4. Het standpunt van appellante
4.1 Appellante heeft – samengevat weergegeven – aangevoerd dat de bestreden besluiten om de volgende redenen dienen te worden vernietigd.
4.2 De Heffingsverordeningen behoeven op grond van artikel 126, vierde lid, Wbo de goedkeuring van “Onze betrokken Ministers”. Het College heeft in verschillende zaken geoordeeld dat daaronder in ieder geval verstaan moeten worden: de ministers van Sociale Zaken en Werkgelegenheid (SZW), Economische Zaken (EZ) en LNV. De Heffingsverordeningen zijn evenwel slechts goedgekeurd door de minister van LNV. Met de op 4 maart 2005 gepubliceerde werkafspraken is niet aangetoond dat de ministers van SZW en EZ niet bij de goedkeuring van de Heffingsverordeningen hoefden te worden betrokken.
Het inmiddels aan de Wbo toegevoegde artikel 128a is in strijd met het Europees Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden, in het bijzonder met het bepaalde in artikel 1 van het Eerste Protocol (hierna: EP), waarin het recht op ongestoord genot van het eigendom is neergelegd. Het toekennen van terugwerkende kracht aan voormeld artikel 128a tot 1 juli 1999 is voorts in strijd met het rechtszekerheidsbeginsel. Ten slotte strookt de toepassing jegens appellante van artikel 128a Wbo niet met Aanwijzing 167 van de Aanwijzingen voor de regelgeving.
De door het College in zijn beschikking van 4 juni 2008 gehanteerde toetsingsmaatstaf met betrekking tot de inhoud en wijze van de totstandkoming van de reparatiewet strookt niet met het fundamentele en nagenoeg absolute karakter van het verbod van terugwerkende kracht van regelgeving en lijkt evenmin te worden ondersteund door de rechtspraak van het Europese Hof voor de Rechten van de Mens (hierna: EHRM), te weten de uitspraken van 20 november 1995 (Pressos/België, NJ 1996, 593) en 9 december 1994 (Holy Monasteries/ Griekenland, NJ 1996, 374). De reparatie met terugwerkende kracht kan derhalve niet aan appellante worden tegengeworpen.
4.3 Anders dan verweerder meent, biedt de Richtlijn geen grondslag voor de onderhavige heffing. In het onderhavige geval gaat het immers niet om de financiering van de keuringen en veterinaire controles zoals bedoeld in de Richtlijn. De heffing is uitsluitend ingesteld om van marktpartijen een financiële bijdrage af te dwingen voor de door de Nederlandse overheid gewenste en opportuun geachte verandering in de organisatie van door de gemeenschapswetgever verplicht voorgeschreven keuringen. Maar ook als de Richtlijn wel van toepassing zou zijn, biedt deze geen grondslag voor de heffing nu de heffing niet aan de in de Richtlijn vervatte eisen voldoet. De Richtlijn kent immers een limitatief stelsel van retributies, terwijl het retributiekarakter ontbreekt aan de heffing.
4.4 Uit artikel 10 Instellingsbesluit volgt dat aangelegenheden in het kader van een door de overheid beleidsmatig wenselijk geachte overgang van de roodvleeskeuring van een dienst van de overheid naar een privaatrechtelijke organisatie niet tot de taken en de werkruimte van verweerder behoren. Artikel 93, tweede lid, Wbo verschaft ook geen bevoegdheid tot het vaststellen van de onderhavige heffing. Verweerder heeft dan ook zijn bevoegdheid overschreden. Anders dan verweerder veronderstelt, heeft hij geen ruime marge bij het vaststellen van de grondslag van de heffing.
4.5 Kosten voor de handhaving van algemene wet- en regelgeving moeten uit de algemene middelen worden gefinancierd (HvJEG 5 februari 1976, Bresciani, zaak 87-75, Jur. 1976, blz. 129 en HvJEG 15 december 1993, Ligur Carni, gevoegde zaken C-277/91, C-318/91 en C-319/91, Jur. 1993, I-6621). De omstandigheid dat appellante eventueel voordeel zou kunnen hebben bij de overdracht van de roodvleeskeuring naar KDS doet geen afbreuk aan dat uitgangspunt (HvJEG, 11 augustus 1995, Édouard Dubois & Fils, zaak C-16/94, Jur. 1995, I-2421). Alleen indien de door verweerder opgelegde heffingen direct verband houden met een aan appellante toerekenbaar voordeel, is doorberekening van die kosten gerechtvaardigd. Aan die eis wordt echter niet voldaan.
