Overwegingen
1. Onder de staatssecretaris wordt tevens verstaan: diens rechtsvoorganger.
2. De vreemdeling klaagt in grief I dat de rechtbank ten onrechte voorbij is gegaan aan de voorgedragen beroepsgrond dat vanwege haar etnisch Armeense afkomst geen zicht op uitzetting naar Azerbeidzjan bestaat.
2.1. Ingevolge artikel 8:69, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: de Awb) doet de rechtbank uitspraak op de grondslag van het beroepschrift, de overgelegde stukken, het verhandelde tijdens het vooronderzoek en het onderzoek ter zitting.
2.2. Uit het proces-verbaal van het verhandelde ter zitting bij de rechtbank volgt dat de vreemdeling, onder verwijzing naar de algemene ambtsberichten van de minister van Buitenlandse Zaken inzake Azerbeidzjan van 30 maart 2010 en 23 mei 2012 (hierna: de ambtsberichten), heeft betoogd dat er voor etnisch Armeniërs geen zicht op uitzetting naar Azerbeidzjan bestaat.
2.3. Uit de aangevallen uitspraak blijkt niet dat de rechtbank de aldus door de vreemdeling voorgedragen beroepsgrond in haar beoordeling heeft betrokken. Aldus heeft de rechtbank in strijd met artikel 8:69, eerste lid, van de Awb, niet mede op grondslag van het verhandelde ter zitting uitspraak gedaan. De grief slaagt.
3. Het hoger beroep is gegrond. De aangevallen uitspraak dient te worden vernietigd. Grief II behoeft geen bespreking. Doende hetgeen de rechtbank zou behoren te doen, zal de Afdeling het besluit van 28 augustus 2012 beoordelen in het licht van de daartegen in eerste aanleg voorgedragen beroepsgronden, voor zover die gelet op hetgeen hiervoor is overwogen nog bespreking behoeven.
4. In paragraaf 3.4.1.1 onderscheidenlijk paragraaf 3.4.2.1 van de ambtsberichten staat vermeld dat terugkeer van etnisch Armeniërs, die oorspronkelijk uit Azerbeidzjan afkomstig zijn, naar Azerbeidzjan voor zover bekend nog steeds niet voorkomt.
4.1. De Afdeling heeft de staatssecretaris bij brief van 12 oktober 2012 onder meer verzocht aan te geven hoeveel aanvragen om afgifte van laissez passer in de jaren 2010, 2011 en 2012 bij de Azerbeidzjaanse autoriteiten zijn ingediend en hoeveel laissez passer daadwerkelijk zijn verstrekt. Daarbij heeft de Afdeling de staatssecretaris tevens verzocht aan te geven in hoeverre het aanvragen ten behoeve van in Azerbeidzjan geboren etnisch Armeniërs betrof.
Bij brief van 19 oktober 2012 heeft de staatssecretaris te kennen gegeven dat in 2010, 2011 onderscheidenlijk 2012 ongeveer 75, 105 onderscheidenlijk 95 aanvragen om afgifte van een laissez passer bij de Azerbeidzjaanse autoriteiten zijn ingediend en dat in die jaren achtereenvolgens dertien, negen en vier laissez passer zijn verstrekt. De etniciteit van de individuele vreemdelingen wordt niet geregistreerd, zodat niet is aan te geven of ook aan etnisch Armeniërs laissez passer voor Azerbeidzjan zijn verstrekt, aldus de staatssecretaris.
Ter zitting bij de Afdeling heeft de staatssecretaris te kennen gegeven dat in 2012 inmiddels zes laissez passer zijn verstrekt en dat het in geen van die gevallen een persoon betrof die stelde etnisch Armeniër te zijn.
Naar aanleiding van de bij de heropening van het onderzoek gestelde vragen heeft de staatssecretaris bij brief van 26 november 2012 te kennen gegeven dat uit onderzoek is gebleken dat de 22 personen aan wie in 2010 en 2011 een laissez passer is verstrekt hier te lande allen (minimaal) één asielprocedure hebben doorlopen. In combinatie met de door de Dienst Terugkeer & Vertrek verstrekte gegevens is aan de hand van de bij de Immigratie- en Naturalisatiedienst aanwezige verslagen van het eerste en nader gehoor zoals die in de asielprocedures zijn opgesteld, onderzocht welke etniciteit de betrokken vreemdelingen in die procedures stelden te hebben. Uit dit onderzoek is gebleken dat een laissez passer is verstrekt aan een vreemdeling met een gestelde gemengde etnische afkomst (vader etnisch Azeri en moeder etnisch Armeens). Deze vreemdeling is op 4 januari 2011 uitgezet. Voorts is een laissez passer verstrekt aan een persoon die in zijn eerste asielaanvraag stelde van etnisch Armeense afkomst te zijn, maar die in het kader van een opvolgende asielaanvraag verklaarde een valse naam en een onjuiste etniciteit te hebben opgegeven. In de opvolgende asielprocedure stelde deze persoon etnisch Azeri te zijn. Het laissez passer is hem op basis van de in de opvolgende asielprocedure genoemde persoonsgegevens verstrekt. Deze vreemdeling is met behulp van de IOM vrijwillig teruggekeerd. De overige laissez passer zijn volgens de staatssecretaris verstrekt aan personen met een andere gestelde etniciteit dan de Armeense.
4.2. Uit de door de staatssecretaris verstrekte inlichtingen kan worden afgeleid dat in 2010 en 2011 21 laissez passer zijn verstrekt aan personen van een andere gestelde etniciteit dan de Armeense.
Wat betreft de verstrekte laissez passer aan een vreemdeling met een gesteld gemengde etnische afkomst kan niet worden uitgesloten dat deze laissez passer is verleend wegens de door de betrokken vreemdeling gestelde Azerische etniciteit van zijn vader.
Gelet hierop en in aanmerking genomen dat in 2012 geen laissez passer zijn verstrekt aan vreemdelingen die hebben gesteld etnisch Armeens te zijn, moet worden geconcludeerd dat de Azerbeidzjaanse autoriteiten feitelijk geen laissez passer verstrekken voor de gedwongen verwijdering van vreemdelingen die stellen etnisch Armeens te zijn. Daaruit volgt dat het zicht op uitzetting voor gesteld etnisch Armeniërs naar Azerbeidzjan ontbreekt en dat de aan de vreemdeling opgelegde maatregel van bewaring van aanvang af onrechtmatig moet worden geacht.
De beroepsgrond slaagt.
5. Het beroep van de vreemdeling tegen het besluit van de minister van 28 augustus 2012 is reeds hierom gegrond. De overige beroepsgronden behoeven geen bespreking. De vrijheidsontnemende maatregel dient met ingang van heden te worden opgeheven. Aan de vreemdeling wordt met toepassing van artikel 106, eerste lid, van de Vreemdelingenwet 2000 na te melden schadevergoeding toegekend over de periode van 28 augustus 2012 tot 10 december 2012, de dag waarop de vrijheidsontnemende maatregel is opgeheven.
6. De staatssecretaris dient op na te melden wijze tot vergoeding van de proceskosten te worden veroordeeld.