Overwegingen
1. Aan het verlengingsbesluit heeft de staatssecretaris ten grondslag gelegd dat de nodige documentatie op zich laat wachten en dat de vreemdeling niet, althans onvoldoende, meewerkt aan de vaststelling van zijn identiteit en nationaliteit dan wel aan zijn vertrek. De staatssecretaris heeft beide gronden gemotiveerd door erop te wijzen dat, samengevat weergegeven, de Afghaanse autoriteiten alleen een reisdocument zullen afgeven, indien de vreemdeling verklaart dat hij vrijwillig wil terugkeren naar Afghanistan, hetgeen hij tot op heden heeft geweigerd.
Ter zitting van de rechtbank heeft de staatssecretaris medegedeeld dat de uitzetting van de vreemdeling naar Afghanistan niet afhankelijk is van een verklaring van de vreemdeling dat hij vrijwillig wil terugkeren naar zijn land van herkomst. De vreemdeling kan volgens de staatssecretaris tegen zijn wil worden uitgezet met gebruik van een zogenoemde EU-staat.
2. In de aangevallen uitspraak heeft de rechtbank overwogen dat de motivering die aan het verlengingsbesluit ten grondslag is gelegd en die de staatssecretaris ook na de zitting heeft gehandhaafd, niet juist is. Het ontbreken van een verklaring van vrijwillig vertrek is immers geen deugdelijke reden om de bewaring te verlengen, nu deze voor uitzetting niet vereist is. Dit betekent dat het verlengingsbesluit een deugdelijke motivering ontbeert en dan ook vernietigd dient te worden wegens strijd met artikel 3:46 van de Awb. Dit maakt de bewaring van de vreemdeling, gelet op artikel 59, vijfde lid, van de Vreemdelingenwet 2000 (hierna: de Vw 2000), met ingang van 9 december 2012, de eerste dag na het aflopen van de bewaringsperiode van zes maanden, onrechtmatig, aldus de rechtbank.
In de enige grief klaagt de staatssecretaris onder meer, samengevat weergegeven, dat de rechtbank, door aldus te overwegen, niet heeft onderkend dat hij in de gronden van het verlengingsbesluit gemotiveerd heeft gesteld dat de vreemdeling niet meewerkt aan zijn uitzetting. Dat de staatssecretaris thans het voornemen heeft om de vreemdeling met behulp van een EU-staat uit te zetten, laat onverlet dat de termijn van zes maanden is overschreden doordat de vreemdeling zijn vertrek frustreerde. Als de vreemdeling had meegewerkt, zou het niet nodig zijn geweest hem uit te zetten met behulp van een EU-staat, hetgeen meer tijd kost. Dit komt voor rekening en risico van de vreemdeling, aldus de staatssecretaris.
2.1. Niet in geschil is dat de vreemdeling weigert ten overstaan van de diplomatieke vertegenwoordiging van Afghanistan te verklaren dat hij vrijwillig naar dat land wil terugkeren. Evenmin is in geschil dat de diplomatieke vertegenwoordiging om die reden geen laissez passer voor hem wil verstrekken. In zijn verweerschrift in hoger beroep heeft de vreemdeling niet bestreden dat het verkrijgen van een EU-staat meer tijd kost.
2.2. Onder verwijzing naar de uitspraak van 4 september 2008 in zaak nr. 200805361/1 (www.raadvanstate.nl) overweegt de Afdeling dat niet is gebleken dat de door de vreemdeling bij zijn presentatie aan de diplomatieke vertegenwoordiging van Afghanistan af te leggen verklaring dat hij bereid is vrijwillig naar Afghanistan terug te keren een zodanige strekking heeft dat het afleggen daarvan verder gaat dan binnen het bestek van de op hem rustende verplichting Nederland uit eigen beweging te verlaten redelijkerwijs van hem zou kunnen worden verlangd.
Door er in het verlengingsbesluit op te wijzen dat de vreemdeling weigert een verklaring van deze strekking af te leggen, heeft de staatssecretaris derhalve voldoende gemotiveerd dat de vreemdeling niet meewerkt aan zijn uitzetting. Dat de staatssecretaris ter zitting van de rechtbank heeft verklaard dat de vreemdeling, ondanks die weigering, met behulp van een EU staat kan worden uitgezet, leidt niet tot een ander oordeel. De noodzaak om, na het doorlopen van de procedure ter verkrijging van een laissez passer, alsnog een EU-staat voor de vreemdeling te verkrijgen, is immers een direct gevolg van die weigering. De rechtbank heeft dan ook ten onrechte overwogen dat het verlengingsbesluit een deugdelijke motivering ontbeert.
De grief slaagt in zoverre.
3. Het hoger beroep is reeds hierom kennelijk gegrond. Hetgeen de staatssecretaris overigens in de grief heeft aangevoerd, behoeft derhalve geen bespreking. De aangevallen uitspraak dient te worden vernietigd. Doende hetgeen de rechtbank zou behoren te doen, zal de Afdeling het beroep van de vreemdeling tegen het verlengingsbesluit beoordelen in het licht van de daartegen in eerste aanleg voorgedragen beroepsgronden, voor zover daarop, na hetgeen hiervoor is overwogen, nog moet worden beslist.
