. Bij een controlebezoek wordt nagegaan of de werkzaamheden waarvoor een S&O-verklaring is afgegeven daadwerkelijk zijn uitgevoerd. De aanwezigheid van de vereiste uren- en projectadministratie acht verweerder daarbij van groot belang omdat dit de enige mogelijkheid is om te kunnen controleren of de werkzaamheden inderdaad zijn uitgevoerd. Wanneer uit de administratie niet blijkt dat werkzaamheden zijn verricht zoals beschreven in de aanvraag, volgt volgens dit beleid in principe intrekking van de S&O-verklaring.
Het College acht dit beleid niet strijdig met de Wet en ook anderszins niet onaanvaardbaar, zo volgt ook uit eerdere jurisprudentie van het College ter zake. In dit verband wordt verwezen naar een uitspraak van het College van 12 juli 2007 (AWB 06/402, www.rechtspraak.nl, LJN BB0470).
5.3 Vaststaat dat verweerder naar aanleiding van het bedrijfsbezoek in 2003 heeft geconstateerd dat de project- en urenadministratie voldeed aan de eisen van de Wet. Appellanten hebben niet bestreden dat uit de project- en urenadministratie over de nadien volgende jaren niet op eenvoudige en duidelijke wijze de aard en inhoud van het verrichte speur- en ontwikkelingswerk, waarvoor S&O-verklaringen zijn aangevraagd en afgegeven, zijn af te leiden. Voor zover appellanten zich op het standpunt stellen dat door de resultaten van het bedrijfsbezoek in 2003, en de goedkeuring van de S&O-aanvragen voor de jaren 2004 en 2005, de indruk is gewekt dat de wijze van administreren juist was, overweegt het College als volgt.
Wat er ook zij van de interpretatie van de gang van zaken door appellanten, zij kunnen aan de uitkomst van het bedrijfsbezoek van 11 november 2003 niet het gerechtvaardigd vertrouwen ontlenen, dat een op gelijke wijze administreren als tijdens het bedrijfsbezoek is beoordeeld, in de daaropvolgende jaren niet tot intrekking of wijziging van de voor die jaren afgegeven S&O-verklaringen zou kunnen leiden. Aan de intrekking van de S&O-verklaringen over de jaren 2004 en 2005 is door verweerder niet de wijze van administreren ten grondslag gelegd, maar het in artikel 2 van de Uitvoeringsregeling neerlegde criterium of op eenvoudige wijze en duidelijke wijze de aard en de inhoud van het verrichte speur- en ontwikkelingswerk zijn af te leiden. Appellanten hebben hetgeen verweerder hieromtrent heeft gesteld, niet betwist. Het College is dan ook van oordeel dat het beroep, voor zover betrekking hebbend op de handhaving van de intrekking van de S&O-verklaringen voor de jaren 2004 en 2005, ongegrond is.
5.4 Ten aanzien van de stelling van appellanten dat het bedrijfsbezoek in 2003 niet slechts betrekking had op de project- en urenadministratie over het jaar 2002, maar tevens de tot dan toe gevoerde administratie over 2003 betrof, overweegt het College als volgt.
Het College acht niet onaannemelijk dat de tekst van de brief waarmee het bezoek werd aangekondigd alsmede het verloop en de – toen mondeling overgebrachte – resultaten van dit bezoek, appellanten in de veronderstelling hebben gebracht dat de controle mede betrof de tot dan toe gevoerde project- en urenadministratie over 2003. Weliswaar is juist de stelling van verweerder dat de project- en urenadministratie over 2003 pas in maart 2004 compleet aanwezig diende te zijn en in zijn geheel beoordeeld kon worden, maar dat kan niet afdoen aan de bij appellanten ontstane veronderstelling. Immers, ook lopende het jaar heeft de tot dan toe gevoerde administratie rechtens betekenis, zoals blijkt uit het hiervoor aangehaalde artikel 2 van de Uitvoeringsregeling. Het College kan verweerder dan ook niet volgen in zijn betoog, dat de administratie eerst na 1 maart van het daarop volgende jaar is te controleren. Naar het oordeel van het College had de zorgvuldigheid die verweerder behoort te betrachten in situaties als thans in het geding, verweerder ertoe moeten nopen rekening te houden met de mogelijkheid, dat appellanten uit de controle van 11 november 2003 hebben afgeleid, dat ook de administratie over het lopende jaar, voor zover op dat moment gereed, de controleur geen aanleiding gaf tot opmerkingen. Die mogelijkheid was immers reëel, omdat de heer B tijdens het controlebezoek op 11 november 2003 aan appellanten voor de toekomst een tweetal verbeteringen heeft geadviseerd, die niet meer voor het verstreken deel van 2003, evenmin als voor de voorafgaande jaren, was te realiseren. Van dit advies gaat de suggestie uit dat, hoewel verbetering wenselijk of noodzakelijk is, er geen aanleiding is de staf te breken over de tot op dat moment gevoerde administratie. Nadat hij bij die gelegenheid had nagelaten een uitdrukkelijk voorbehoud te maken voor het toen lopende jaar 2003, heeft verweerder in 2007 in redelijkheid niet meer kunnen terugkomen van de voor 2003 afgegeven S&O-verklaring.
5.5 Het vorenstaande in aanmerking genomen zijn de beroepen van appellanten gegrond voor zover deze zijn gericht tegen de handhaving in bezwaar van de besluiten tot intrekking van de S&O-verklaringen voor 2003. De bestreden besluiten komen in zoverre voor vernietiging in aanmerking. Gelet op het oordeel van het College, kan verweerder bij opnieuw op de bezwaren van appellanten te nemen besluiten niet anders doen dan overgaan tot gegrondverklaring van de bezwaren en herroeping van de intrekking van de S&O-verklaringen van appellanten voor 2003. Het College ziet hierin aanleiding om, met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb), zelf in de zaak te voorzien en te bepalen, dat de bezwaren van appellanten voor zover deze zijn gericht tegen de besluiten van verweerder van 27 december 2007 tot intrekking van de S&O-verklaringen voor 2003, gegrond zijn en deze besluiten in zoverre worden herroepen.
De beroepen van appellanten zijn voor het overige ongegrond.
5.6 Het College acht ten slotte termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de door appellanten in beroep gemaakte proceskosten. Deze worden op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor hen gezamenlijk vastgesteld op € 644,-- op basis van 2 punten (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting) tegen een waarde van € 322,-- per punt, waarbij het gewicht op gemiddeld is bepaald.