Overwegingen
1. In zijn grief klaagt de vreemdeling, samengevat weergegeven, dat de rechtbank heeft miskend dat uit de door hem overgelegde stukken blijkt dat christenen in Iran als vluchteling moeten worden beschouwd en dat hij vanwege zijn bekering gegronde vrees heeft voor vervolging. Daarnaast betoogt hij dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat van hem mag worden verwacht dat hij terughoudend zal zijn in het uitkomen, uitdragen en overdragen van zijn geloofsovertuiging.
2. Ingevolge artikel 1(A), onder 2, van het Verdrag betreffende de status van vluchtelingen (hierna: het Vluchtelingenverdrag) geldt, voor zover thans van belang, voor de toepassing van het verdrag als 'vluchteling' elke persoon: die uit gegronde vrees voor vervolging wegens zijn ras, godsdienst, nationaliteit, het behoren tot een bepaalde sociale groep of zijn politieke overtuiging, zich bevindt buiten het land waarvan hij de nationaliteit bezit, en die de bescherming van dat land niet kan of, uit hoofde van bovenbedoelde vrees, niet wil inroepen, of die, indien hij geen nationaliteit bezit en verblijft buiten het land waar hij vroeger zijn gewone verblijfplaats had, daarheen niet kan of, uit hoofde van bovenbedoelde vrees, niet wil terugkeren. Ingevolge artikel 10, eerste lid, van het Handvest van de grondrechten van de Europese Unie heeft eenieder recht op vrijheid van gedachte, geweten en godsdienst. Dit recht omvat tevens de vrijheid om van godsdienst of overtuiging te veranderen, alsmede de vrijheid hetzij alleen, hetzij met anderen, zowel in het openbaar als privé, zijn godsdienst te belijden of overtuiging tot uitdrukking te brengen in erediensten, in onderricht, in praktische toepassing ervan en in het onderhouden van geboden en voorschriften. Volgens artikel 9, eerste lid, van de richtlijn moeten, voor zover thans van belang, daden van vervolging in de zin van artikel 1(A) van het Vluchtelingenverdrag: a) zo ernstig van aard zijn of zo vaak voorkomen dat zij een ernstige schending vormen van de grondrechten van de mens, met name de rechten ten aanzien waarvan geen afwijking mogelijk is uit hoofde van artikel 15, tweede lid, van het Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden; Volgens het derde lid, moet, overeenkomstig artikel 2, aanhef en sub c, er een verband zijn tussen de in artikel 10 genoemde redenen en de daden die als vervolging worden aangemerkt in de zin van het eerste lid. Volgens artikel 10, eerste lid, aanhef en onder b, houden de lidstaten bij de beoordeling van de gronden van vervolging rekening met het element dat het begrip godsdienst met name omvat theïstische, niet theïstische en atheïstische geloofsovertuigingen, het deelnemen aan of het zich onthouden van formele erediensten in de particuliere of openbare sfeer, hetzij alleen of in gemeenschap met anderen, andere religieuze activiteiten of uitingen, dan wel vormen van persoonlijk of gemeenschappelijk gedrag die op een godsdienstige overtuiging zijn gebaseerd of daardoor worden bepaald. Volgens artikel 13 verlenen de lidstaten de vluchtelingenstatus aan een onderdaan van een derde land of staatloze die overeenkomstig de hoofdstukken II en III als vluchteling wordt erkend.
2.1. De artikelen 9 en 10 van de richtlijn zijn, voor zover thans van belang, geïmplementeerd in artikel 1, aanhef en onder l, en artikel 29, eerste lid, aanhef en onder a, van de Vreemdelingenwet 2000 en de artikelen 3.36 en 3.37 van het Voorschrift Vreemdelingen 2000 (hierna: het VV 2000).
2.2. In het besluit van 13 juli 2007, nr. 2007/15 en het daaropvolgende besluit van 9 november 2011, nr. 2011/14, houdende wijziging van de Vreemdelingencirculaire 2000 (Stcrt. 27 juli 2007, nr. 143, blz. 8; hierna: WBV 2007/15; respectievelijk Stcrt. 15 november 2011, nr. 20850, blz. 1; hierna: WBV 2011/14) heeft de minister zijn beleid voor christenen in Iran geformuleerd. De minister heeft zich in zijn hogerberoepschrift in zaak nr. 201205451/1/V2, waarop de Afdeling bij uitspraak van heden heeft beslist (de uitspraak is ter voorlichting van partijen aangehecht), op het standpunt gesteld dat het beleid voor christenen in WBV 2011/14 een continuering is van het beleid neergelegd in WBV 2007/15. Aan dat beleid ligt ten grondslag dat in Iran christenen niet actief worden vervolgd, indien zij binnen bepaalde grenzen opereren, een laag profiel aanhouden en niet wegens andere problemen de negatieve aandacht op zich vestigen, aldus de minister.
