5. De beoordeling van het geschil
5.1 In geschil is de vraag orde of verweerder in bezwaar terecht de afwijzing van het verzoek van appellante heeft gehandhaafd tot vergoeding van de kosten, die zij in verband met de bestrijding van de MRSA besmetting in de Kempenhof in 2003 heeft gemaakt. Dienaangaande overweegt het College als volgt.
5.2 Tussen partijen is niet in geschil dat de ten tijde hier van belang geldende beleidsregels niet voorzien in enige vergoeding van de in verband met de bestrijding van MRSA gemaakte kosten. Echter, reeds in 1999 zijn onderzoeken in gang gezet en discussies gevoerd met de koepels, aan de hand waarvan zich nadere inzichten ontwikkelden, die eind 2004 hebben geleid tot vaststelling van de met ingang van 2005 inwerking getreden beleidsregel MRSA. Sedertdien worden op grond van deze Beleidsregel de met een MRSA uitbraak gemoeide kosten, wanneer deze de € 50.000,-- te boven gaan, niet langer aangemerkt als een ondernemersrisico.
5.3 Verweerder meent dat de gewijzigde inzichten omtrent MRSA hem niet hadden hoeven brengen tot een afwijking ten gunste van appellante van het destijds geldende beleid. Ter zitting is van de kant van verweerder benadrukt dat dit gewijzigd inzicht eerst met ingang van het jaar 2005 in de Beleidsregel is vastgelegd en dat, meer in het algemeen, aan de beleidsregel geen terugwerkende kracht kan worden toegekend. De gevolgen van de MRSA besmetting bij appellante moeten, aldus verweerder, gezien het tijdsbestek waarin deze zich voordeed, voor rekening van appellante blijven, nu de destijds heersende - ook in het beleid verankerde - mening was dat MRSA besmettingen, ongeacht hun omvang, een ondernemersrisico zijn, dat moet worden opgevangen binnen het budget van de instelling en zonodig ten laste moet worden gebracht van de RAK.
5.4 Het College volgt verweerder niet in zijn betoog. Niet valt in te zien dat aan voormeld inzicht, zoals dat reeds ten tijde hier van belang in ontwikkeling was, betekenis moet worden ontzegd bij de beoordeling van de aanvraag van appellante tot vergoeding van de kosten die het gevolg waren van de MRSA besmetting in de omvang waarin deze zich in 2003 in de Kempenhof heeft voorgedaan, louter omdat deze nog niet zijn beslag had gekregen in een beleidsregel. Anders dan verweerder meent, is hierbij de vraag of een beleidsregel, en meer in het bijzonder de Beleidsregel MRSA, met terugwerkende kracht kan worden toegepast niet aan de orde. Ook bij de vaststelling van appellantes budget over 2003, had verweerder zich in het kader van artikel 4:84 Awb geplaatst moeten zien voor de vraag of hij genoodzaakt was appellante in afwijking van het geldende beleid tegemoet te komen vanwege de onevenredig zware gevolgen die strikte toepassing van het vigerende beleid in haar geval zou meebrengen. Vanzelfsprekend speelt daarbij een rol de vraag of de gevolgen van de onderhavige MRSA besmetting tot het ondernemersrisico van appellante moet worden gerekend en is de beantwoording van die vraag afhankelijk van de omvang van de besmetting en van de kosten die moesten worden gemaakt voor de bestrijding. Aldus dient de bestreden beslissing te worden getoetst aan het evenredigheidsbeginsel.
