4. Het standpunt van appellante
4.1 Appellante heeft ter ondersteuning van haar beroep in de eerste plaats verwezen naar de beroepsgronden die zijn aangevoerd in het onder nr. AWB 03/1107 ingediende beroep, waarin eveneens heden uitspraak is gedaan en heeft aldus, samengevat weergegeven, het volgende tegen het bestreden besluit aangevoerd.
4.1.1 De Wijzigingsregeling is onverbindend omdat de inhoud daarvan in strijd is met het doel van de Wva.
Door de wijziging van de Afbakeningsregeling worden alle innovatieve activiteiten en ontwikkelingen die via klassieke veredeling tot stand komen bij voorbaat van de Wva uitgesloten, uitsluitend en alleen omdat ze via klassieke veredeling plaatsvinden. Dit is volstrekt willekeurig en in strijd met de bedoeling van de Wva, zoals die in artikel 1, eerste lid, aanhef en onder n, van de Wva tot uitdrukking is gebracht. Deze bepaling definieert "speur- en ontwikkelingswerk" in algemene termen, hetgeen wordt uitgewerkt in de Afbakeningsregeling. Weliswaar kunnen werkzaamheden die onder de definitie van speur- en ontwikkelingswerk vallen ook bij de Afbakeningsregeling worden uitgesloten van de Wva, doch hieraan dient dan wel een zorgvuldige belangenafweging ten grondslag te liggen. Een zodanige belangenafweging is bij de uitsluiting van klassieke veredelingswerkzaamheden van de Wva niet gemaakt, doch had ten gunste van appellante en vele andere veredelingsbedrijven behoren uit te vallen.
Klassieke veredeling voldoet aan de doelstelling van de Wva; het is een proces dat juist in essentie is gericht op de ontwikkeling van nieuwe fysieke producten met specifieke karaktereigenschappen. Weliswaar hebben bepaalde plantenveredelingsactiviteiten wellicht een routinematig karakter, doch alle activiteiten waaruit veredelingswerk bestaat hangen zeer nauw met elkaar samen en zijn uitermate innovatief. Hierachter zit namelijk de idee om technisch nieuwe fysieke producten (bijv. zaden) met technisch nieuwe eigenschappen te ontwikkelen (bijv. verbetering ziekteresistenties). Hierop is het veredelingsonderzoek ook gericht. De uitkomsten van een veredelingsproces staan niet van tevoren vast - voortdurend bestaat er onzekerheid over het bereiken van het kruisingsresultaat - en er is dus sprake van een hoge mate van technische onzekerheid.
Daarnaast is het begrip "klassieke veredeling" onvoldoende onderscheidend om als criterium te kunnen dienen voor het van de Wva uitzonderen van klassieke veredelingswerkzaamheden omdat deze als routinematig en niet innovatief zouden moeten worden beschouwd. Hierbij moet in aanmerking worden genomen dat er thans twee manieren zijn waarop veredeling van planten plaatsvindt, te weten genetische modificatie en klassieke veredeling, en dat door de wijziging van de Afbakeningsregeling alleen nog veredeling via genetische modificatie onder de Wva valt. De veredelingsactiviteiten die volgens de thans geldende Afbakeningsregeling niet meer in aanmerking komen voor een S&O-verklaring, moeten echter wel degelijk worden aangemerkt als speur- en ontwikkelingswerk, in de zin van de Wva; gelet op het generieke karakter van deze regeling, zou de manier waarop het genetisch materiaal wordt ingebouwd - via genetische modificatie dan wel klassieke veredeling - niet ter zake moeten doen.
Ten slotte staat de uitsluiting van klassieke veredeling van de Wva in schril contrast met de bij de opening van het academisch jaar door premier Balkenende gehouden lezing over innovatiebeleid, waarbij juist de Nederlandse bloemensector werd genoemd als voorbeeld van een sector die door de kennis van plantenveredelingstechnieken een vooraanstaande positie op de wereldmarkt heeft verworven. Dat klassieke veredeling ten onrechte van de Wva was uitgesloten heeft verweerder kennelijk ook zelf ingezien, getuige het feit dat hij de in geding zijnde wijziging met ingang van 1 januari 2004 weer ongedaan heeft gemaakt.
