Overwegingen
1. Onder de staatssecretaris wordt tevens verstaan: diens rechtsvoorgangers.
2. Bij besluit van 12 februari 2009 is de aan de vreemdeling verleende verblijfsvergunning asiel voor onbepaalde tijd met terugwerkende kracht ingetrokken. De vreemdeling verkeert daardoor vanaf het moment van de eerste asielaanvraag op 6 augustus 1997 en dus meer dan tien jaren in de omstandigheid dat hij niet over een verblijfsvergunning beschikt.
De rechtbank heeft overwogen dat de staatssecretaris in het bestreden besluit, hoewel de vreemdeling daar in zijn zienswijze op heeft gewezen, niet is ingegaan op de termijn van tien jaren die is gesteld in het door hem gevoerde beleid inzake vreemdelingen die niet beschikken over een verblijfsvergunning maar vanwege schending van artikel 3 van het Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden (hierna: het EVRM) niet kunnen worden uitgezet. Volgens de rechtbank berust het bestreden besluit derhalve op een ondeugdelijke motivering, zeker nu de genoemde termijn van tien jaren bij het nemen van dat besluit was verstreken.
3. De staatssecretaris klaagt in zijn enige grief dat hij zich in het bestreden besluit weliswaar niet heeft uitgelaten over de vraag of de vreemdeling zich al dan niet gedurende een periode van tien jaren zonder verblijfsvergunning in Nederland bevindt in de situatie dat hij vanwege schending van artikel 3 van het EVRM niet kan worden uitgezet, maar dat de rechtbank door te overwegen als zij heeft gedaan, heeft miskend dat hij in dat besluit voldoende gemotiveerd uiteengezet heeft dat de vreemdeling niet aannemelijk heeft gemaakt dat er geen vooruitzicht op verandering in Afghanistan is, noch dat hij zich voldoende heeft ingespannen om te voldoen aan zijn vertrekplicht. Immers verzet artikel 3 van het EVRM zich niet duurzaam tegen uitzetting als niet aan alle voorwaarden voor invulling van de term duurzaam – zoals vastgelegd in het beleid ter zake – wordt voldaan, aldus de staatssecretaris. Verder stelt de staatssecretaris dat het blijvend onthouden van een verblijfsvergunning aan de vreemdeling niet disproportioneel is te achten nu hij niet aannemelijk heeft gemaakt dat hij zich in Nederland in een uitzonderlijke situatie bevindt.
3.1. Paragraaf C4/3.11.3.4 van de Vreemdelingencirculaire 2000 (hierna: de Vc 2000), zoals deze luidde ten tijde van belang en voor zover thans relevant, luidt als volgt:
"De situatie kan zich voordoen dat aan de vreemdeling op grond van artikel 1F Vluchtelingenverdrag geen verblijfsvergunning asiel voor bepaalde tijd wordt verleend, maar dat tegelijkertijd aannemelijk is dat hij bij terugkeer een reëel risico loopt op een behandeling als bedoeld in artikel 3 EVRM. De vreemdeling bevindt zich dan in de situatie dat hem geen verblijfstitel wordt verleend, maar dat hij evenmin wordt uitgezet. De onderlinge verhouding tussen artikel 45 en artikel 29, eerste lid, Vw brengt met zich mee, dat zo enigszins mogelijk wordt voorkomen dat de vreemdeling in die situatie geraakt.
In deze gevallen wordt bij het nemen van het besluit beoordeeld:
a. of artikel 3 EVRM zich duurzaam verzet tegen uitzetting van de vreemdeling naar het land van herkomst; en, zo ja,
b. of het blijvend onthouden van een verblijfsvergunning disproportioneel is.
Ad a.
De term duurzaam houdt ten eerste in dat de vreemdeling zich op het moment dat het besluit wordt genomen reeds gedurende tien jaren zonder verblijfsvergunning in Nederland in de situatie bevindt dat hij wegens schending van artikel 3 EVRM niet kan worden uitgezet, te rekenen vanaf datum eerste asielaanvraag. De term duurzaam houdt verder in dat er geen vooruitzicht is op verandering in deze situatie binnen niet al te lange termijn. Voor een positieve beantwoording van de vraag onder a. dient de vreemdeling tot slot aannemelijk te hebben gemaakt dat vertrek naar een ander land dan het land van herkomst ondanks voldoende inspanningen van de vreemdeling om te voldoen aan zijn vertrekplicht niet mogelijk is."
3.2. Op grond van de uitspraak van de rechtbank van 18 mei 2006 in zaak nr. 04/13008 staat vast dat artikel 1F van het Verdrag betreffende de status van vluchtelingen op de vreemdeling van toepassing is. Verder moet uit het ter zake genoemde beleid, mede gelet op de daarop door de staatssecretaris in hoger beroep gegeven toelichting, worden afgeleid dat de in paragraaf C4/3.11.3.4, onder ad a, van de Vc 2000 opgenomen voorwaarden ter invulling van de term duurzaam cumulatief van aard zijn en dat de vreemdeling aan alle voorwaarden moet voldoen voordat kan worden aangenomen dat hij aannemelijk heeft gemaakt dat artikel 3 van het EVRM zich duurzaam verzet tegen uitzetting. De rechtbank is door te oordelen dat de staatssecretaris door niet in te gaan op de omstandigheid dat op het moment van het nemen van het bestreden besluit de in het beleid genoemde termijn van tien jaren was verstreken, dat besluit niet op deugdelijke wijze heeft gemotiveerd, voorbijgegaan aan het cumulatieve karakter van vorenbedoelde voorwaarden. Nu door de staatssecretaris is geconstateerd dat aan twee van de drie voorwaarden niet wordt voldaan, was niet meer van belang dat de termijn van tien jaren inmiddels was verstreken en behoefde de staatssecretaris daar derhalve niet nader op in te gaan. Reeds hierom slaagt de grief.
4. Het hoger beroep is kennelijk gegrond. De aangevallen uitspraak dient te worden vernietigd. De zaak wordt naar de rechtbank teruggewezen om te worden behandeld en beslist met inachtneming van hetgeen hiervoor is overwogen.
5. De Afdeling zal de proceskosten in hoger beroep vaststellen. De rechtbank dient over de vergoeding daarvan te beslissen.