Overwegingen
1. De in de enige grief opgeworpen rechtsvraag over het oordeel van de rechtbank dat, samengevat weergegeven, een controle in het kader van het Mobiel Toezicht Veiligheid (hierna: MTV-controle), die is uitgevoerd met toepassing van artikel 50, eerste lid, van de Vreemdelingenwet 2000 (hierna: de Vw 2000) en artikel 4.17a van het Vreemdelingenbesluit 2000, in strijd is met Verordening (EG) nr. 562/2006 van het Europees Parlement en de Raad van 15 maart 2006 tot vaststelling van een communautaire code betreffende de overschrijding van de grenzen door personen, heeft de Afdeling bij uitspraak van 3 augustus 2012 in zaak nr. 201204130/1/V4 beantwoord. De overwegingen 2.1. tot en met 2.1.6. van die uitspraak zijn ook in dit geval van toepassing, zodat de grief slaagt.
2. Het hoger beroep is kennelijk gegrond. De aangevallen uitspraak dient te worden vernietigd. Doende hetgeen de rechtbank zou behoren te doen, zal de Afdeling het besluit van 6 juni 2012 beoordelen in het licht van de daartegen in eerste aanleg voorgedragen beroepsgronden, voor zover die gelet op hetgeen hiervoor is overwogen nog bespreking behoeven.
2.1. Voor zover het betoog van de vreemdeling ziet op de vraag of de uitvoering van de MTV-controle rechtmatig is geweest wordt overwogen dat de rechtbank daarover uitdrukkelijk en zonder voorbehoud een oordeel heeft gegeven, waartegen in hoger beroep niet is opgekomen, zodat deze beroepsgrond buiten het geding valt.
3. De vreemdeling heeft betoogd dat aan de bewaring ten onrechte ten grondslag is gelegd dat sprake is van onttrekkingsgevaar, althans dat de maatregel niet kan worden gebaseerd op de daarin vermelde gronden, nu hij asielzoeker is.
3.1. In het besluit waarbij de vreemdeling op grond van artikel 59, eerste lid, aanhef en onder a, van de Vw 2000 de maatregel van bewaring is opgelegd, staat vermeld dat de maatregel wordt gevorderd door het belang van de openbare orde omdat er aanwijzingen zijn om te vermoeden dat de vreemdeling zich aan het toezicht zal onttrekken en de voorbereiding van het vertrek of de uitzettingsprocedure ontwijkt of belemmert. Daaraan is ten grondslag gelegd dat de vreemdeling:
(a) niet op de voorgeschreven wijze is binnengekomen en zich in strijd met de vreemdelingenwetgeving gedurende enige tijd aan het toezicht op vreemdelingen heeft onttrokken,
(b) zich niet aan een of meerdere voor hem geldende verplichtingen van
hoofdstuk 4 van het Vb 2000 heeft gehouden,
(c) zich zonder noodzaak heeft ontdaan van zijn reis- of
identiteitsdocumenten,
(d) geen vaste woon- of verblijfplaats heeft en
(e) niet beschikt over voldoende middelen van bestaan.
3.2. De minister heeft de gronden van de bewaring in de maatregel nader toegelicht. Daarbij heeft hij onder meer aangegeven dat de vreemdeling zich bewust zonder noodzaak heeft ontdaan van zijn reis- en identiteitsdocumenten, hetgeen de vreemdeling niet heeft bestreden. Evenmin is bestreden dat de vreemdeling in Nederland geen vaste woon- of verblijfplaats heeft. Naar het oordeel van de Afdeling zijn deze omstandigheden reeds voldoende voor het vermoeden dat de vreemdeling zich aan zijn uitzetting zal onttrekken en/of de voorbereidingen op zijn vertrek en/of verwijderingsprocedure ontwijkt of belemmert. De stelling van de vreemdeling dat deze omstandigheden hem niet kunnen worden tegengeworpen is niet onderbouwd.
4. Het betoog van de vreemdeling dat de minister het recht op consulaire bijstand heeft geschonden omdat, hoewel hij op het moment van inbewaringstelling en ook een aantal malen daarna heeft aangegeven dat de consulaire vertegenwoordiger van zijn land van zijn inbewaringstelling op de hoogte moet worden gesteld, dit eerst zes dagen na inbewaringstelling is gedaan slaagt niet, reeds omdat naar de minister ter zitting heeft verklaard, reeds op vrijdag 8 juni 2012 is getracht om met de ambassade van Irak in contact te treden, maar dat dit niet is gelukt, waardoor het contact eerst na het weekend kon worden gelegd.
5. Het betoog tenslotte, dat de minister niet voortvarend genoeg heeft gehandeld omdat al in een vroeg stadium duidelijk was dat hij een Dublinclaimant was treft evenmin doel. Uit de gedingstukken blijkt dat op 6 juni 2012 is gebleken dat de vreemdeling voorkwam in Eurodac, dat op 11 juni 2012 het bureau Dublin is verzocht om de vreemdeling te claimen bij Groot-Brittannië en dat op 12 juni 2012 met de vreemdeling een vertrekgesprek is gehouden. Gelet hierop kan niet worden gezegd dat de minister niet voortvarend heeft gehandeld.
6. Het beroep is ongegrond. Het verzoek om schadevergoeding dient hierom te worden afgewezen.
7. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.