4. In beroep heeft de vreemdeling aangevoerd dat het niet mogelijk is hem naar Afghanistan uit te zetten. Hij heeft een aanvraag om verlening van een verblijfsvergunning regulier voor bepaalde tijd onder de beperking 'het ondergaan van medische behandeling' ingediend en tegen de afwijzing daarvan bezwaar gemaakt. Er is onvoldoende garantie dat hem in Afghanistan de noodzakelijke en passende medische behandeling kan worden gegeven.
Voorts heeft de vreemdeling betoogd dat hij niet naar Afghanistan kan terugkeren, omdat uit een ter zitting van de rechtbank overgelegde verklaring van de Afghaanse autoriteiten blijkt dat hij aldaar gevaar loopt.
Ten slotte zullen de Afghaanse autoriteiten volgens de vreemdeling geen reisdocument voor hem afgeven, aangezien hij niet vrijwillig wil terugkeren. Voor zover de staatssecretaris heeft verklaard de vreemdeling na diens uitzetting te laten opnemen in een kliniek, is dat derhalve niet mogelijk. De verklaring van de staatssecretaris dat uitzetting kan plaatsvinden met gebruik van een EU-staat, vindt geen bevestiging in uitlatingen van de diplomatieke vertegenwoordiging van Afghanistan, aldus de vreemdeling.
4.1. Ingevolge artikel 8, aanhef en onder h en j, van de Vw 2000, voor zover thans van belang, heeft de vreemdeling in Nederland rechtmatig verblijf in afwachting van de beslissing op een bezwaarschrift, terwijl bij of krachtens deze wet of op grond van een rechterlijke beslissing uitzetting van de aanvrager achterwege dient te blijven totdat op het bezwaarschrift is beslist, of indien tegen de uitzetting beletselen bestaan als bedoeld in artikel 64.
Ingevolge artikel 64 van de Vw 2000, voor zover thans van belang, blijft uitzetting achterwege zolang het gelet op de gezondheidstoestand van de vreemdeling niet verantwoord is om te reizen.
Ingevolge artikel 73, eerste lid, van de Vw 2000, voor zover thans van belang, wordt de werking van het besluit tot afwijzing van de aanvraag opgeschort, totdat de termijn voor het maken van bezwaar is verstreken of, indien bezwaar is gemaakt, totdat op het bezwaar is beslist.
Ingevolge het vierde lid, is het eerste lid niet van toepassing, indien de vreemdeling rechtens zijn vrijheid is of wordt ontnomen op grond van artikel 59.
4.2. De vraag of gedwongen terugkeer naar Afghanistan met behulp van een EU-staat in beginsel mogelijk is, heeft de Afdeling bevestigend beantwoord in de uitspraak van 27 januari 2009 in zaak nr. 200808833/1 (www.raadvanstate.nl). De vreemdeling heeft geen feiten of omstandigheden naar voren gebracht die in zijn geval tot een ander oordeel kunnen leiden.
Het verlengingsbesluit bevat geen beslissing over de wijze waarop en de voorwaarden waaronder de uitzetting zal worden geëffectueerd. In het kader van de beoordeling van dat besluit is de vraag of de staatssecretaris voldoende heeft gegarandeerd dat de vreemdeling in Afghanistan de noodzakelijke en passende medische behandeling kan worden gegeven dan ook niet aan de orde. Niet is gebleken dat de vreemdeling een aanvraag om toepassing van artikel 64 van de Vw 2000 heeft ingediend. Voor zover hij heeft betoogd dat hij bezwaar heeft gemaakt tegen de afwijzing van zijn aanvraag om verlening van een verblijfsvergunning regulier voor bepaalde tijd onder de beperking 'het ondergaan van medische behandeling', heeft dit bezwaar, gelet op artikel 73, eerste en vierde lid, van de Vw 2000 geen schorsende werking.
Voor zover de vreemdeling heeft betoogd dat hij in Afghanistan gevaar loopt, faalt dit betoog reeds, omdat in het thans voorliggende beroep slechts de rechtmatigheid van het verlengingsbesluit ter toets staat. Het verdraagt zich niet met het stelsel van de Vw 2000 dat de rechter die over dit besluit oordeelt, zich daarbij tevens uitspreekt over de vraag of de vreemdeling een geslaagd beroep op de bescherming van artikel 3 van het Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden kan doen.
De beroepsgrond faalt.
5. In beroep heeft de vreemdeling voorts aangevoerd dat hij bij familieleden kan verblijven en dat de staatssecretaris derhalve kan volstaan met het toepassen van een lichter middel.
5.1. Gelet op overweging 2.2. heeft de staatssecretaris de vreemdeling terecht tegengeworpen dat hij niet, althans onvoldoende, meewerkt aan de vaststelling van zijn identiteit en nationaliteit dan wel aan zijn vertrek. De stelling van de vreemdeling dat hij bij familieleden kan verblijven, leidt niet tot een ander oordeel, reeds omdat hij deze niet heeft gestaafd.
Nu de vreemdeling voorts geen bijzondere feiten of omstandigheden heeft aangevoerd met betrekking tot zijn persoonlijke belangen die de maatregel onevenredig maken, heeft de staatssecretaris zich niet ten onrechte op het standpunt gesteld dat in het geval van de vreemdeling geen andere afdoende maar minder dwingende maatregelen dan de bewaring doeltreffend konden worden toegepast.
De beroepsgrond faalt.
6. Gelet op de overwegingen 4.2. en 5.1. zal de Afdeling het beroep van de vreemdeling tegen het verlengingsbesluit alsnog ongegrond verklaren. Er is geen grond voor schadevergoeding.
7. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.