Overwegingen
1. Onder de staatssecretaris wordt tevens verstaan: diens rechtsvoorgangers.
2. In de eerste, tweede en derde grief klaagt de vreemdeling dat de rechtbank ten onrechte aanleiding heeft gezien de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit van 24 november 2009 in stand te laten, omdat de gezinshereniging tussen haar en haar echtgenoot gezien moet worden als een zuivere interne situatie die enkel wordt beheerst door het nationale recht. Daartoe betoogt zij onder verwijzing naar de uitspraak van de Afdeling van 2 november 2011 in zaak nr. 201011940/1/V1 (www.raadvanstate.nl) dat het verkrijgen van de Nederlandse nationaliteit niet af kan doen aan de rechten die haar echtgenoot aan zijn hoedanigheid van burger van een andere lidstaat aan het Unierecht ontleent. Richtlijn 2004/38/EG van het Europees Parlement en de Raad van 29 april 2004 betreffende het recht van vrij verkeer en verblijf op het grondgebied van de lidstaten voor de burgers van de Unie en hun familieleden tot wijziging van verordening (EEG) nr. 1612/68 en tot intrekking van richtlijnen 64/221/EEG, 68/360/EEG, 72/194/EEG, 73/148/EEG, 75/34/EEG, 75/35/EEG, 90/364/EEG, 90/365/EEG en 93/96/EEG (PB 2004 L 158) (hierna: de richtlijn) is op haar, als zijn echtgenote, van toepassing, aldus de vreemdeling.
2.1. Niet in geschil is dat de echtgenoot van de vreemdeling tot aan zijn naturalisatie in Nederland heeft verbleven, terwijl hij in het bezit was van de Italiaanse nationaliteit, en hij in die hoedanigheid gebruik heeft gemaakt van zijn recht van vrij verkeer. In 1998 heeft hij de Nederlandse nationaliteit verkregen en sindsdien verblijft hij in Nederland met zowel de Nederlandse als de Italiaanse nationaliteit.
2.2. Zoals volgt uit voormelde uitspraak van de Afdeling van 2 november 2011, kan het bezitten van de Nederlandse nationaliteit niet afdoen aan de rechten die een hoofdpersoon aan zijn hoedanigheid van burger van een andere lidstaat aan het Unierecht ontleent. Voor die veronderstelling bestaat, gelet op de jurisprudentie van het Hof van Justitie, geen grond (zie onder meer het arrest van 7 juli 1992, C-369/90, Micheletti, punten 10 en 11, het arrest van 2 oktober 2003, C-148/02, Garcia Avello, punt 28, en - in het kader van het besluit nr. 1/80 van de Associatieraad EEG Turkije van 19 september 1980 betreffende de ontwikkeling van de Associatie - het arrest van 29 maart 2012 in gevoegde zaken C-7/10 en C 9/10, Kahveci en Inan, punt 41; www.curia.europa.eu). Nu niet in geschil is dat de echtgenoot van de vreemdeling gebruik heeft gemaakt van zijn recht van vrij verkeer, is de richtlijn, anders dan de rechtbank heeft overwogen, op de vreemdeling van toepassing. De grieven slagen.
3. Het hoger beroep is kennelijk gegrond. De aangevallen uitspraak dient te worden vernietigd, voor zover daarbij de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit van 24 november 2009 in stand zijn gelaten. Hetgeen voor het overige daartegen is aangevoerd, behoeft geen bespreking. Doende hetgeen de rechtbank zou behoren te doen, onderzoekt de Afdeling of er alsnog aanleiding is om met toepassing van artikel 8:72, derde lid, van de Awb de rechtsgevolgen van het besluit in stand te laten.
3.1. In het besluit van 24 november 2009 heeft de staatssecretaris zich op het standpunt gesteld dat de vreemdeling geen rechten kan ontlenen aan het Unierecht en zij ongewenst wordt verklaard op grond van artikel 67, eerste lid, aanhef en onder b, van de Vw 2000. Reeds omdat de staatssecretaris zich bij het besluit van 24 november 2009, gelet op hetgeen onder 2.2. is overwogen, ten onrechte op het standpunt heeft gesteld dat de richtlijn niet op de vreemdeling van toepassing is, is voor instandlating van de rechtsgevolgen van dat besluit geen plaats.
4. De staatssecretaris dient op na te melden wijze in de proceskosten te worden veroordeeld.