5. De beoordeling van het geschil
5.1 In geschil is of verweerder de kosten van machines en apparatuur die als projectkosten bij de vaststelling van de subsidie in aanmerking komen, juist heeft vastgesteld.
5.2 Ingevolge artikel 4, eerste lid, aanhef en onder a, onder 3°, Besluit worden de kosten van aangeschafte machines en apparatuur uitsluitend als projectkosten in aanmerking genomen indien zij rechtstreeks aan de uitvoering van het project zijn toe te rekenen waarbij wordt uitgegaan van afschrijvingstermijnen op basis van de historische aanschafwaarde, een lineaire afschrijvingsmethode en een levensduur van vijf jaar. In de in rubriek 2.1 van deze uitspraak geciteerde Nota van Toelichting bij het Besluit is toegelicht dat de afschrijvingskosten in aanmerking worden genomen voor zover deze zijn toe te rekenen aan het project en dat dit geschiedt naar evenredigheid van de tijd gedurende welke de machines worden gebruikt voor het project.
5.3 Het College overweegt dat appellante in de loop van de procedure over haar aanvraag om subsidie drie keer een inschatting heeft gemaakt van de kosten voor machines en apparatuur. Bij haar subsidieaanvraag van april 2001 heeft appellante deze kosten door middel van (in)schatting begroot op EUR 680.680,31. Bij brief van 22 augustus 2003 heeft appellante deze kosten begroot op EUR 671.519,-. Hiertoe is, naar appellante in haar document getiteld "WATERLAND project binnen het NOB" heeft aangegeven, gekeken naar de apparatuur en de software die zullen worden aangeschaft en is een inschatting gemaakt in hoeverre deze door het project gebruikt zullen worden. Bij brief van 8 december 2003 heeft appellante een nieuwe begroting van de aan dit project toerekenbare kosten van apparatuur overgelegd. In dit document zijn de projectkosten begroot op EUR 598.183,-.
Naar het oordeel van het College is verweerder bij de vaststelling van de kosten van machines en apparatuur die voor subsidie in aanmerking komen ten onrechte voorbij gegaan aan de door appellante overgelegde gegevens over de rechtstreeks aan het project toerekenbare kosten van apparatuur. Anders dan verweerder is het College van oordeel dat appellante voldoende onderbouwde informatie over de kosten van apparatuur heeft verstrekt om op basis daarvan over de verlening van subsidie te kunnen beslissen. Het College overweegt hiertoe het volgende.
Appellante heeft bij voornoemde brief van 8 december 2003 een gedetailleerd kostenoverzicht verstrekt dat is opgesteld met gebruikmaking van de toen beschikbare meest recente offerte van de leverancier Sony. Dit document laat de kosten van de apparatuur zien per onderdeel waarbij tevens per kalenderkwartaal een bepaald gebruikspercentage is aangegeven. Bij brief van 19 maart 2004 heeft appellante aangegeven dat de gebruikspercentages zijn berekend op basis van een normbezetting van 1600 uur per jaar, gelijk aan de voorschreven jaarurennorm voor medewerkers. Appellante heeft daarmee, mede gezien de informatie die appellante bij de reeds genoemde brieven van 8 december 2003 en 19 maart 2004 over de inzet van de apparatuur in de werkpakketten van het project heeft verstrekt, de aangegeven gebruikspercentages voldoende onderbouwd. Het College ziet in de stukken geen aanknopingpunten voor het oordeel dat deze begroting van toerekenbare kosten voor apparatuur onredelijk hoog zou zijn. De stelling van verweerder dat de door appellante aangegeven gebruiksintensiteit gezien zijn ervaringen met andere projecten te hoog zou zijn, is niet met inhoudelijke argumenten onderbouwd en biedt dan ook onvoldoende handvat om tot een ander oordeel te komen.
5.4 Het College overweegt voorts dat de door appellante gebruikte rekenmethode voor de toerekening van de kosten van de machines en apparatuur aan het project in overeenstemming is met de bepalingen in artikel 4, eerste lid, aanhef en onder a, onder 3°, Besluit. Appellante heeft bovendien naar de eis van verweerder rekening gehouden met de gebruiksintensiteit van de apparatuur gedurende de looptijd van het project door alleen die uren die de apparatuur daadwerkelijk voor onderzoek ten behoeve van het project zal worden gebruikt mee te nemen in haar begroting van de kosten.
Verweerder heeft betoogd dat uit de door appellante geleverde informatie onvoldoende blijkt in welke werkpakketten van het project de apparatuur gebruikt gaat worden in relatie tot de in de aanvraag genoemde onderzoeksvragen. Het College kan verweerder niet volgen in dit betoog, reeds omdat artikel 4, eerste lid, aanhef en onder a, Besluit geen grondslag biedt voor de door verweerder gewenste uitsplitsing van kosten naar onderzoeksvragen. Immers, artikel 4, eerste lid, aanhef en onder a, Besluit spreekt van aan het project toe te rekenen kosten en niet van aan de verschillende onderzoeksvragen toe te rekenen kosten. Daarbij komt dat appellante in haar brieven van 22 augustus 2003, 8 december 2003 en 19 februari 2004 uitgebreid is ingegaan op de vragen van verweerder. Voor zover verweerder hieromtrent nog informatie miste heeft verweerder naar het oordeel van het College onvoldoende duidelijk gemaakt welke informatie van appellante nog noodzakelijk was.
Naar het oordeel van het College had verweerder dan ook de begroting van appellante, overgelegd bij brief van 8 december 2003, ten grondslag moeten leggen aan zijn beslissing op het bezwaar tegen het niet verlenen van subsidie voor de aanschaf van machines en apparatuur voor dit project van appellante.
5.5 Met betrekking tot de door verweerder gestelde noodzaak om reeds in de verleningsfase nauwkeurig onderzoek te doen naar de voor subsidie in aanmerking komende kosten, aangezien artikel 4:6 Awb de mogelijkheden beperkt om de subsidie lager dan overeenkomstig de subsidieverlening vast te stellen, overweegt het College dat appellante na afloop van het project bij de aanvraag tot subsidievaststelling rekening en verantwoording dient af te leggen omtrent de aan de activiteiten van het project verbonden uitgaven. Indien achteraf vast zou komen te staan dat bepaalde voor subsidie in aanmerking gebrachte kosten niet voldoen aan de voorwaarden van - artikel 4 van - het Besluit, kunnen die kosten bij de vaststelling van de subsidie op grond van artikel 22 van het Besluit alsnog buiten beschouwing worden gelaten.
5.6 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat de door verweerder gegeven motivering voor diens vaststelling van de hoogte van de kosten van aangeschafte machines en apparatuur welke voor subsidieverlening in aanmerking komen, het bestreden besluit niet kan dragen. Het College acht het bestreden besluit dan ook in strijd met artikel 7:12, eerste lid, Awb.
5.7 Het vorenoverwogene leidt tot de slotsom dat het beroep gegrond is en dat het bestreden besluit dient te worden vernietigd. Verweerder zal opnieuw op de bezwaren van appellante moeten beslissen, met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen. Aangezien verweerder reeds over alle noodzakelijke gegevens beschikt, zal het College verweerder hiervoor een termijn van vier weken stellen.
Verweerder wordt in de door appellante gemaakte proceskosten veroordeeld, waarbij met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht het gewicht van de zaak wordt bepaald op één, en voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand (het indienen van een beroepschrift, het verschijnen ter zitting) twee punten worden toegekend.