5. De beoordeling van het geschil
5.1 In dit geschil staat centraal de vraag of verweerder zijn besluiten tot intrekking van de S&O-verklaringen voor 2001, 2002 en 2003 terecht heeft gehandhaafd.
Het College overweegt dienaangaande als volgt.
5.2 De beleidsvrijheid die verweerder toekomt op grond van artikel 24, zevende lid, Wva om tot intrekking van een S&O-verklaring over te gaan indien blijkt dat de in artikel 25 Wva bedoelde administratie niet voldoet aan de wettelijke vereisten, waaronder het bepaalde in artikel 2 Uitvoeringsregeling, is door verweerder, blijkens de bestreden besluiten, ingevuld aan de hand van een vast en eenduidig beleid dat het volgende omvat. Bij een controlebezoek wordt nagegaan of de werkzaamheden waarvoor een S&O-verklaring is afgegeven, daadwerkelijk zijn uitgevoerd. Hierbij is de daadwerkelijke aanwezigheid van de vereiste uren- en projectadministratie van groot belang, omdat het de mogelijkheid geeft om te controleren of eerdergenoemde werkzaamheden inderdaad zijn uitgevoerd. Wanneer een dergelijke administratie twee maanden na afsluiting van het kalenderkwartaal ontbreekt dan wel wanneer hieruit niet blijkt dat de werkzaamheden zijn verricht zoals beschreven in de aanvraag, of indien hieruit niet op eenvoudige wijze aard, inhoud en voortgang van de uitgevoerde S&O-werkzaamheden is af te leiden, volgt volgens dit beleid intrekking van de S&O-verklaring. Het College acht dit beleid niet strijdig met de wet en ook anderszins niet onaanvaardbaar, zo volgt ook uit vaste jurisprudentie van het College ter zake.
5.3 Voor zover appellante heeft beoogd te betogen dat ten tijde van het controlebezoek gegevens beschikbaar waren die een projectadministratie vormden op de wijze zoals bedoeld in artikel 2 Uitvoeringsregeling en derhalve niet tot intrekking mag worden overgegaan, volgt het College haar daarin niet. Daartoe overweegt het College als volgt. Uit de uitspraak van het College van 6 februari 2001 (AWB 98/1070 t/m 98/1075, www.rechtspraak.nl, LJN AA9890) blijkt dat in geval een bedrijfsbezoek vooraf schriftelijk wordt bevestigd onder vermelding van de noodzaak om tijdens het bezoek onder meer de voorgeschreven projectadministratie in te zien, zoals hier aan de orde, het op de weg van appellante ligt er zorg voor te dragen dat de voorgeschreven projectadministratie aanwezig is ten tijde en ter plekke van het bedrijfsbezoek. Het College stelt vast dat appellante in ieder geval niet heeft voldaan aan de eis van het voorhanden zijn van de projectadministratie ten tijde van het bedrijfsbezoek op de locatie van dat bezoek. Hieruit volgt dat appellante niet heeft voldaan aan de op haar rustende verplichting op grond van uit artikel 2 Uitvoeringsregeling, zodat verweerder op grond van artikel 24, zevende lid, Wva in beginsel bevoegd was tot intrekking van de S&O-verklaringen. Verweerder heeft deze bevoegdheid in overeenstemming met zijn beleid terzake uitgeoefend.
5.4 Gelet op hetgeen appellante naar voren heeft gebracht dient vervolgens de vraag te worden beantwoord of verweerder, gelet op de bijzondere omstandigheden van dit geval, in zoverre van dit beleid had moeten afwijken dat hij de alsnog op 22 juni 2005 overgelegde stukken in de beoordeling zou betrekken. Dienaangaande overweegt het College als volgt.
De verplichtingen in verband met de projectadministratie zoals neergelegd in artikel 2 Uitvoeringsregeling hebben, zoals verweerder ook stelt in de bestreden besluiten, ten doel om verweerder in staat te stellen te controleren of de werkzaamheden waarvoor een S&O-verklaring is afgegeven, daadwerkelijk hebben plaatsgevonden.