4.1.2 De Wijzigingsregeling is onverbindend omdat deze regeling in strijd met het rechtszekerheids- en vertrouwensbeginsel tot stand is gekomen.
Op zichzelf staat het verweerder vrij een regeling als de Afbakeningsregeling te wijzigen en daarbij de zogeheten "onmiddellijke werking" als uitgangspunt te nemen, doch nu de rechtszekerheid van burgers en bedrijven hier in het geding is, behoeft onmiddellijke inwerkingtreding van de Wijzigingsregeling rechtvaardiging. Overigens wordt ook in de door verweerder overgelegde notitie van de Staatssecretaris van Financiën uit 1996 met zoveel worden gezegd dat het toekennen van eerbiedigende of uitgestelde werking onder omstandigheden wenselijk kan zijn, in het bijzonder wanneer de rechtszekerheid van burgers en/of instanties in het geding is. Gelet op alle in aanmerking te nemen belangen ontbreekt in dit geval de rechtvaardiging voor onmiddellijke inwerkingtreding van de Wijzigingsregeling.
Op het moment waarop appellante haar aanvraag om een S&O-verklaring indiende, was nog niet bekend welke wijzigingen zouden worden doorgevoerd met betrekking tot klassieke veredelingswerkzaamheden. De publicaties waarnaar verweerder heeft verwezen, ten betoge dat de inhoud van de gewijzigde Afbakeningsregeling reeds vóór de inwerkingtreding hiervan was aangekondigd, maken weliswaar melding van op handen zijnde wijzigingen, waaronder aanscherping van de Afbakeningsregeling, doch in deze publicaties is nergens aangegeven om welke wijzigingen met betrekking tot klassieke veredelingswerkzaamheden het precies zou gaan. Eerst door middel van een brief van 9 januari 2003 heeft Senter aan diverse bedrijven in de veredelingsbranche, waaronder appellante, laten weten dat alle werkzaamheden met betrekking tot klassieke veredeling worden uitgesloten van de Wva. Appellante kon deze wijziging derhalve niet voorzien ten tijde van de indiening van haar aanvraag, behoefde er niet op bedacht te zijn en kon er dus ook geen rekening mee houden. Aangezien appellantes aanvragen om S&O-verklaringen jarenlang zijn gehonoreerd en de aanvraag voor de eerste helft van 2003 betrekking had op dezelfde werkzaamheden als waarvoor voordien verklaringen zijn afgegeven, is bij appellante de gerechtvaardigde verwachting gewekt dat laatstbedoelde aanvraag zou worden beoordeeld aan de hand van de regelgeving, waaraan ook haar aanvragen om S&O-verklaringen voor de voorgaande tijdvakken zijn getoetst.
In aanmerking genomen de belangen die hem ten tijde van de totstandkoming van de Wijzigingsregeling bekend waren of behoorden te zijn, had verweerder deze regeling niet in redelijkheid met ingang van 14 december 2002 in werking mogen laten treden. Verweerder had dan ook een overgangsregeling moeten treffen voor de behandeling en beoordeling van reeds vóór de inwerkingtreding van de Wijzigingsregeling ingediende aanvragen, althans tot een minder ingrijpende wijziging behoren te komen.