4.6 Krachtens artikel 25 EG zijn heffingen van gelijke werking verboden. Heffingen die het karakter hebben van een retributie ontsnappen aan dit verbod. In dit geval is geen sprake van een retributie. Een heffing die deel uitmaakt van een algemeen stelsel van binnenlandse belastingen waardoor nationale en ingevoerde producten volgens dezelfde criteria worden belast, is, gelet op artikel 90 EG, wel toegestaan. Hoewel het op het eerste gezicht lijkt te gaan om een met artikel 90 EG verenigbare heffing, is dat toch niet het geval nu niet is voldaan aan de daarvoor geldende criteria. Verwezen wordt naar jurisprudentie van het HvJEG. De heffing maakt geen deel uit van een stelsel van fiscale heffingen, maar staat op zichzelf. Het betreft geen fiscale opbrengst die bijdraagt aan de algemene financiering van overheidsuitgaven. De bestemming van de opbrengst heeft een specifiek karakter. En met de uit de bestemming van de opbrengst van de heffing voortvloeiende voordelen wordt de daarop drukkende last gedeeltelijk gecompenseerd. De heffing strookt dan ook niet met het discriminatieverbod van artikel 90 EG. Indien komt vast te staan dat de bestemming de daarop drukkende last niet gedeeltelijk, maar volledig compenseert, dan maakt de heffing inbreuk op het verbod van heffingen van gelijke werking. In dit verband wijst appellante op de uitspraak van het College van 2 mei 2007, AWB 03/498, www.rechtspraak.nl, LJN BA5384.
4.7 Met de GMO-verordeningen is een gemeenschappelijke ordening van de markten in de sectoren varkensvlees en rundvlees tot stand gekomen. Volgens vaste rechtspraak van het HvJEG dienen de lidstaten zich te onthouden van elke maatregel met de strekking van de marktordening af te wijken of er inbreuk op te maken. Aangezien de onderhavige heffing als een verboden steunmaatregel (artikel 87, eerste lid, EG) kwalificeert, verdraagt deze zich evenmin met het in de GMO-verordeningen vervatte verbod van staatsteun. De heffing verdraagt zich voorts niet met de GMO-verordeningen omdat deze een negatieve weerslag heeft op de inkomenssituatie van Nederlandse varkens- en runderslachters en op de handelsstromen van de betrokken producten. De heffing brengt een aanzienlijke lastenverzwaring met zich die van invloed is op het prijspeil van de betrokken producten. Voorts zullen slachterijen over minder financiële middelen beschikken en worden zij bijgevolg belemmerd in hun vermogen om te concurreren op de gemeenschappelijke markt. Dat het louter een binnenlandse aangelegenheid betreft doet aan het voorgaande niet af, nu uit rechtspraak van het HvJEG (5 december 2000, Guimont, zaak C-448/98, Jur. 2000, I-10663 en 9 december 2004, Carbonati Apuani, zaak C-72/03) volgt dat ook in geval van een zuivere interne situatie aan de regels van het gemeenschapsrecht moet worden getoetst.
4.8 De heffingen zijn onverenigbaar met het in artikel 87, eerste lid, EG vervatte verbod van staatssteun. Aangezien verweerder als publiekrechtelijk lichaam is verbonden aan de Staat en de Heffingsvordeningen goedkeuring behoeven van de ministers, zijn de heffingen aan te merken als staatsmiddelen. De steun is verleend aan de sector. De bestreden maatregel levert de sector immers een voordeel op, aangezien het beoogde gevolg is dat de keuringskosten zullen dalen. Het voordeel is selectief, want de begunstigden zijn allen werkzaam in de roodvleessector. Aangezien het merendeel van het gekeurde roodvlees is bestemd voor de export, heeft de maatregel tevens een potentiële weerslag op de mededinging en op de handel tussen lidstaten. Er bestaat tevens een dwingend bestemmingsverband tussen de heffing en de steun, aangezien de heffing speciaal is ingevoerd om de transitie naar KDS te financieren.