3. De rechtbank heeft, voor zover thans van belang, overwogen dat uit het ambtsbericht van de minister van Buitenlandse Zaken inzake Iran van augustus 2011 naar voren komt dat de meeste volgelingen van christelijke kerken in Iran goed in staat zijn hun geloofsovertuiging te belijden, zolang men een laag profiel aanhoudt. Van de vreemdeling mag worden verwacht dat hij terughoudend zal zijn in het uitdragen van zijn geloofsovertuiging. Het betoog van de vreemdeling, onder verwijzing naar de artikelen 9 en 10 van de richtlijn, dat hij in Iran wil uitkomen voor zijn geloof, dit wil uitdragen en aan anderen wil overdragen, leidt niet tot een ander oordeel. De bescherming geboden door deze artikelen gaat niet zo ver dat het er toe verplicht daadwerkelijke bescherming te bieden tegen elke mogelijke aantasting van de geloofsovertuiging elders in de wereld, aldus de rechtbank.
4. In het arrest heeft het Hof, voor zover thans van belang, overwogen (cursivering Afdeling): "62. Om concreet te bepalen welke handelingen kunnen worden geacht een vervolging in de zin van artikel 9, lid 1, sub a, van de richtlijn te vormen, is het onderscheid tussen de handelingen die een "kerngebied” ("forum internum”) van het grondrecht op godsdienstvrijheid aantasten, waaronder niet de godsdienstige activiteiten in het openbaar ("forum externum”) vallen, en die welke dit gestelde "kerngebied” niet aantasten, niet relevant. […] 70. […] De subjectieve omstandigheid dat het in het openbaar beleven van een bepaalde godsdienstige praktijk, waartegen de betwiste beperkingen zijn gericht, bijzonder belangrijk is voor de betrokkene om zijn godsdienstige identiteit te bewaren, vormt een relevante factor bij de beoordeling van het gevaar waaraan de verzoeker wegens zijn godsdienst in zijn land van herkomst zal worden blootgesteld, zelfs indien voor de betrokken religieuze gemeenschap het beleven van een dergelijke godsdienstige praktijk niet bepalend is.
[…]
72. […] dat artikel 9, lid 1, sub a, van de richtlijn aldus moet worden uitgelegd dat […] een daad van vervolging het resultaat kan zijn van een aantasting van de uiterlijke beleving van die vrijheid, en bij de beoordeling of een aantasting van het recht op godsdienstvrijheid die artikel 10, lid 1, van het Handvest schendt een "daad van vervolging” vormt, de bevoegde autoriteiten, gelet op de persoonlijke situatie van de betrokkene, moeten onderzoeken of deze op grond van de uitoefening van die vrijheid in zijn land van herkomst een werkelijk gevaar loopt om met name te worden vervolgd of te worden onderworpen aan onmenselijke of vernederende behandelingen of straffen die afkomstig zijn van een van de in artikel 6 van de richtlijn bedoelde actoren. […] 79. […] dat wanneer vaststaat dat de betrokkene bij zijn terugkeer naar zijn land van herkomst op grond van een godsdienstige praktijk een daadwerkelijk gevaar van vervolging loopt, hem overeenkomstig artikel 13 van de richtlijn de vluchtelingenstatus moet worden verleend. Dat hij het gevaar uit de weg kan gaan door af te zien van bepaalde godsdienstige handelingen is, in beginsel, niet relevant. 80. […] dat artikel 2, sub c, van de richtlijn aldus moet worden uitgelegd dat de vrees voor vervolging van de verzoeker gegrond is zodra de bevoegde autoriteiten, gelet op diens persoonlijke situatie, van oordeel zijn dat in redelijkheid kan worden aangenomen dat hij bij terugkeer in zijn land van herkomst godsdienstige handelingen zal verrichten die hem blootstellen aan een werkelijk gevaar van vervolging. Bij de individuele beoordeling van een verzoek strekkende tot het verkrijgen van de vluchtelingenstatus mogen die autoriteiten van de asielzoeker redelijkerwijs niet verwachten dat hij van deze godsdienstige handelingen afziet."