Wat betreft verweerders belang bij een zo late en ingrijpende wijziging van de Afbakeningsregeling zonder overgangsregeling is niet duidelijk om welke redenen dit noodzakelijk dan wel wenselijk is. De door verweerder in het bestreden besluit gestelde bezuinigingsnoodzaak is in ieder geval niet te rijmen met het beleidskader zoals dit is neergelegd in het "Hoofdlijnenakkoord voor het kabinet CDA, VVD, D66" van 16 mei 2003. Van enig ander belang van verweerder dan de noodzaak tot bezuiniging is niet gebleken. Hiertegenover staat dat de belangen van appellante bij een positieve beslissing op haar aanvraag groot zijn, gegeven het feit dat het gaat om een project met een lange looptijd, waarvoor gedurende jaren achtereen S&O-verklaringen zijn afgegeven, en dat appellante bij het opzetten van meerjarenprogramma's rekening heeft gehouden met deze jaarlijkse "subsidie". De plotselinge uitsluiting van klassieke plantenveredeling van de Wva heeft tot gevolg dat het onderhavige project in veel beperktere omvang zal kunnen voortgezet, met alle gevolgen van dien.
Gelet op de in geding zijnde belangen, alsmede in aanmerking genomen dat aan het indienen van een S&O-verklaring jarenlange kosten en inspanningen verbonden zijn, kan appellante aanspraak maken op beoordeling en afhandeling van haar aanvraag conform de op dat moment vigerende Afbakeningsregeling. Van belang in dit verband is de uitspraak van de voorzieningenrechter van het College van 30 januari 2003 inzake de EINP-regeling (nr. AWB 02/1887; te raadplegen op de website www.rechtspraak.nl onder LJN-nummer AF4868; gepubliceerd in AB 2003/210 en JB 2003/90). Hoewel dat geval op diverse punten verschilt van het onderhavige geval, wordt in deze uitspraak wel bevestigd de al langer in de literatuur en jurisprudentie heersende opvatting, dat uit het oogpunt van het rechtszekerheidsbeginsel en - in het verlengde hiervan - het vertrouwensbeginsel de onmiddellijke werking van een regeling als de Wijzigingsregeling rechtvaardiging behoeft, alsmede dat evengenoemde beginselen met zich kunnen brengen dat aanvragen worden behandeld conform het ten tijde van de aanvragen geldende rechtsregime.
Weliswaar heeft het College in zijn uitspraak van 12 september 2003 (nr. AWB 03/648; te raadplegen op de website www.rechtspraak.nl onder LJN-nummer AN8225) ten principale geoordeeld dat het getroffen overgangsrecht in de EINP-regeling niet onverbindend was, doch de desbetreffende uitspraak kan niettemin toch een rol spelen bij de beoordeling van het onderhavige geschil. Van belang in dit verband is dat bij toepassing op de onderhavige kwestie van de twee in het kader van de belangenafweging in de EINP-zaak van belang geachte factoren - de aard van de EINP-regeling en de redenen die aan de invoering van de gewijzigde EINP-regeling ten grondslag lagen - direct duidelijk wordt dat de feiten en omstandigheden in de EINP-zaak anders liggen dan in de onderhavige kwestie.
4.1.3 Subsidiair: voorzover verweerder in het bestreden besluit heeft overwogen dat de totstandkoming van de gewijzigde Afbakeningsregeling niet in strijd is met het rechtszekerheids- en het vertrouwensbeginsel, is het niet deugdelijk gemotiveerd, althans onzorgvuldig tot stand gekomen.
Verweerder is in het bestreden besluit onvoldoende ingegaan op appellantes belangen, hoewel appellante in bezwaar naar voren had gebracht wat precies haar belangen zijn en hoe haar projecten er uit zien. In het bestreden besluit is niet aangegeven of inzichtelijk gemaakt welke belangen zijn afgewogen en op welke wijze de belangenafweging, die ten grondslag ligt aan zijn keuze om de gewijzigde Afbakeningsregeling zonder overgangsregeling in werking te laten treden, heeft plaatsgevonden. Evenmin is in het bestreden besluit aangegeven op welke essentiële punten de onderhavige casus verschilt van die van de hiervoor genoemde, ook in bezwaar door appellante ter sprake gebrachte, uitspraak van de voorzieningenrechter van het College van 30 januari 2003.
4.2 In aanvulling hierop heeft appellante, samengevat weergegeven, nog het volgende tegen het bestreden besluit aangevoerd.