Verweerder heeft meermalen – tijdens de telefoongesprekken met appellante op 7 maart 2005, de hoorzitting in bezwaar en ter zitting van het College – gesteld ervan overtuigd te zijn dat de werkzaamheden van appellante zijn aan te merken als S&O. In dit kader heeft verweerder op en na 7 maart 2005 in goed overleg met appellante getracht uit de door appellante aangeboden gegevens een projectadministratie af te leiden. Op goede gronden heeft verweerder toen vastgesteld dat dat niet mogelijk was. Op 22 juni 2005 echter heeft appellante alsnog een op 17 mei 2005 aangekondigde projectadministratie aangeleverd. De omvang en mate van detail van deze gegevens wijken significant af van het eerder door appellante aangeleverde. Ter hoorzitting in bezwaar heeft de directeur van appellante verklaard dat een deel van de gegevens niet eerder kon worden aangeleverd omdat hij van het bestaan ervan niet op de hoogte was, aangezien die gegevens buiten zijn medeweten (met het oog op zijn onverhoopte uitval) zijn verzameld door de mededirecteur.
5.5 Naar het oordeel van het College is de verklaring die appellante bij monde van haar directeur voor de late aanlevering van de hiervoor bedoelde nadere gegevens heeft gegeven, niet op voorhand onaannemelijk. Verweerder heeft dat laatste ook niet aan zijn beslissing om aan deze nadere gegevens voorbij te gaan, ten grondslag gelegd. Ter zitting van het College heeft verweerders gemachtigde verklaard dat hij aan een beoordeling van de nadere gegevens in het geheel niet is toegekomen op grond van zijn beleid om te laat ingediende stukken niet in de besluitvorming te betrekken. Naar het oordeel van het College kon verweerder echter, gezien de eerder vermelde omstandigheden, mede in het licht van de periode die is verstreken tussen het eerste jaar waarvoor verweerder een S&O-verklaring heeft afgegeven (2001) en het moment van controle van de administratie (2004), bij afweging van de betrokken belangen niet in redelijkheid zonder meer aan de nadere gegevens voorbijgaan. Daarbij neemt het College in aanmerking dat aan de hoofdverplichting van appellante, te weten het uitvoeren van S&O-werkzaamheden, kennelijk naar de overtuiging van verweerder zelf voldaan is en dat appellante naar de mening van het College te goeder trouw in de - weliswaar onjuiste - veronderstelling heeft verkeerd dat zij genoegzaam kon voldoen aan de verplichting om de aard en omvang van haar S&O-werkzaamheden tegenover verweerder aan te tonen. Dat zij daarin met de beperkte gegevens die zij aanvankelijk heeft kunnen overleggen niet geslaagd is, dient weliswaar voor haar rekening en risico te komen, maar dat laat onverlet dat - gelet ook op de door appellante gestelde grote belangen die voor haar met de toekenning van de S&O-aftrek zijn gemoeid - een redelijke belangenafweging meebrengt dat verweerder, nu hij in casu in bezwaar alsnog werd geconfronteerd met nadere gegevens en voor die (late) overlegging een niet op voorhand onaannemelijke verklaring is gegeven, ten minste nagaat of deze gegevens voldoende authentiek en ook overigens van dien aard zijn, dat zij tot het intact laten van de afgegeven S&O-verklaringen kunnen leiden.
Hieruit volgt dat de bestreden besluiten zijn genomen in strijd met het in artikel 3:4 Awb neergelegde evenredigheidsbeginsel. De beroepen zijn dan ook gegrond en de besluiten dienen vernietigd te worden. Verweerder zal opnieuw op de bezwaren van appellante dienen te beslissen met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen.
5.6 Het College ziet aanleiding om verweerder met toepassing van artikel 8:75, eerste lid, Awb te veroordelen in de proceskosten van appellante, en kent overeenkomstig het Besluit proceskosten bestuursrecht één punt toe voor het beroepschrift vanwege de omstandigheid dat de beroepschriften in de drie zaken vrijwel identiek zijn en één punt voor het verschijnen ter zitting met wegingsfactor 1 per punt.