5.5 Wat de omvang van de besmetting op de Kempenhof betreft, moet worden uitgegaan van de door verweerder onvoldoende weersproken verklaring van appellantes directeur ter zitting dat op grond van wetenschappelijk onderzoek naar de besmettingen met MRSA sinds 1999, de besmetting van de Kempenhof verreweg de grootste in omvang in Nederland is gebleken. Ten aanzien van de kosten heeft te gelden dat verweerders op het jaardocument 2003 van appellante gebaseerde stelling dat de betreffende besmetting financieel geen buitenproportionele gevolgen heeft gehad niet houdbaar is, ook al brengt appellante zelf het negatieve resultaat over 2003 in dat door haar uitgebrachte document niet in verband met de MRSA besmetting. Door de ingebruikneming in de loop van 2003 van een aantal nieuwbouwprojecten en de in verband daarmee gegenereerde extra inkomsten wordt afdoende verklaard dat het eindresultaat over 2003 losstaat van de in verband met de MRSA besmetting werkelijk gemaakte kosten. De kosten, die door appellante bij haar opgave ook als zodanig zijn gespecificeerd, overschrijden die het in de Beleidsregel bedoelde eigen risico van € 50.000,-- in ruime mate.
5.6 Het College is van oordeel dat verweerder in de gegeven omstandigheden niet onverkort aan de in 2003 vigerende beleidsregels heeft kunnen vasthouden. Daarbij neemt het College mede in aanmerking dat, naar op grond van de stukken moet worden aangenomen, de Beleidsregel MRSA de neerslag vormt van een binnen de daarbij betrokken organen en instellingen al geruime tijd levende opvatting dat de financiële gevolgen van de bestrijding van een MRSA besmetting binnen instellingen als die van appellante boven een bepaalde omvang niet volledig voor rekening van die instelling gelaten kunnen worden. Die opvatting - en de daaraan ten grondslag liggende gedachte dat een zekere mate van gelijke behandeling van deze instellingen in het kader van de budgettering niet al te zeer moet worden doorkruist door grote ongelijke financiële gevolgen van de onderhavige risico's die instellingen in zeer ongelijke mate kunnen treffen - was zowel bij verweerder als bij de Minister bekend. Die opvatting is voorts is niet gevestigd, noch ook tot stand gekomen door de invoering van de Beleidsregel MRSA. De Beleidsregel werkt voormelde opvattingen alleen nader uit.
5.7 Ook aan het expireren van de Beleidsregel Dure Geneesmiddelen kan, gelet op hetgeen omtrent de toepassing daarvan onweersproken zijdens appellante is gesteld, niet de betekenis worden toegekend die verweerder daaraan gehecht wil zien. Uit hetgeen partijen ter zitting over en weer hebben verklaard, wordt niet aannemelijk dat de omstandigheid dat deze beleidsregel niet langer van kracht is, daadwerkelijk compensatie biedt voor vergoeding van de kosten van besmettingen met MRSA in de omvang waarin deze zich in de Kempenhof heeft voorgedaan.
5.8 Het vorenstaande leidt tot de slotsom dat het bestreden besluit in strijd met het evenredigheidsbeginsel is genomen. Verweerder had, in verband met het bepaalde bij artikel 4:84 Awb aanleiding moeten zien om appellante in afwijking van het geldende beleid tegemoet te komen.
5.9 Verweerder zal na vernietiging van het bestreden besluit opnieuw op appellantes bezwaren moeten beslissen met inachtneming van deze uitspraak. De in verband met de MRSA besmetting te vergoeden kosten dienen los te staan van het thans voor de bepaling van het budget van appellante toepasselijke "boter bij de vis principe". Bij de beoordeling van de door appellante opgevoerde posten kan de Beleidsregel MRSA als leidraad dienen, aangezien deze de neerslag vormt van de sinds 1999 nader ontwikkelde inzichten omtrent de in verband met MRSA buiten het normaal ondernemersrisico vallende - en derhalve in redelijkheid te vergoeden - kostenposten.
5.10 Het betaalde griffierecht dient aan appellante te worden vergoed.
5.11 Het College vindt aanleiding verweerder op grond van artikel 8:75, eerste lid, Awb, te veroordelen in de proceskosten van appellante en kent overeenkomstig het Besluit proceskosten Bestuursrecht één punt toe voor het beroepschrift en één punt voor het verschijnen ter zitting met wegingsfactor 1 per punt.