Activiteiten rond het speuren naar en ontwikkelen van nieuwe wortelrassen zijn de enige werkzaamheden die binnen appellantes bedrijf worden verricht. Doordat appellante alleen maar werknemers in dienst heeft die uitsluitend deze werkzaamheden verrichten en de totale loonsom dus uitsluitend hierop betrekking heeft, wordt zij door het volledig stopzetten van de afdrachtvermindering zwaarder getroffen dan andere bedrijven met een vergelijkbare totale loonsom waar niet uitsluitend speur- en ontwikkelingswerk wordt verricht.
Ten opzichte van andere gewassen worden bij het veredelen van wortels, een tweejarig gewas, minder generaties verkregen, waardoor de kosten van wortelveredeling aanzienlijk hoger zijn dan die van de veredeling van niet-tweejarige groentegewassen. Appellante, voor wie het niet mogelijk is om op commerciële basis een ander gewas dan wortels te gaan veredelen, is dan ook voor haar enige bedrijfsactiviteit sterker afhankelijk van de S&O-vermindering dan andere bedrijven die niet exclusief een tweejarig gewas veredelen. Hierbij dient voorts in aanmerking te worden genomen dat de risico's ten aanzien van het uiteindelijk te bereiken resultaat - verkrijging van een nieuw of verbeterd ras - bij klassieke veredeling veel groter zijn dan die van niet-klassieke veredeling, die immers onder laboratoriumomstandigheden plaatsvindt. Daarnaast is de onzekerheid over het te bereiken resultaat bij klassieke veredeling groter dan bij niet-klassieke veredeling.
Het thans abrupt stopzetten van de S&O-afdrachtsvermindering moet worden beschouwd als een ernstige vorm van kapitaalvernietiging. De overname door appellante van het langlopende wortelveredelingsprogramma van Sunseeds Europe SARL, waarvoor sedert 1994 S&O-verklaringen waren afgegeven, was namelijk juist gebaseerd op de stimulerende werking die uitging van de regeling voor S&O-afdrachtsvermindering. Door de abrupte stopzetting hiervan is het voor appellante niet mogelijk gebleken tijdig uit te kijken naar mogelijke fusiepartners, ten einde de gestegen kosten ten gevolge van die stopzetting te kunnen spreiden. Om deze reden heeft verweerder het beginsel van de rechtszekerheid in ernstige mate geschonden.
Het criterium moet niet zijn of door middel van klassieke dan wel niet klassieke veredeling verbetering van een ras of een nieuw ras wordt bewerkstelligd, maar of het geen sier- dan wel groenteras betreft. Immers, door de klassieke veredeling van groentegewassen niet meer voor de S&O-afdrachtsvermindering in aanmerking te laten komen, worden consumenten van deze gewassen in hun voedselvoorziening bedreigd. Bedrijven als die van appellante kunnen dan namelijk niet meer met nieuwe, verbeterde gewassen innovatief inspelen op de vragen uit de markt. In het extreme geval leidt het afzien van klassieke veredeling van groentegewassen op termijn zelfs tot een volledige onmogelijkheid om dergelijke gewassen op commerciële basis te produceren.
Aangezien een toekenning van 0,00% afdrachtsvermindering leidt tot een dramatische verslechtering van de cash flow van appellante, doet zij een beroep op de hardheidsclausule. Hierbij wordt aangetekend dat een zekere minimum S&O-afdrachtsvermindering noodzakelijk is om op commerciële basis groentezaden te kunnen veredelen om met succes nieuwe, verbeterde rassen op de markt te kunnen brengen. In dit verband wordt er voorts op gewezen dat appellante niet kan bezuinigen op de loonkosten en dat zij, als enige speler op de markt voor wortelzaden, evenmin de verkoopprijs van wortelzaad eenzijdig kan verhogen zonder te worden geconfronteerd met een totaal verlies van haar omzet.
In tegenstelling tot hetgeen verweerder heeft gesteld, is appellante niet gebeld voordat zij het afwijzende besluit van 5 februari 2003 ontving.