4.1. De Nederlandse en de Duitse versie van de punten 79 en 80 van het arrest verschillen. De Duitse tekst heeft volgens artikel 31 gelezen in samenhang met artikel 29, tweede lid, van het Reglement voor de procesvoering van het Hof (PB 2010 C 177/11), zoals dat luidde ten tijde van het arrest, rechtskracht. Het Hof heeft daarin, voor zover thans van belang, overwogen (cursivering Afdeling): "79. Sobald feststeht, dass sich der Betroffene nach Rückkehr in sein Herkunftsland in einer Art und Weise religiös betätigen wird, die ihn der tatsächlichen Gefahr einer Verfolgung aussetzen wird, müsste ihm daher nach Art. 13 der Richtlinie die Flüchtlingseigenschaft zuerkannt werden. Dass er die Gefahr durch Verzicht auf bestimmte religiöse Betätigungen vermeiden könnte, ist grundsätzlich irrelevant. 80. […] dass Art. 2 Buchst. c der Richtlinie dahin auszulegen ist, dass eine begründete Furcht des Antragstellers vor Verfolgung vorliegt, sobald nach Auffassung der zuständigen Behörden im Hinblick auf die persönlichen Umstände des Antragstellers vernünftigerweise anzunehmen ist, dass er nach Rückkehr in sein Herkunftsland religiöse Betätigungen vornehmen wird, die ihn der tatsächlichen Gefahr einer Verfolgung aussetzen. Bei der individuellen Prüfung eines Antrags auf Anerkennung als Flüchtling können die Behörden dem Antragsteller nicht zumuten, auf diese religiösen Betätigungen zu verzichten."
5. Uit het arrest volgt dat bij de beoordeling of een vreemdeling bij terugkeer naar zijn land van herkomst vanwege zijn geloofsovertuiging voor vervolging heeft te vrezen, geen onderscheid mag worden gemaakt tussen godsdienstige handelingen die het "kerngebied" van het grondrecht op godsdienstvrijheid betreffen en godsdienstige handelingen die daartoe niet kunnen worden gerekend. Van een vreemdeling mag niet worden verlangd dat hij zich, om vervolging te voorkomen, terughoudend zal opstellen bij de uitoefening van zijn geloofsovertuiging in het land van herkomst. Nu de artikelen 3.36 en 3.37 van het VV 2000 in het licht van het arrest moeten worden gelezen, is de in WBV 2007/15 en WBV 2011/14 neergelegde beleidskeuze dat de minister van een vreemdeling terughoudendheid verlangt bij de uitoefening van zijn geloofsovertuiging, met die artikelen in strijd. De rechtbank heeft ten onrechte overwogen dat van de vreemdeling mag worden verwacht dat hij terughoudend zal zijn in het uitdragen van zijn geloof en heeft ten onrechte bij haar beoordeling betrokken dat de vreemdeling zijn geloofsovertuiging goed kan belijden, zolang hij een laag profiel aanhoudt.
6. Het hoger beroep is kennelijk gegrond. De aangevallen uitspraak moet worden vernietigd. Hetgeen de vreemdeling overigens heeft aangevoerd, behoeft geen bespreking meer. Doende hetgeen de rechtbank zou behoren te doen, overweegt de Afdeling het volgende.
6.1. Aan het in beroep bestreden besluit van 28 juni 2011 ligt ten grondslag dat de minister van de vreemdeling verwacht dat hij bij terugkeer naar Iran terughoudendheid betracht bij het invulling geven aan zijn geloofsovertuiging, zoals ook ten grondslag ligt aan het in WBV 2007/15 en WBV 2011/14 weergegeven landgebonden asielbeleid voor christenen in Iran. Aldus heeft de minister de beoordeling, of de vreemdeling vanwege het zijn van christen vluchteling is, niet verricht op de door het Hof voorgeschreven wijze.
6.2. Het beroep is kennelijk gegrond. Het besluit wordt vernietigd.
7. De minister, thans: de staatssecretaris van Veiligheid en Justitie, moet op na te melden wijze tot vergoeding van de proceskosten worden veroordeeld.