2. De beoordeling van het geschil
2.1 Het College stelt allereerst vast dat appellante geen rechtens te honoreren belang meer heeft bij een beoordeling van het beroep tegen de vervangen besluiten van 30 juli 2003, 29 juni 2004 en 6 december 2004. Het beroep gericht tegen deze besluiten dient dan ook niet-ontvankelijk te worden verklaard.
2.2 Het College oordeelt vervolgens over het beroep tegen het besluit van 16 januari 2006.
2.2.1 Bij dit besluit heeft verweerder, samengevat en voorzover hier van belang, het volgende overwogen.
Op 24 september 2001 is een controle op appellantes bedrijf uitgevoerd. Daarbij is een verschil geconstateerd tussen de gegevens van het I&R-systeem rund en de feitelijke situatie op het bedrijf. Volgens het I&R-systeem rund zouden de runderen met ID-code BE 042315947, NL 277161194, FR 7930315182 en BE 665237897 op het bedrijf aanwezig moeten zijn, terwijl feitelijk alleen het rund met ID-code BE 042315947 aanwezig was.
De runderen met ID-code BE 042315947 en NL 277161194 bleken op juiste wijze te zijn geregistreerd.
De runderen met ID-code FR 7930315182 en BE 665237897 bleken blijkens appellantes bedrijfsregister op respectievelijk 8 augustus 2001 en 8 september 2001 van haar bedrijf te zijn afgevoerd. Aangezien appellante op 1 oktober 2001 aan het I&R-systeem rund heeft gemeld dat deze twee dieren op 1 oktober 2001 van haar bedrijf zijn afgevoerd, zijn deze dieren niet conform artikel 13 van Verordening Identificatie en Registratie Runderen 1998 geregistreerd.
Vervolgens is met inachtneming van artikel 2, tweede lid, van Verordening (EG, Euratom) nr. 2988/95 de meest gunstige sanctiebepaling toegepast, te weten artikel 39, eerste lid, eerste alinea en laatste volzin, van Verordening (EG) nr. 2419/2001. Aldus is appellantes slachtpremie voor 2001 gekort met 20%.
Verweerder is gebonden aan het sanctiestelsel zoals neergelegd in de Europese verordeningen en is niet bevoegd hiervan af te wijken. Het gedifferentieerde sanctiestelsel kan mede gelet op het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen van 17 juli 1997 in zaak C-354/95 (National Farmers Union) niet in strijd geacht worden met het evenredigheidsbeginsel.
2.2.2 Appellante heeft tegen het besluit van 16 januari 2006, samengevat, het volgende aangevoerd.
Het I&R-systeem rund is niet onfeilbaar. Juist door deze zaak, waarin van diverse andere runderen eerst werd beweerd dat ze niet correct waren geregistreerd en later door verweerder is erkend dat deze toch correct waren geregistreerd, wordt dat geïllustreerd. Een systeem dat zo vaak tot correcties aanleiding geeft, kan niet aan het zeer zwaarwegende sanctiesysteem ten grondslag worden gelegd. Appellante is dan ook van mening dat ook de runderen met respectievelijk ID-code FR 7930315182 en BE 665237897, ten aanzien waarvan verweerder ook in het besluit van 16 januari 2006 van mening is gebleven dat ze niet correct zijn geregistreerd, geacht moeten worden op juiste wijze te zijn geregistreerd.
Voorts is de toegepaste sanctie van artikel 39, eerste lid, van Verordening (EG) nr. 2419/2001 gebaseerd op een nog volledig operationeel bedrijf. In dat geval leidt een onregelmatigheid bij twee dieren niet snel tot een ingrijpende sanctie. Hier was het betreffende bedrijfsonderdeel echter al ten tijde van de fysieke controle beëindigd. Van een representatieve bedrijfssituatie was op dat moment dan ook geen sprake meer. Dit heeft tot gevolg gehad dat vanwege een onregelmatigheid bij slechts twee dieren de slachtpremie voor alle in 2001 geslachte dieren met 20% is gekort. Die sanctie is niet proportioneel. Het besluit is daarom in strijd met artikel 3:4, tweede lid, Awb genomen.
Appellante heeft verzocht om verweerder te veroordelen in de in bezwaar en beroep door haar gemaakte kosten (kosten van rechtsbijstand en reiskosten).
2.2.3 Het College stelt vast dat op 1 oktober 2001 aan het I&R-systeem rund is gemeld dat de runderen met ID-code FR 7930315182 en BE 665237897 op 1 oktober 2001 van appellantes bedrijf zijn afgevoerd, terwijl tijdens de controle ter plaatse op 24 september 2001 is geconstateerd dat deze dieren blijkens het bedrijfsregister van appellante reeds op respectievelijk 8 augustus 2001 en 8 september 2001 van appellantes bedrijf zijn afgevoerd. Aangezien gesteld noch gebleken is dat de in het bedrijfsregister vermelde afvoerdatum van deze twee dieren onjuist is, is de conclusie dat de aan het I&R-systeem rund voor deze dieren gemelde afvoerdatum onjuist is.
Voorzover appellante van opvatting is dat verweerder de betreffende I&R-gegevens niet ten grondslag had mogen leggen aan zijn besluitvorming, deelt het College deze opvatting niet. Het Nederlandse I&R-systeem rund is een door de Europese Commissie erkend systeem. Dit betekent dat verweerder er van uit mag gaan dat de in het I&R-systeem rund opgenomen gegevens overeenkomen met hetgeen aan het I&R-systeem rund is gemeld, tenzij het tegendeel aannemelijk wordt gemaakt. Aangezien er geen reden is om aan te nemen dat de in het I&R-systeem rund vermelde afvoergegevens van de twee dieren niet corresponderen met hetgeen door of namens appellante aan het I&R-systeem rund is gemeld, heeft verweerder terecht geconstateerd dat deze dieren niet overeenkomstig de geldende regels zijn geregistreerd.
2.2.4 Verweerder heeft met in achtneming van artikel 2, tweede lid, tweede volzin, van Verordening (EG, Euratom) nr. 2988/95 de voor appellante meest gunstige en in artikel 39, eerste lid, van Verordening (EG) nr. 2419/2001 neergelegde sanctie toegepast. Als gevolg hiervan is de aan appellante te betalen slachtpremie voor het jaar 2001 terecht gekort met 20%.
Voorzover appellante meent dat de sanctie niet van toepassing is op het onderhavige geval en de korting onevenredig zwaar is, overweegt het College het volgende. Artikel 39 van Verordening (EG) nr. 2419/2001 schrijft precies voor hoe de korting in het geval van onregelmatigheden bij een controle dient te worden berekend. Dit berekeningssysteem geldt voor alle houders van runderen en ongeacht het moment waarop de controle plaatsvindt. Artikel 39 maakt deel uit van het in Verordening (EG) nr. 2419/2001 neergelegde en naar de ernst van de geconstateerde onregelmatigheid gedifferentieerd sanctiestelsel. Dit stelsel is, gelet op de jurisprudentie van het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen inzake vergelijkbare bepalingen in Verordening (EEG) nr. 3887/92 (arrest van 17 juli 1997, zaak C-354/95, National Farmers Union, Jur. blz. I-4559), niet strijdig met het evenredigheidsbeginsel.
2.2.5 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het beroep gericht tegen het besluit van 16 januari 2006 ongegrond moet worden verklaard.
2.3 Het College acht termen aanwezig om verweerder op grond van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de kosten die appellante in beroep voorafgaande aan het besluit van 16 januari 2006 heeft gemaakt. Deze kosten worden op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 483,-- (1 punt voor het beroepschrift en 0.5 punt voor de schriftelijke reactie van 31 januari 2005, met wegingsfactor 1 en € 322,-- per punt).
2.4 Appellante heeft ter zitting voorts verzocht om een veroordeling van verweerder in de kosten die appellante in verband met de behandeling van het bezwaar heeft gemaakt.
Verweerder heeft in reactie hierop verklaard dat appellante in de bezwaarfase om vergoeding van deze kosten had moeten verzoeken.
Ingevolge artikel 7:15, derde lid, Awb dient het verzoek tot vergoeding van de kosten in verband met de behandeling van het bezwaar te worden gedaan voordat het bestuursorgaan op het bezwaar heeft beslist. Nu op grond van de overgelegde stukken niet is gebleken dat appellante eerder om vergoeding van de in bezwaar gemaakte kosten heeft verzocht, is voor een veroordeling van verweerder in die kosten geen plaats.